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ある病院で入院患者が幽霊になった。 この原因究明を託されたのが会社員の水木。 調べていくと“幽霊族最後の生き残り”と称する夫婦に行き着いた。 しかもその幽霊族は死に瀕しながらも妊娠しているという。 会社に真相を報告するべきか？ そっとしておいてほしいと懇願する幽霊族を守るべきか？ 迷っていると「病院にいた幽霊が死んだ」との連絡が入った。 果たして幽霊族とは？ 水木が目にしたのは、死んだ母親の墓場から這い出してきた赤ん坊（鬼太郎）の姿だった。 この世に怪異が誕生し、常軌を逸した恐怖に水木は……!!

永い眠りについていた夜叉の墓が暴かれた。 時を同じくして、吸血鬼ドラキュラが日本にやってきた。 夜叉と吸血鬼がひとりの獲物を奪い合う！ その獲物とは、ある会社の社長。水木に幽霊患者の原因究明を命令した張本人であった。 行方不明になった水木のせいで、社長は倒産寸前の憂き目にあっていた。 そんな社長が怪しい下宿屋に入っていく。 鬼太郎は夜叉の味方に、ねずみ男は吸血鬼の味方になり、壮絶な騙しあいが繰り広げられる。 激しいバトルの行方は如何に？ そして鬼太郎が社長を迷い込ませた場所とは……？

地獄から戻ってきた水木。 そんな水木とひょんなことから出会った歌手・トランプ重井は、鬼太郎という不吉な子供 の存在を知る。 ある夜、ねずみ男が重井に吸血木の種を植えた。 人間が木になるという種で、ねずみ男はこの種で金儲けを企んでいた。 だんだんと身体が木になっていく恐怖。 そのころ鬼太郎は憧れの同級生・寝子の家に下宿していた。 歌手になりたい寝子。 そんな寝子の願いをかなえるべく、鬼太郎は水木の仲介でトランプ重井のもとを訪ねる。 トランプに訪れた新たな恐怖・鬼太郎。 彼はこの危機からどうやって逃げ切るのか?!

鬼太郎が恋心を抱く女の子・寝子。 そんな鬼太郎に忍び寄る怪しい影。誰かが鬼太郎を貶めようとしている。 寝子の夢である歌手への道。鬼太郎はそれを実現させるために尽力する。トランク重井の 支援もあり、一気にスターに上り詰める寝子。 しかし、怪しい影が寝子のステージ中にド ブネズミを放つ。すると清楚な寝子が急に化け猫に変身。寝子もただの人間ではなかった のだ。 必死になる鬼太郎の想いとは裏腹に、寝子は突然川に身を投げた。 いったい、怪しい影の正体は?! 一体何が起こったのか？ そして、初恋の人を亡くした鬼太郎は……。

鬼太郎の初恋の相手・寝子が死んだ。 失意の底に落ちた鬼太郎は寝子に会いに地獄に行こうとするが、何者かにチャンチャンコ を盗まれる。 犯人はニセ鬼太郎だ。そのチャンチャンコで地獄をさまよっているニセ鬼太郎は、ねずみ 男と画策して大金をせしめようとしていたのだ。 目玉親父は地獄に行き寝子を連れ戻そうとする。 しかし、寝子は地獄に残ると決断する。 なぜ？ 理解できない鬼太郎は自ら地獄におちていった。 果たしてふたりの運命は…？ 鬼太郎史上、最大の悲哀物語がついに登場する。

鬼太郎は神と崇められている水神様を侮辱する。鬼太郎を追って東京にやってきた水神は近代社会を大パニックに陥れる。しかも水神は“水”なのでどこに潜んでいるのか分からない。鬼太郎はなすすべもなく･･･。

ガマ令嬢を恋慕する謎の紳士とねずみ男。その恋路を邪魔した鬼太郎はふたりの手によって、海底へと沈められる。鬼太郎死す。 その夜、鬼太郎から呪いの小包が届く。いったいどこから!?　元祖・幽霊列車がついに登場。

裏社会を生きる金丸の家に幽霊が住み着いた。金丸は幽霊の正体・鬼太郎を冷蔵庫へ閉じ込め退治する。 が、そのとき切り落とした鬼太郎の片手が復讐に動き出す。闇夜の家中を徘徊する”手”。鬼太郎ホラーの決定版!!

政府から吸血鬼ジョニーを退治するよう依頼される鬼太郎。一方、ねずみ男はジョニーに雇われ、鬼太郎退治を命ぜられる。 ニヒルで冷徹なジョニーは鬼太郎を簡単に殺してしまう。そのときねずみ男がとった行動は…!?

台風のような超常現象ブリガドーンが東京を襲った。そこは妖怪だけが暮らす世界。 その中で唯一取り残されてしまった人間・水木一家は貧しかった人間社会では味わえなかった楽しさを体験していく。妖怪天国騒乱記！

鬼太郎は“あの世保険”という保険詐欺を始める。ねずみ男は不老不死の薬を売り歩く。 そんなふたりの口車に乗せられた権力者、金持ち、貧乏人が地獄にやってくる。生きる幸せとは何か？　水木哲学感動のフィナーレ！