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オンボロ空手道場を営む流竜馬に目をつけ、その力を試すべく三人の刺客を送り込む早乙女。その鬼神の如き戦いぶりを見て、竜馬こそがゲッターロボのパイロットにふさわしいと確信した早乙女は、竜馬の不意をつき麻酔銃で彼を眠らせ、研究所へ連れ帰る。やがて目覚めた竜馬が目にしたものは、伝説の生物・鬼の死体だった！

防衛庁特殊兵器管理センターが襲われた。リーダーは革命組織を束ねる男・神隼人。ゲッター線の武器使用に関わる機密に触れた隼人は、早乙女研究所の存在を嗅ぎ付け襲撃を実行する。その能力の高さに興味を覚え、隼人の力を試すべく竜馬を差し向ける早乙女。互角の攻防が続く最中、早乙女研究所は鬼の襲撃を受ける。

大江山のほど近くに、巨躯をもてあます暴れん坊の少年がいた。名を武蔵坊弁慶という。大雪山の寺に引き取られてから数年、平穏な日々を重ねていた弁慶に、ある日異変が襲い掛かった。その寺を鬼が襲撃したのである。住職の機転で何とか寺を脱出した弁慶は、逃げ込んだ山でイーグル号の故障で不時着した竜馬と出会い……。

遂にゲッターロボのパイロット三人が揃った。だが、個性派揃いのためチームワークは最悪で、訓練中にも喧嘩を始める有様。一方、早乙女博士とミチルは鬼の研究に没頭するが、鬼の正体の見当がつかず苛立っていた。そんな折、またも現れた巨大な鬼。竜馬・隼人・弁慶の三人はゲッターロボで迎撃するが……。

不意に現れた鬼の攻撃で肩にダメージを負いながらも、激しい攻防の末、鬼を追い詰めたゲッターだったが、突然、空間に巨大な渦が現れ鬼に逃げ込まれてしまう。再び襲来する鬼。ゲッターロボは迎撃し鬼にダメージを与える。またも現れた渦の中に逃げ込みを図る鬼。今度はゲッターロボも後を追い渦の中に突っ込んでいく。

夜の野原で意識を失っていた竜馬が目を覚ます。そこには鬼の都「黒平安京」があり、鬼を操り都の平安を乱す者こそ安倍晴明という男であった。そこで木造巨大戦艦を指揮して晴明に戦いを挑む源頼光と出会う竜馬。だが、竜馬を鬼だと誤解した頼光は有無を言わさず斬りかかっていく。一進一退の激しい戦いを繰り広げて……。

山腹より姿を現したゲッターロボを起動させようとする隼人と弁慶だが、鬼が攻撃を仕掛けてくる。すかさずゲッターロボで応戦する隼人。だが、三人揃わないためかいつものパワーが出ず、苦戦するゲッターロボ。何とか鬼を倒したが、荒い息をつき声も出ない隼人と弁慶。一方竜馬も、鬼との激しい攻防を続けていた。

晴明の攻撃で戦艦が炎に包まれたため脱出し、晴明のもとへ向かう頼光。やがて晴明のもとへと辿り着いた頼光は晴明に斬りかかっていくが跳ね返されてしまう。そこにゲッターロボを降りて駆け込んできた竜馬と弁慶が現れ、倒れている頼光を見つける。竜馬と弁慶はそれぞれ晴明に突っ込んでいくが、晴明の放つ光弾を浴び……。

要塞化した研究所の地下で早乙女は、ゲッターロボのポテンシャルを引き出すための新しい炉心を開発していた。新炉心の力を試すため、竜馬ひとりをゲッターロボに乗せる早乙女。限界を超えた速度に達したゲッターロボは制御不能に陥り、竜馬とゲッターロボは光とともに消えてしまった……。

研究所を後にした竜馬は新宿にいた。その頃、研究所では晴明が上空に現れたがすぐに空に溶け込むように消えていった。隼人は地下にいる早乙女のもとへと向かい、ゲッターロボの存在と鬼の襲来の因果関係について問い詰める。その時、再び晴明が現れたが、今度は研究所ではなく何と竜馬がいる新宿上空であった……。

晴明ロボとの戦いでゲッターロボの変化に気付いた隼人は、ゲッターロボの出力値グラフを調べる。ゲッターロボの力は三人の力のシンクロに左右されるものであったはずが、炉心を変えてからは竜馬単独の時の方が圧倒的な力を発揮するようになっていた。竜馬とゲッターロボの関係は？ そして地下のゲッター線との関係は？

突如、天空より「神」と名乗る四つの影が現れる。それに対抗するため地中から出てきた無人のプロトゲッターが四天王に攻撃をする。最後のプロトゲッターが倒れた時、ついにゲッターロボが四天王の前に降り立つ。だが、四天王の圧倒的な力の前にまるで歯が立たないゲッターロボ。それを見た早乙女は、ある決断をする……。

地底から噴出したゲッターエネルギーによって破損部分も元に戻り、力もみなぎるゲッターロボ。その溢れる力で、増長天・広目天・持国天の三神を次々と倒していく。そして残る一神・多聞天が光を放つ火口に降下するのを見た竜馬・隼人・弁慶は、すぐさま後を追い火口に突入する。地の底の突き進み、辿り着いた先には……。