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網手の指令で、「茶の国」の大名の茶壷を盗んだ男・五寸釘（ごすんくぎ）をつかまえることになったナルト、ヒナタ、キバと赤丸は、五寸釘が潜伏しているという「石の国」で聞きこみを始める。ところが入った酒場で客にからまれてしまう。その騒ぎをおさめてくれたのは、悪人をつかまえて賞金をかせぐ男・サザナミだった。

傷ついたサザナミを看病するナルトたち。意識を取り戻したサザナミは、悪党・五寸釘との因縁を語りはじめる。サザナミはかつて平凡な「刀鍛冶」だった。ところがそんなサザナミに罪をかぶせ逃亡した真犯人こそ五寸釘だったのだ。自分の手で五寸釘をとらえ無実を証明したいサザナミだったが……。

ガイとリーが出かけている間に２人に変装したニセモノが木ノ葉隠れの里にもぐりこんだ。その名もモンダイ・ガイ＆ポッチャ・リー。「だれもダマされないだろう」という綱手の判断で、ふたりはそのまま放っておかれていたが、ナルトはなんとこの変装にすっかりダマされ、「体術の修業をつけてくれ！」と２人に頼みこむ。

美しい小国、鳥の国では「呪い武者」とよばれる幽霊が現れ困っていた。鳥の国の青年、チシマの懸命の頼みに、綱手はしぶしぶ幽霊退治を引き受ける。選ばれたのはナルト、ネジ、リー、テンテン。武者の正体が急死した先代大名オオワシの亡霊だと聞き、ナルトはビビる！一行は現地に向かい、いきなり呪い武者と遭遇する。

鳥の国では、大名の後見役である高僧「孟宗」と策士の「紅明」が対立していた。呪い武者の出現は何からの陰謀と考えたネジは、事件の背景を探るため現大名のサギに会おうとする。ところが、サギは正体不明の忍者に襲われ、現場には紅明の手裏剣が残っていた！そんな折、ナルトたちは呪い武者と密会している紅明を目撃する。

呪い武者を操っていたのはやはり紅明だった！紅明の野望は孟宗によって次々と暴かれるが、その手際のよさに違和感を覚える木ノ葉の忍達。任務が終了し、「他国事情に首を突っ込むべきではない」と諭すネジだが、ナルトは納得いくまで謎を探ることにした。紅明と呪い武者の密会していた寺でナルトが見たものとは……。

カカシに促され、仕方なく里に戻るテンテンとネジ。その三人を密かに見張る謎の忍者の影……。カカシは尾行者にいち早く気付き、里に戻るふりをしてネジ達と共に一芝居打つ。果たして謎の忍の正体とは？一方、鳥の国では罪人となった紅明が処刑されようとしていた。しかし突如現れた呪い武者が紅明を攫っていった！

真犯人がわかり、己の手で孟宗を討ち取ると宣言するサギ。ナルトはサギの復讐の念に心を支配された姿に、サスケを重ね見る。「復讐の為の復讐は心を闇に落とす」紅明の言葉もナルトの制止もサギの心には届かない。強引に皆を足止めし、孟宗の元へ急ぐサギの胸には、壊れた懐中時計にまつわる悲しい秘密が蘇りつつあった。

孟宗は遂に「渡りの忍者・ホウキ」としての真の姿を現し、チシマたちを亡き者にしようとする。鳥の国の平和を願いつつ、倒れていくチシマ。ホウキの多様な攻撃に追い詰められるナルト。そして鳥の国の後継者であり、死んだ兄・サギになりすましていたトキに無情な刃が迫った瞬間、ナルトは漆黒の闇の中である声を聞く。

チョウジとナルトに至福のひと時をもたらす、木ノ葉名物一楽のラーメン。連れ立って一楽に向かう二人だが、臨時休業の札にガッカリ。実はテウチの持つ幻のメニュー欲しさに、料理忍者が看板娘のアヤメを攫ってしまったのだ！ナルト、チョウジ、サクラはアヤメを取り戻すため、テウチと共に料忍との料理勝負に参戦する。

辺境の海の国から木ノ葉に舞い込む、「海魔」と呼ばれる賊退治と御用金船警護の依頼。一説によると海魔は人間ではないというが……。命を受けたのはアンコをリーダーにナルト、いの、シノの三人一組。寄せ集めのようなチームにむくれるナルトを尻目に、ひとり物思いに沈むアンコ。アンコと海の国には、意外な接点があった。

ナルトを探し出せぬまま、海の国の役人と面会するアンコ達。警護する御用金船の出発は明日に迫っていた。ナルトを捜すべく散っていく木ノ葉の忍達。いのとシノはある漁村で、鬼界島付近で昔起きた「神隠し」の話を聞く。一方、漁火の看病でナルトはすっかり快復するが、漁火は「海魔に近づくな」と意味深な忠告をする。

目覚めと共にいくつかの記憶を取り戻すアンコ。鬼界島は、アンコが昔、師匠であった大蛇丸と訪れた場所だったのだ。アンコによって明かされる、神隠しの真相と漁火の身体の秘密。大蛇丸の非道に憤るナルトは、漁火を取り戻す事を決意する。鬼界島に乗り込む木ノ葉の忍達だが、そこには思いがけないものが待ち構えていた―。

アマチ一味による御用金船の襲撃がはじまる。辛くも鬼界島を脱出し、ようやく追いついたナルト達が見たものは壊滅寸前の海の国の船団の惨状だった。ナルトの叫びも届かず、人間に戻るためナルトに戦いを挑む漁火。御用金船をめぐり、アマチ達と木ノ葉による激しい戦闘が開始される。

ナルトの活躍によって倒されるアマチ。だが勝負はまだ終わっていなかった。不死身の口寄せ・海坊主がナルト達の前に立ちふさがったのだ。海坊主を倒すべくガマブン太を呼び出すナルト。海坊主を倒すガマブン太の秘策とは？　人間に戻りたいと願う漁火に訪れる結末は？　そして記憶の果てでアンコが見たものとは……？

火の国きっての大金持ち、宝石商クニジロウの悩みはお金にしか価値を見出せない息子クニヒサの事。ツナデの発案で、ナルトはクニヒサの一日忍者体験ごっこにつきあわされることに。「金遁の術(?)」を使い、自分は一切動かないクニヒサにげんなり気味のナルトだったが……その頃、クニヒサを狙う怪しい人影があった。

ナルト・キバ・ヒナタに下された任務。それは綱手の友人、海鮮アガリの依頼による埋蔵金探し。地図もあるので簡単だとたかをくくる三人を「この任務に失敗すれば、アカデミーに戻ってもらう」と脅す綱手。その理由はこのメンバーでの任務の成功率が低いからだった。プレッシャーの中、任務に向かうナルト達だったが……。

「お前らの顔を使って、木ノ葉隠れの里をめちゃくちゃにしてやる」そう言い残して消える祁答院（げどういん）一族。洞窟を脱出したナルト達は一族の陰謀を阻止すべく後を追うが、既に一族は木ノ葉に潜入してしまった！　ナルト達と祁答院一族の真贋入り乱れての壮絶な追いかけっこが開始される。彼らの真の目的とは？

任務帰りに温泉街に立ち寄ったナルトはどんちゃん騒ぎしている自来也を発見。次回作の締切に追われている自来也は、「原稿を早く上げれば修業時間がとれる」と言うが、一向に原稿は上がらない。自来也に修業を見てほしいナルトは業を煮やし、見よう見まねで書いた自分の原稿をプロの郵便屋さん、飛脚忍者に託してしまう！

熊の国・星隠れの里より「星」の警護依頼が木ノ葉に届いた。「星」とは昔熊の国に落ちた隕石で、忍五大国の長達も羨む神秘の力を持っているらしい。任務に向かったネジ班＋ナルトは毒ガスが充満する国境の谷で、迎えに来た少年忍者・スマルと出会う。未来の「星影（ほしかげ）」をめざすスマルにナルトは共感を覚える。

奪われた星の行方を追うするナルト達。星を奪った忍者が星隠れの里の秘術「孔雀妙法」の使い手であったことから、犯人は里の関係者ではないかと当たりをつけるが、里長のアカホシは明らかに何かを隠している様子。星の手掛かりを得るため里の調査に乗り出すナルト達は、思いがけずスマルの暗い過去を知ることになる。

スマルを攫ったのはアカホシとその一味だった。アカホシはスマルを使い星を奪った忍者を誘い出そうとしていたのだ。一方、傷ついた少年忍者達を介抱する木ノ葉の忍達だが、ネジはミズラの命が尽きようとしている事に気付く。星の修業の恐るべき実態と、隠されたアカホシの本意が徐々に明らかになる……

覆面忍者の正体は死んだはずのスマルの母、ナツヒだった。星の修業により多くの仲間を失ったナツヒは、禁じられた修業が再開される事のないよう、外部から星隠れの里を見守っていたのだ。犠牲を省みないアカホシに星を渡す訳にはいかないと語るナツヒ。しかしアカホシの魔の手はすぐそこまで迫っていた。

ナツヒの身体は既に星の副作用に蝕まれていた。星をめぐりアカホシとぶつかるナツヒだが、スマルを人質に取られ、星を奪い返されてしまう。ナルト達に介抱され、ようやく親子の再会を果たしたスマルとナツヒ。「もうこれ以上悲しい母と子を作りたくはない」と考えるナツヒは元凶である星の破壊を決意する。

遠く母の死を感知するスマル。ナルトは怒りに我を忘れたスマルを止める事が出来なかった。スマルを完全に討ち取るべく、迎え撃つアカホシ。だがホクトとミヅラは窮地のスマルを救わんと命懸けで星の修業の真実を告げる。アカホシの野望と星影暗殺の真実を知り、反旗を翻す忍達にアカホシが取った最後の手段とは―？

他国の忍との交戦で傷を負った赤丸。相手は傷口から菌を侵入させる特殊な術の使い手だった。菌は全身に広がり、遂には感染者の自我を奪い凶暴化させてしまうという。最悪、キバは犬使いとして最も過酷な選択を強いられる事になる。赤丸の無事を信じたいキバだが、その祈りもむなしく赤丸に変化が起きはじめる。

ナルトの背中に奇妙な生物が張り付き、取れなくなった｡綱手は伝説の生物「オンバア」の子供ではないかと推測。オンバアは生まれて最初に見たものを親と思い、背中に張り付いて大人になるまで離れない。さらに成長したオンバアは体長が3mを超し、凶暴な性格を持つという。爆弾を背負わされた気分のナルトだが……。

シノとナルトに舞い込む、花月家当主の葬儀警備の任務。しかしこれは表向きで実は先代の遺言から次代当主の風太を守るのが本題だった。その遺言は「葬儀の席で風太が笑ったら風太に相続権はなくなり、財産は一族の分配となる」というもの。そこで風太の代理として絶対笑わないシノが葬儀に参列することになるのだが……。

ツナデの旧知、「菜の国」の城主から行商人の警護の依頼が入る。早速任務に出かけるチョウジ、ヒナタ、ナルトは、老若男女からなる行商人達と合流。道中、菜の国の方角から上がる妙な黒煙を目にしたナルト達は、直後に謎の忍達の襲撃を受ける。「行商人が忍者の攻撃対象になる筈がない」と楽観的に考えていたが……。

何者かに倒されたキクスケと、度重なる行商人達への攻撃。ナルト達に問い詰められたユリノシンは真相を明かす。シュンとユリノシンの正体は菜の国大名の一人娘・ハルナとその護衛・百合之丞（ゆりのじょう）。菜の国の大名は近く起こるクーデターの情報を掴み、姫と護衛を行商人達の中に紛れ込ませ、脱出させたのだった。

邪忍・ルイガに襲われるナルト達。無尽蔵に湧き出る地下水を武器とするルイガの攻撃に次第に追い詰められていくが、ナルトは逆転に繋がるある発見をする。一方、先をゆくヒナタとハルナ。仲間の合流を待とうとするヒナタに、ハルナは「早く自分を安全な所に連れて行け」と迫る。逡巡するヒナタにハルナは―？

第二の邪忍「ジガ」に動きを封じられるナルト。駆けつけたヒナタはナルトの身の安全を盾に、ハルナの居場所を教えるよう強要される。要求を拒み、交戦になだれ込むヒナタ。一方、チョウジと百合之丞によって解放されるナルト。しかしヒナタの元へ急ぐナルト達の姿は、既に最後の邪忍・レンガの視界に捉えられていた。

城下町に駆け込む寸前のナルトとハルナの前に立ちはだかるレンガ。レンガは既に仲間達が自分の手に落ちたことを告げ、ハルナを渡すように迫る。空気中の水分で生成したレンズを用いて放たれるレンガの強力な光線攻撃。満身創痍のナルトとハルナに、レンガは、自分の野望とハルナの父が願ったことを語る。

いのに大名の姫じきじきの名指し任務が舞い込んだ。お供のナルトと共に意気揚揚と城に乗り込むいのだったが、聞かされた任務詳細はなんとお見合い代理。姫は食べ過ぎて急激に太ってしまった自分の影武者として、（痩せていた時の自分に似ている）いのに見合いに出て、なんとしても憧れの若殿のハートを掴んで欲しいと願う。

「道場破りの方はこちらにどうぞ」任務帰りのナルトは妙な看板を発見する。辿るとそこには出来たばかりのリーの道場が。最近任務に追われ忙しいリーは、道場を開けば道場破りがやってきて効率的な修業ができると考えたのだった。ナルトから事のあらましを聞き、リーの心意気に感動したガイは……。

蜜の国の奥方一行が行方不明になった。現場である「首崎峠」は五十年程前に滅亡した首崎一族の「首（しゅ）の国」の都があった場所だという。探索任務に赴くナルト、キバ、ヒナタの前に、突如巨大な城が現れる。奥方達の手掛かりを得るべく城に潜入するナルト達だったが、一人、また一人と仲間が姿を消していき……。

検診で体調不良が発覚したリーに、綱手は強制休暇を申し渡す。落ち込むリーを励まそうと、忍者学校の道場へ誘うガイ。しかしリーは模擬戦で敗北、負傷してしまう。対戦したヤグラはガイが知人から預かった天才少年だった。特例としてガイの任務に同行する事になったヤグラはリーに「ガイ先生は君を見捨てた」と告げる。　

ヤグラの正体はかつてガイによって父を倒された「龍堂院（りゅうどういん）」三兄弟の長兄、幻将（げんしょう）だった。敵討ちを果たすべくガイの前に現れた三兄弟は、忍法「木人柩（ぼくじんきゅう）」を用いて、ガイを木人城に隔離する。負傷をおして駆けつけたリーはガイを救うため、単身木人城に飛び込んでいくが……。

木ノ葉の重要施設の図面が盗まれた。容疑をかけられたのはナルトと仲の良かった老大工、ゲンノウ。実はゲンノウは昔トラップ忍者として名をはせた有名な忍者だったのだ。暗部に追い詰められゲンノウは自爆するが図面は見つからない。外敵による里への侵攻を警戒した綱手は「超Ｓ級非常警戒態勢」を宣言する。

ゲンノウの目的を探るべく暗部はナルトに逆行催眠をかけるがめぼしい収穫はない。そんな時、滝隠れの里が大掛かりな演習を行うという情報が入り、国境付近では一気に緊張感が高まった。一方、下忍を指揮し消えた図面の探索にあたるシカマルはゲンノウの足跡を探れば探るほど、奇妙な違和感にとらわれる。

ばら撒かれた図面の回収に追われるナルト達。さらに滝隠れの演習もゲンノウとは全く無関係であった事が分かった。ゲンノウは里の注意を外に向けたかったのではないか、と考えたシカマルは、一枚だけ行方不明になっているアカデミーの設計図に着目する。アカデミーを探るナルト達が、遂に辿り着いた事実とは？

里中に仕掛けられた大量の起爆札の除去に手を焼くナルト達。そこに、思わぬ助っ人・木ノ葉のご意見番ホムラとコハルが名乗りをあげた。起爆札の解除にあたる老忍たちはその術式と仕掛けられた場所から、事の真相を推測する。歴史に消えた「陽炎の里」。木ノ葉の里とゲンノウをつなぐ、三十年前の出来事とは―？

生きていたゲンノウと対峙するナルト。一方、シカマルはゲンノウの行動から一つの結論を導き出していた。これまで全てのトラップは一つ残らず陽動、顔岩の崩壊が引き起こす里の滅亡が本当の狙い……。ナルト達11人は木ノ葉を滅亡から救えるのか？　そしてゲンノウの胸に隠された最後の真実とは―。

今回は、木ノ葉のスタジオからうずまきナルトと春野サクラの司会で特別版をお届け！ ゲストを交えておくる忍達の名勝負の数々！　そして、中継で登場した特別ゲストは、最近登場ご無沙汰の気になるあの人だった―!!

里外れの山荘で不思議な絵を描く少女・八雲（やくも）と出会ったナルト。しかし突然現れた暗部と医療班が彼女を連れ去ってしまう。一方、里ではある騒動が持ち上がっていた。なんと紅がキバ達第八班の担当上忍を外れると言い出したのだ。サクラによると、今回の紅の行動と八雲の間には何か関係があるらしいのだが……。

医療班に眠らされたナルトは奇妙な夢を見る。それは忍になりたいと懇願する八雲に、紅が力の封印を宣言するというものだった。ナルトの問いかけに、紅は教え子だった八雲の力を封印しその夢を奪ったのは自分だと告げる。一方、八雲の山荘では突如現れた謎の忍者達が襲撃を開始しようとしていた。果たして、その目的とは？

襲撃者の正体は八雲と同門の、鞍馬（くらま）一族であった。幻術使いの名門として知られる一族を相手に、紅は壮絶な幻術合戦を繰り広げる。八雲を庇い苦境に立たされた紅の前に駆けつけたガイ、第八班、ナルトとサクラ。八雲は「木ノ葉は里ぐるみで自分を抹殺しようとしている」と、過去の恐るべき出来事をナルトに語る。

紅、八雲の治療の為に里に戻る一同を待っていたのは、無人の廃墟と化した木ノ葉隠れの里だった。驚愕しつつも木ノ葉病院に辿り付いたナルトの前に、里見ヶ丘の山荘を襲った忍者・雲海（うんかい）が現れる。「今は争っている時ではない」と身構えるナルトを制する雲海。雲海はナルトにある信じがたい事実を告げる。

ナルトが八雲のアトリエに乗り込んでいくと、そこには八雲によって絶体絶命の危機にさらされている紅がいた。紅の制止を振り切り八雲に語りかけるナルト。その言葉に苦しみだす八雲の傍らで、一枚の絵画に異変が起こり始める。次第に解き明かされていく鞍馬邸炎上の秘密……紅に任務を託した三代目の真意が明らかになる。

今回の任務は「小国が買えるほどの値打ちを持つ国宝級のお宝茶碗を展覧会場まで届ける」というもの。キバと共に茶碗の警護に赴くナルトは、お調子者の依頼人・進衛門と出会う。茶碗に訪れる危機をナルトやキバを犠牲にする事で次々と回避しようとする進衛門に怒り心頭のナルトとキバだがこれも任務とぐっとこらえる。

抜け忍で構成される悪名高き強盗団「不忍（しのばず）」。そのメンバー、丸鉄（がんてつ）の護送任務にあたるナルト、サクラ、リーは早速、不忍による丸鉄奪還を警戒する警護部隊と合流するが、隊長のトドロキは「犯人を守るのは自分たちだけで十分」と言い放つ。どうやらトドロキは丸鉄と何か関係がありそうなのだが……。

不忍の襲撃で本隊からはぐれてしまったナルト、丸鉄、トドロキ。森を突っ切って都を目指そうとする三人だが、この森は人間の方向感覚を狂わせる「迷いの森」だった。丸鉄からこの森に不忍のアジトが隠されていると聞き、驚愕するナルト。森の案内を申し出る丸鉄だが、その言葉ははたして信用できるのか？

弟の仇である丸鉄を前に、ついに怒りを押さえきれなくなるトドロキ。丸鉄に切りかかるトドロキと揉み合いになるナルトだが、その隙に乗じ、不忍の文殊（もんじゅ）が丸鉄を攫っていってしまう。一方、バンダナの少年を追うサクラとリーは「丸鉄を返せ」と迫る謎の少年少女に取り囲まれていた。

文殊を追い詰めるナルトだが、乱入した修羅（しゅら）にバンダナの少年を奪われてしまう。この少年こそ、死んだとされていたトドロキの弟、アキオだった。丸鉄は不忍一味に身を置きながらも、密かに襲われた家の子供達をかくまっていたのだ。アキオを取り戻すため、ナルト達はアジトに乗り込む。

任務帰りに幻のメンマの材料である麻竹を取りに行ったナルトは、怪我を負った記憶喪失の少年を発見し木ノ葉へと連れ帰る。素性のわからない者を里に置くことに懸念を示す綱手達。しかしナルトは「自分が保証人になる」と少年の滞在許可をもぎとる。「メンマ」と名づけられた少年はナルトの部屋に居候する事になるが……。

鳩笛を使った忍術でナルトを救ったメンマに、綱手はメンマが音隠れの関係者ではないかと推測する。メンマの記憶を探るため田の国へ出発したナルト達は道中で盗賊団に襲撃された村に到着する。盗賊退治を提案するナルトだが、メンマを信用しきれないネジとテンテンの猛反対にあい、チームは真っ二つに分裂してしまう。

メンマの正体が村を襲った盗賊団の一員だった事を知り、村人達はそれまでの態度を一変させ、メンマへ怒りをぶつける。その時、恐れていた盗賊団の襲撃がふたたび始まってしまう。盗賊の頭領に「裏切り者」と呼ばれたメンマが起こしたある事件とは？　戦いの混乱の中、メンマは隠してきた最大の秘密を告白する。

「四天象人（してんしょうにん）」と名乗る謎の敵の侵入により、砂隠れの里の忍者候補生・マツリが攫われた。マツリ奪還の為、彼らを追う砂の三姉弟。木ノ葉では砂からの援軍要請を受けた綱手がシカマルに三姉弟援護の命を下す。「今こそサスケ奪還任務の恩を返す時」とシカマル隊長の元、木ノ葉の下忍たちが再び召集される。

シノ、ヒナタ、ネジらに敵の探索を任せ、万端の準備で攻撃の時を待つシカマル隊。一方、砂の三姉弟は、一忍一殺の戦法で向かってくる四天象人たちと次々と戦いに突入していく。四天象人の狙いは我愛羅ただ一人。はじめは優位に見えた砂の三姉弟だが、四天象人の武器に隠された思わぬ仕掛けにより次第に追い詰められていく。

テマリ、カンクロウを援護するシカマルといの、キバとチョウジ。四天象人の特異な武器に即席のスリーマンセルで挑むが、呼吸が合わず苦戦を強いられる。一方、四天象人の罠は確実に我愛羅を追い詰め、ついに秘術「逆ウロコの陣」が発動。砂を封じられ、窮地に立たされた我愛羅……そのピンチにナルトとリーが駆けつける！

四天象人最後の一人・宝亀は、四天象人の正体が忍び五大国に蔑ろにされつづけた「匠の里」の忍である事を明かす。彼らの真の目的とは我愛羅の中に封じられた守鶴のチャクラを奪い、五大国へ対抗する力を得る事だったのだ。宝亀はナルトを庇う我愛羅の隙を突いてチャクラを奪い、遂に究極兵器「セイメイ」を完成させる。

復活したセイメイにチャクラを奪い尽くされ、守鶴と化す我愛羅だが、自らの意思で守鶴の力を押さえ込み、見事セイメイに勝利する。今回の任務を通し、ある者は新たな道を見出し、またある者は更なる精進を誓う結果となった。ナルトはようやく里に帰還した自来也と共に、更なる成長を誓い修業の旅に出かけるのだった―。