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流れ者妖怪の鵺が新宿に戻ってくる。その目的は「古いなじみ」である河童に借りを返すこと。そのころ新宿では、全身の血液を抜き取られた変死体猟奇殺人事件が起きていたが、それらはすべて機械の体を手に入れた河童のしわざだった。鵺が、次の獲物を狙う河童を追いつめた時、不在になっていたはずの鴉が現れる。

夜のハイウェイで起きる謎の事故。その真相は、廻向の配下の妖怪・輪入道が引き起こしていたものだった。鵺をおびき出し捕獲することに成功した輪入道だったが、現れた鴉との戦いに破れ、鵺と共に炎上する。炎の中から現れたのは、全身を機械化させた鵺だった。

廻向は、カマイタチと土蜘蛛に鴉抹殺を命じる。2体の妖怪が向かったのは乙羽のいる施療院ではなく、新宿区内のある病院。そこには昏睡状態で眠りつづける本物の乙羽がいた。鴉とは、霊体となった人間だったのだ。なんとか本体への攻撃を食い止めた鴉だったが、その隙にゆりねが奪われ、本体の乙羽が目を覚ます。

ゆりねさえ封じれば廻向を倒せると考えた鵺は、機械化された弟を救い出すため鳳春院グループのプロヴィデンス・タワーに潜入する。鵺はゆりねの抹殺に成功するが、それこそが廻向の待ちわびた瞬間だった。ゆりねという呪縛から解放された廻向は、鵺の前に真の姿を現す。

鵺兄弟が再会したことで、ふたりの体に埋め込まれていた仕掛けが発動する。新宿の街に出現した機械の根。それは廻向の体を維持するための巨大な吸血システムだった。身も心もズタズタになり「街を守りたい」という思いが頂点に達した時、乙羽の体が光を放ち、その体内から新しいゆりねが誕生する。

集結する日本中のゆりねと鴉たち。事態の収拾が付かない場合、彼らの手によって新宿そのものが破壊される。強大な廻向の力の 前に苦戦を強いられる乙羽だが、やがて新宿の街を覆う機械触手が、囚われの身となっている鵺とその弟によってもたらされていることを知る…。