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事件は新宿副都心で再び始まった。不気味に朗々と謳われる和歌。当麻は不安を抱えながら、正体を確かめるべく雑踏を駆ける。同時に、自分はもうサムライトルーパーではないはずだと自問自答しながら…。走りながら当麻は、迦雄須との出会いから始まる戦いの日々を回想する…。

当麻の苦しむ姿を夢に見た伸は、久しぶりに遼、秀、征士と再会。そこで遼は当麻から送られた江戸後期に書かれた舞台台本『鎧武者五人衆』を見せる。そこには、サムライトルーパーたちの戦いの物語が描かれていた！ 戦いの日々は運命によって決められたものだと物語は語るが…。

征士は『鎧武者五人衆』の台本と現実の矛盾点を発見する。台本の自分たちは白と黒の輝煌帝に殺されるはずなのだが、現実では二つの輝煌帝は彼らによって破壊されている。輝煌帝に倒される筈の未来は予言者のミスだったのか？ それとも輝煌帝を倒してはいけなかったのか？

想いを巡らせていたすずなぎの前に征士が現れた。もはやすべてを悟った征士には、すずなぎの虚勢も偽りの笑みも、哀れにしか感じられない。征士に心の奥を見透かされたすずなぎは、自分の抱える怨念の意味を見せつけるために、あえて本心を幻影としてさらけ出した！

自分だけになった寂しさで打ちひしがれる遼は、重い気持ちで留守電に残された4人からのメッセージを聞く。当麻、伸、秀、征士…そのメッセージを聞き終えた遼は、ようやく自分が何をすべきかを考える心の平静さを得る。全ての戦いを終え、遼たちは、新たな未来へと歩き始める！