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新西暦と呼ばれる時代。地球圏でのDC戦争、L5戦役という大きな戦いが終結してから半年後。キョウスケ率いる地球連邦軍特殊作戦PT部隊「ATXチーム」は、事結社DCの残党討伐任務を遂行するため、極東地区へ赴く。そこで、彼らが見たものとは…？

DC残党との戦闘中、アンジュルグという特機に乗って現れた謎の美女、ラミア。敬語が上手く使えないという妙な癖を持ち、素性が定かでない彼女にキョウスケは疑念を抱く。一方、戦闘母艦シロガネは逃亡したDC残党部隊を捕捉。ATXチームに出撃命令が下る…。

地球連邦軍の演習場で新型機アルブレードとビルトファルケンの模擬戦を行うリュウセイ、ラトゥーニ。DC残党部隊は新型機を奪取するため、戦力を差し向ける。その中には、スクールという特殊訓練機関の出身である若き戦士、アラドとゼオラの姿があった…。

ラトゥーニにとって、アラドとゼオラはかつて特殊訓練機関スクールで同じ時を過ごした仲間だった。リュウセイたちはキョウスケらATXチームと合流し、DC残党を追跡する。そこにビルトファルケンを駆るゼオラが現れ、ラトゥーニは出撃するが…。

DC残党部隊との戦闘で中破する母艦シロガネ。キョウスケたちは敵側の潤沢な戦力に疑いを持ち、黒幕の存在を感じる。一方、DC残党の本拠地であるアフリカ地区の巨大地下人工冬眠施設アースクレイドルには、次々と戦力が集結しつつあった…。

ハガネに乗り、DC残党を追撃するキョウスケたち。そんな中、ラミアは独自の任務を遂行するため、密かに動き出す。一方、スクールの主要メンバーであったアギラは、ラトゥーニを連邦軍から連れ戻すため、オウカに出撃命令を下す…。

キョウスケ、エクセレン、ライ、ラトゥーニに特別自治区であるリクセント公国で開かれる地球環境サミットの警護任務が与えられる。公国に赴いた彼らを出迎えるシャイン王女。そして、キョウスケとエクセレンは任務の合間に久しぶりのデートを楽しむが…。

かつて地球圏を襲撃した異星人エアロゲイターの本拠地であった宇宙要塞ホワイトスター。そのホワイトスターでは、内部調査が進められていた。そんな時、正体不明の機動兵器群が現れ、攻撃を開始する。ホワイトスターに駐留していた連邦軍艦隊は反撃を試みるが…。

謎の機動兵器群に襲撃される北米地区のテスラ・ライヒ研究所。クスハやアイビス、スレイたちは新型機と共に脱出を試みるが、異形のマシンに行く手を阻まれる。そして、その搭乗者は自らを「インスペクター」と名乗る…。

インスペクターによって混乱する地球圏。その最中、ノイエDCのアーチボルドは、軍資金を調達するためにリクセント公国を占拠する。一方、ヒリュウ改は地球へ降下し、ハガネと合流。キョウスケやエクセレンたちはリクセントを奪還すべく出撃する…。

北米の主要拠点を占拠したインスペクターに対し、連邦軍は反攻作戦「オペレーション・プランタジネット」の準備を進める。その裏では、連邦政府高官のグライエンが自分の支援者と共にある陰謀を進めていた…。

ノイエDCと休戦中であるにも関わらず、連邦軍伊豆基地は彼らの奇襲を受ける。陰謀を予感しつつも迎撃するキョウスケやエクセレンたち。アラドは敵の中にゼオラがいることを知り、彼女を取り戻すべく出撃する。そして、そんな彼の前にオウカのラピエサージュが現れる…。

ノイエDCに協力していたヴィンデルやレモン達の部隊、その名はシャドウミラー。彼らは独自の目的を持ち、ノイエDCから離反して戦闘母艦ハガネやヒリュウ改に戦いを挑む。その最中、キョウスケたちはシャドウミラーの意外な正体を知る…。

リュウセイが所属するSRXチームにマイという少女が加わる。彼女はチームリーダーであるアヤの妹であり、その過去には重大な秘密が隠されていた。そして、オペレーション・プランタジネットが発動され、ハガネとヒリュウ改は伊豆を発つ…。

インスペクターに占拠されたテスラ・ライヒ研究所。そこへゼンガーのグルンガスト参式とレーツェルのガーバインMk-IIIトロンベが現れる。研究所の奪還を目的とする彼らに対し、インスペクターのヴィガジは猛攻撃を行う…。

過去の記憶を失っていたSRXチームのマイは、自分がかつて地球圏を襲撃した異星人エアロゲイターの首魁、レビであったことを知る。いたたまれなくなった彼女は、戦闘母艦ハガネから飛び出してしまう。そして、そこにノイエDCの部隊が現れ…。

地球連邦軍の一大反抗作戦オペレーション・プランタジネットは終局に差し掛かり、連邦軍戦闘母艦ハガネとヒリュウ改は、バン・バ・チュン大佐率いるノイエDC部隊と協力してインスペクターが占拠するラングレー基地を急襲する。そして、そんな彼らの前に意外な伏兵が現れる…。

ラングレー基地奪還作戦でハガネやヒリュウ改と合流したノイエDCの兵士、ユウキとカーラ。彼らは地球圏を危機から救うため、キョウスケたちと共に戦うことを決意する。一方、エクセレンはアルフィミィと遭遇し、彼女に捕らえられてしまう…。

アインストの集団がカナダ地区のウィニペグに現れ、攻撃を仕掛ける。街を救うべく現地に急行するヒリュウ改。そして、グルンガスト参式で出撃したブリットとクスハたちは街に渦巻く邪悪な念を感じる。そして、そんな彼らの前に現れたものは…。

不気味な沈黙を続けるノイエDC拠点のアースクレイドル。そこにはバンの遺志に反するアーチボルドやアギラたちが潜んでいた。アースクレイドルがインスペクターの新たな地上拠点候補として狙われる可能性があると判断したレフィーナは、威力偵察を決断する…。

アースクレイドルで激戦を繰り広げるヒリュウ改とノイエDC部隊。ダイゼンガーを駆るゼンガーは、メイガスの門を守るウォーダンのスレードゲルミルと雌雄を決するべく戦う。一方、ライやレーツェルの前に仇敵アーチボルドが現れ、因縁の決戦が始まる…。

地上では軍事拠点を狙うアインストと地球連邦軍の戦闘が展開され、L5宙域のホワイトスターではインスペクターと、彼らと結託するシャドウミラーがアインストの集中攻撃を受け、身動きが取れなくなりつつあった。果たして、アインストの真の目的とは…？

連邦軍の戦闘母艦クロガネとヒリュウ改は、L5宙域に存在し、インスペクターの拠点となっているホワイトスターを目指す。クロガネ艦内でアルトアイゼンの強化改造が進められる中、アインストの集団が出現し、攻撃を仕掛けてくる…。

ホワイトスターへの奇襲作戦を敢行するべく、準備を進めるキョウスケたち。一方、ホワイトスターはアインストの襲撃を受け、インスペクターのヴィガジやメキボスたち、シャドウミラーのアクセルたちはそれに対応していた…。

ホワイトスターでクロガネとヒリュウ改、シャドウミラー、そしてインスペクターの三つ巴戦が繰り広げられる。対峙するキョウスケのアルトアイゼン・リーゼとアクセルのソウルゲイン。彼らの過去と思惑が激戦の中で交錯する…。

インスペクターやシャドウミラーとの激戦を続けるキョウスケたち。その最中、ホワイトスターは不気味に胎動する。果たして、生き残るのは誰か。人類の存亡と世界の行く末を賭けた最後の決戦が、今始まる…。