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DC战争、L5战役终结半年后。地球联邦军特殊作战PT部队“ATX队”为了执行讨伐秘密结社DC残党的任务，前往极东地区。他们在那裡看到的是……？

与新DC残党战斗中，乘坐名为安殊尔格的特机出现的神秘美女拉米亚。她有着无法顺利使用敬语的奇怪癖好，正体不明，京介对她抱有疑念。

隆圣、拉托妮进行新型机阿尔布雷德与比尔托法尔肯的模拟战。新DC残党部队为夺取新型机派出战力。其中有着年轻战士阿拉德和泽奥拉的身影。

对拉托妮来说，阿拉德和泽奥拉是曾在特殊训练机构学校共度时光的同伴。隆圣等人与ATX队合流，追踪新DC残党。驾驶比尔托法尔肯的泽奥拉出现……！？

京介等人对敌方充裕的战力抱有疑问，感受到黑幕的存在。另一方面，新DC残党据点非洲地区的巨大地下人工冬眠设施钢铁摇篮中，战力接连集结。

乘坐钢铁号追击新DC残党的京介等人。其中，拉米亚为了执行独自任务，秘密开始行动。另一方面，阿吉拉为了从联邦军带回拉托妮，向樱花下达出击命令。

京介、艾克塞琳、莱、拉托妮被赋予在特别自治区里克森特公国召开的地球环境峰会警护任务。京介和艾克塞琳在任务间隙享受久违的约会，但是……

曾是袭击地球圈的异星人艾亚尔盖特据点的宇宙要塞白色魔星。那里正在进行内部调查。此时，正体不明的机动兵器群出现，开始攻击。

北美地区的特斯拉·莱希研究所遭到神秘机动兵器群袭击。库斯哈、伊比斯、斯雷等人试图逃脱，但被异形机体阻挡。其搭乘者自称“监察者”。

因监察者而混乱的地球圈。其中，新DC的阿尔奇博尔德为筹集军资金占领里克森特公国。另一方面，飞龙改降下地球，与钢铁号合流。

对占据北美主要据点的监察者，联邦军推进反攻作战“金雀花作战”的准备。其背后，联邦政府高官格莱恩正在推进某个阴谋。

明明正与新DC休战，联邦军伊豆基地却遭到他们奇袭。预感阴谋而迎击的京介和艾克塞琳等人。阿拉德得知敌人中有泽奥拉，为了夺回她而出击。

曾协助新DC的温德尔和雷蒙等人的部队，其名为暗影镜。他们拥有独自目的，脱离新DC，向战斗母舰钢铁号和飞龙改挑战。

隆圣所属的SRX队加入了一位名叫舞的少女。她是队长彩的妹妹，其过去隐藏着秘密。然后，作战计划“金雀花”发动……！？

被监察者占据的特斯拉·莱希研究所。曾伽的古伦加斯特参式与雷切尔的加拜因Mk-III托隆贝出现。对他们，监察者的维加吉发动猛攻。

失去过去记忆的SRX队真，得知自己曾是袭击地球圈的异星人艾亚尔盖特的头目蕾比。无法忍受的她从战斗母舰钢铁号中飞了出去。

联邦军战斗母舰钢铁号与飞龙改，与班·巴·琼上校率领的新DC部队合作，突袭监察者占据的兰利基地。此时，他们面前出现了意外的伏兵。

在兰利基地夺还作战中与钢铁号、飞龙改合流的新DC士兵优树和卡拉。他们决心与京介等人共同战斗。另一方面，艾克塞琳遭遇阿尔菲米……！？

原生种集团出现在加拿大地区温尼伯，发动攻击。飞龙改紧急赶往当地拯救城市。驾驶古伦加斯特参式出击的布里特和库斯哈等人感受到城市中卷动的邪恶之念。

新DC据点的钢铁摇篮中潜藏着违背比安遗志的阿尔奇博尔德和阿吉拉等人。判断其可能成为监察者新地上据点候补的蕾菲娜……！？

在钢铁摇篮展开激战的飞龙改与新DC部队。驾驶大曾伽的曾伽，为了与守护梅加斯之门的沃丹的斯雷德盖米尔一决雌雄而战。

地上展开原生种与地球联邦军的战斗，L5宙域的白色魔星中，监察者及与他们勾结的暗影镜遭到原生种攻击，逐渐无法动弹。

联邦军战斗母舰黑铁号与飞龙改以存在于L5宙域、成为监察者据点的白色魔星为目标。阿尔特艾森的强化改造推进中，原生种集团出现……！？

京介等人推进对白色魔星奇袭作战的准备。白色魔星遭到原生种袭击，监察者的维加吉、梅基波斯以及暗影镜的阿克塞尔等人正在应对。

白色魔星上，钢铁号、飞龙改、暗影镜、监察者三方混战！对峙的京介的阿尔特艾森·里泽与阿克塞尔的灵魂之剑。他们的思虑在激战中交错。

与监察者及暗影镜持续激战的京介等人。就在此时，白色魔星不祥地胎动。活下来的是谁？赌上人类存亡与世界未来的最后决战开始了。