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皆に愛されていたスイスのロボットが粉々になって発見される。同じ頃、ユーロポールの刑事ロボット、ゲジヒトはある殺人事件の捜査に入ることに。この2つの事件には奇妙な共通点があった。

またしても見つかった、角を付けられた死体。ゲジヒトは、世界最高水準のロボット7人のなかでも特に優れた人工知能を持つアトムのもとを訪れ、この連続殺人事件の解明に協力を求める。

田崎純一郎が殺害された事件について、アブラー博士に話を聞く田鷲警視。一方ゲジヒトは、自分のメモリーデータが改ざんされているのではないかという疑念を抱き始めていた。

激しく損傷して弱りきったロボット犬を見つけたお茶の水博士は、自宅に連れ帰って修理を試みていた。するとそこに、そのペットロボットの飼い主だと名乗る男性が訪ねてくる。

アドルフ・ハースをセーフハウスに送り届けたゲジヒトは、自らの過去を振り返ってみることに。一方、エプシロンとヘラクレスは、謎の脅威が自分たちに接近していることを察知していた。

捜査のためペルシア王国を訪れアブラー博士と対面したゲジヒトは、博士のウソを察知する。そしてある少年ロボットとのやりとりをきっかけに、少しずつ真相に近づいていく。

何としてもアトムを復活させようと試みる天馬博士。消耗していたエプシロンのもとには、科学省国防局から警護が派遣され、次の標的である彼に避難を促す。

様子がおかしいアトムの行動を注意深く見守るお茶の水博士。自身の過去と対峙(たいじ)する天馬博士。そして真実が明かされ、地球は崩壊の危機に直面する。