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現在のメキシコシティを舞台に展開する諜報活動、犯罪、政治の物語。凶悪な麻薬カルテルの手がメキシコシティにも及ぼうとしている中、有能だが破滅的なＣＩＡ捜査官と彼の部下となる新任の若いメキシコ系アメリカン人女性、そして将来を嘱望されている謎多き若き市長の人生が交錯する。

ウェインはメキシコとアメリカが連携する対策センターに加わり、大量殺人事件の犯行グループを追う。一方、イザベルは大使館で待機せよとの命令を無視して、ゲレロ・カルテルの犯罪を暴く糸口を探る。そしてラロは麻薬カルテル捜査の主導権をめぐってメキシコ大統領と争い、キャリアを危険にさらす。

カルテルの内情を探るためにイザベルは最初の情報屋を見つけようと策を巡らすが、その過程で倫理的な境界を越えつつあった。旧知の男の訪問によってウェインは思い出したくない記憶を呼び起こされる。ラロは妻の意向に背き有力な富裕層の子供が起こしたレイプの訴えを進めようとする。さらにバティスタの計画が徐々に明らかになってくる。

ウェインとイザベルはパメラに危険な任務を与え、ゲレロ・カルテルとつながりのある腐敗した銀行家の自宅に潜入させる。 ラロとイザベルは美術展に取り組むうちに絆を深めるが、過去の別れ際の葛藤が再び友情を脅かす。 そしてバティスタの配下の殺し屋たちは謎の作戦行動を開始し、メキシコシティに恐ろしい事態を引き起こす。

ウェイン、イザベル、ロメロ司令官は人質を救出するため必死になって作戦を行っていた。ラロとメキシコシティ警察も救出のために行動を起こすが、ラロには秘密裏にやるべきことがあった。バティスタは手下を使って謎の作戦を実行する。ウェインとイザベルはやがて、メキシコシティを狙うバティスタの恐るべき企みに気づくことになる。

ラロは前のエピソードの出来事で動揺していた。 彼はイザベルを郊外にある自分の家族の旧宅に連れて行く。そこでイザベルは彼の大きな秘密を知ることになる。 一方、ウェインはバティスタの弱点を発見し、それを利用してカルテルに罠を仕掛ける。 しかし、バティスタも反撃の罠を仕掛けていた。

イザベルは、人命が奪われたことでウェインと手を切り、仕事と私生活において危険な行動に走る。ウェインは過去の知人に会いに行き、回想の中で、バティスタを憎む原因となった悲劇が明かされる。ゲレロ州のある丘で霊的な経験をしたバティスタは、メキシコ全土を揺るがしラロを苦しめることになる恐ろしい決断を下す。

イザベルの婚約者の追及によって、極秘に行っていたウェインの作戦が本部に知られることになれば、ウェインとイザベルは訴追される恐れすらある。イザベルはウェインに頼まれ、別人を情報屋に仕立てる計画に協力させられる。バティスタはウェインを脅したが、なぜか殺さなかった。ベロニカは結婚生活の真実を知る。そしてラロは今まで以上の悪事にに手を染めようとするが...。

ラロはゲレロ・カルテルと直接対決し致命的な結果をもたらす。ウェインとイザベルは、ウェインの危険な最後の賭けによってノルテ同盟と激しく争う。そしてイザベルとラロは親密な関係になる。

前回のエピソードの後、ウェイン、イザベル、ベロニカ、ラロはそれぞれが自分たちの人生や関係に気づくことになる。シーズン１の終盤でこれまでの関係が崩れる。ある絆が壊れ新たな絆が築かれる。主人公たちはそれぞれの戦いに向けて決意を新たにする。