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ハーバード大学の教授ロバート・ラングドンは、恩師のピーター・ソロモンの頼みでパーティーのスピーチをするため、ワシントンD．C．の議会議事堂を訪れる。しかし会場で待ち受けていたのはパーティーではなく、ピーターの切断された右手だった。ピーターをさらったと思われる人物、マラークからの電話で、「古の門」を探し解放しろと言われたラングドン。門の在りかを見つけるには、議事堂に眠る暗号を解く必要があり……。

ピーターを救うため、行動をともにするラングドンとキャサリン。CIAの追跡から救ってくれたのは、ピーターのフリーメイソンの友人ベラミーだった。ベラミーの協力を取り付け、ピラミッドの謎を解読するには鍵が必要だと気付いたラングドン。国会議事堂の警官で撃たれて入院中のヌニェスに協力を求めることに。さらなるCIAの追跡をなんとかかわすラングドンとキャサリンだが、マラークは彼女と行動することを許さず……。

マラークから、キャサリンを残しひとりで冠石を探せと言われたラングドン。しかし父親を助けたいという彼女の意志に押され、同行を許してしまう。一方CIAのサトウは、ベラミーから「リヴァイアサン」と呼ばれるフリーメイソン内に存在する秘密の組織の情報を聞き出す。それぞれが「古の知恵」の謎に向けて一歩進もうとするさなか、自分の警告を無視したラングドンらを戒めるべく、マラークはある狙いを定める。

別行動を余儀なくされたラングドンとキャサリン。ラングドンは、燃え残ったフィルムに謎かけが隠されていることに気付き、単身、ベラミーの元へ。一方、父親の生死を確かめたいキャサリンは、待ち伏せていたサトウに交換条件を出し、ある依頼をすることに。ヌニェスもまた、自分を撃った犯人の正体を暴こうと行動を起こす。ラングドン、キャサリン、ヌニェスが事件解決のために動き始めた先で待ち受けるものとは……。

ラングドンは冠石の箱の文字を手掛かりに、ナショナル・ギャラリーの版画にたどり着く。しかし、「門」の位置を特定することができない。そんな中、マラークから送られてきた映像でピーターの無事を確認したラングドンとキャサリン。2人は、サトウの提案でピーターを助け出す作戦を実行することに。一方、マラークの殺人に薬物が使われていたことを知ったヌニェスは、ある薬剤師に疑いの目を向け自宅を訪れると……。

マラークに連れ去られたラングドンは、地下に監禁され、ひとりでピラミッドと冠石の謎を解くよう言われる。監視のもと、ラングドンは冠石が入っていた箱に細工が施されていることに気付き、マラークにピーターの協力が必要だと訴える。一方キャサリンは、ヌニェス、サトウとともに、ラングドンたちを救うべく動いていた。しかし手掛かりを探すさなか、キャサリンはサトウから信じられない事実を明かされることになる。

ついにピーターを救ったラングドンとキャサリン。しかし、ある事実を知った3人は、深い悲しみと戸惑いのさなかにいた。一方マラークは逃亡を続けていたものの、リヴァイアサンの追っ手を振り切ることができず捕まってしまう。そこでサトウに引き合わされたマラークは、トルコの刑務所での記憶に思いをはせ……。ある人物に翻弄されたソロモン一家とラングドンの過去。そして、マラークの秘密がようやく明かされることになる。

マラークを逃がしてしまったリヴァイアサンのメンバーのノップは、状況報告を仲間に行なっているさなか、コンピューターがウイルスに感染したことに気付く。自分がマラークの策に引っかかったのだと悟り、ピーターの手引きでメンバー会議を行なうことに。一方ラングドンたちの元にも、マラークの生存と逃亡の知らせが届く。不安を募らせたキャサリンは、別宅で暮らしている母親を迎えに行こうと、ラングドンとともに車を走らせる。

連絡がつかないキャサリンの母親を訪ねたヌニェスは、マラークを見かけ追跡すると……。一方キャサリンは、ピラミッドの破壊を考えたものの、マラークを止めるためには謎を解くしかないと判断。そこで、ラングドンとピーターと3人でピラミッドの解読を続けることに。さらに3人はサトウの協力を得て、CIAを利用しマラークを捕らえる計画を立てる。一方、何としても古の知恵を先に見つけたいCIAは、ある男を連れて来る。

マラークに襲われ気絶したラングドン。目が覚めるとキャサリンの姿はなく、彼女を助けたければピーターを連れて来いとの指示だけが残されていた。しかし、肝心のピーターがCIAに捕らわれていることをサトウから聞く。途方に暮れるラングドンだったが、サトウにはピーター救出の考えがあるようだった。果たしてラングドンは、ピーターとキャサリンを無事に救い出し、古の知恵を見つけることができるのか？