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地球への移住のため、日本製宇宙ステーション「あんしん」でリハビリを行っていた月生まれの登矢と心葉は、初めての宇宙旅行に地球からやってきた子供たち、大洋、美衣奈、博士とともに、ステーションと彗星の衝突事故に巻き込まれてしまう。

大人たちとはぐれ、ネットが切断された閉鎖空間。酸素供給も途絶してしまった宇宙ステーション内で、登矢と大洋は仲間のもとを目指す。

ウサギのキグルミに助けられ、空気が漏れ続ける空間から避難する登矢たち。ときに反発し、ときに助け合いながら、子供たちは減圧、EVA、マイクロマシンの暴走といった様々な困難に立ち向かう。

市長である叔父と連絡を取ることに成功した登矢。だが、宇宙ステーションが何者かに乗っ取られ、さらなる大惨事が子供たちと人類全体を脅かす。

彗星が刻一刻と地球に迫るなか、登矢たちはセブンが予知した恐るべき未来、そしてセブンを支持するテロリストの隠された真実を知ることに。

登矢の叔父たちとともに、宇宙ステーションから脱出しようと奔走する美衣奈、博士、大洋。仲間を救うため、登矢は最後まで必死の抵抗を続ける。