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名門、キンバリー魔法学校の入学式に向かう少年・オリバー＝ホーン。彼は新入生の中で、ひときわ異彩を放つ、”サムライ”のような出で立ちの少女に目を奪われる。賑やかな喧騒とともに、歓迎の魔法生物パレードが始まるが、突然トロールの一体が暴走し始める。新入生のひとりに危害が及ぶその瞬間、それを阻んで立ち塞がったのは刀を携えたサムライの少女・ナナオ＝ヒビヤだった。

キンバリーでの授業初日、オリバーたちは「魔法剣」について学ぶ。呪文詠唱が間に合わない至近距離での攻防、「一足一杖」の間合いにおける「杖剣」を使った戦い方である。担当教諭・ガーランドの提案で、経験者同士で立ち合うことになるも、なぜか名乗りを挙げたのは魔法素人のナナオだった。相手を務めるオリバーは手加減しようとするのだが……。

迷宮化した夜の校舎で、禍々しい気を纏った上級生のオフィーリアとリヴァーモアに挟まれたオリバー、シェラ、ピートの３人。しかし、上級生たちには因縁があるらしく、互いを侮蔑しながら杖を抜く。魔女と魔人の戦いを前に為す術はなく絶体絶命の状況。そこに現れたナナオは、自分が囮となり3人を逃がすと言ってのけるが、オリバーは捨て身の彼女に怒りを覚えて……

カティはパレードで自らを襲ったトロールと仲良くなるため、魔法生物飼育区画へと足繁く通う。一方、人権派の彼女を疎むクラスメイトたちからの嫌がらせは日に日に悪化する。痺れを切らしたオリバーたちは、ついに“行動”に出てしまい……１年生の多くが敵に回る中、オリバーとナナオに決闘を申し込んだのは、授業初日から因縁をつけてきたアンドリューズだった。

決闘にガルダが乱入して以来、亜人種の権利を認めない保守派の生徒たちは随分と大人しくなっていた。カティは人権派の先輩・ミリガンに見守られながら、トロールを真摯に世話しつづけ、ついに意思疎通が叶う。やっと学校生活が軌道に乗り始めたと思えた矢先、トロールを処分するべきと主張していたダリウスによる「錬金術」の授業でオリバーは目をつけられてしまう。

カティを連れ去った犯人はミリガンだった。ミリガンはカティの“脳”を解剖し、トロールの言語能力を開花させた仕組みを暴こうとする。友人を助け出そうとするオリバーとナナオだが、上級生・ミリガンの実力を前に苦戦する。２人は連携し、決死の覚悟で攻撃に転じるが、嘲笑うかのように“蛇眼”が怪しく光る。果たして無事にカティを救うことはできるのか――。

母の仇の1人であるダリウスを討ったオリバー。残る復讐の相手は、キンバリー魔法学校の学校長・エスメラルダをはじめ6人の教師陣。突然姿を消したダリウスの行方について話し合う彼らだが、エスメラルダは犯人が誰であれ、自分を敵に回したことを後悔するのみと冷酷に言い放つ。一方、朝から様子がおかしいピート。実は彼の体には“ある変化”が起こっていた。

ピートは「魔法剣」の授業で同学年トゥリオ＝ロッシとの立ち合いに負け、 「頼もしい仲間に守られている“姫”」と侮辱されてしまう。 怒りを覚えつつも反論できないピートは、オリバーとシェラに放課後の特訓を願い出る。 しかし、そこに突っかかって来たのはまたもやロッシだった。 一年最強は誰かを決めよう――彼は活躍を続けるオリバーたちに対し決闘を申し込む。

特異体質“リバーシ”となったことを、オリバー以外の4人にも伝えたピート。同時に、それが欠点ではなく、魔法使いにとって稀有な才能であることをシェラから教わる。そんな中で挑んだ「魔法剣」の授業で、ピートは同学年のステイシー＝コーンウォリスと立ち合うことに。以前教師のセオドールに褒められたピートへ嫉妬を抱くステイシーは、容赦のない剣で彼を追い詰める。　

ミリガンから譲られた工房でオリバーとナナオが呪文の訓練をしている中、エントランスからガイの叫び声が聞こえてくる。駆けつけると、そこにはカティが絆を結んだトロール、マルコの姿があった。互いの友好を確認し合った彼らは、合流して二日目の迷宮探索へと出発。しかし行き先にステイシーとフェイが待ち構えており、メダルを賭けた決闘を挑んでくる。

迷宮第二層『賑わいの森』の中で、杖剣を交えるオリバーとオルブライト。度重なる猛攻をオリバーは必死に耐え凌ぎ、技術を駆使して粘り強くオルブライトと渡り合う。一方、シェラとナナオも、ステイシーとフェイの連携に苦戦。なぜステイシーがここまでシェラとの戦いに必死になるのか。そこには、マクファーレン家にまつわる複雑な事情にあった。

魔に呑まれたオフィーリアによって、ピートやオルブライト、フェイが攫われてしまった。ほかにも多くの生徒が行方不明となっており、ゴッドフレイら上級生が救出へと向かう。しかし、数日経っても彼らは戻ってこず、オリバーたちは焦りを募らせる。教師に掛け合うも取り合ってもらえず、ついに自らピートの救出へ向かうことを決意する彼らだが、意外な人物がそこに現れ……

捕らわれたピートたちを救うべく、迷宮第二層『賑わいの森』を捜索中のオリバーたち。険しい道のりが待ち構え、森は魔獣だらけ、さらにはオフィーリアの産み出したキメラが徘徊する中を通り抜けなければならない。懸命に歩みを進める彼らだが、その前に巨大な魔猿が姿を現す。戦いを覚悟するオリバーとシェラに対し、なぜかナナオは刀を抜かず魔猿へと近づいていき……。

迷宮第三層へと到達し、オフィーリアの濃密なパフュームに集中力を削られながら探索を続けるオリバー。その頃、同じく三層を進むゴッドフレイは、3年前のオフィーリアとの出会いを思い出していた。カルロスに紹介され、友人になるべく彼女のもとへ通い詰めた日々。その努力が実ってパフュームを克服し、彼はついに自らの自警団へオフィーリアを招き入れるのだが……。

ピートの投げた救難球の光はオリバーたちに届いていた。ピートはすんでのところで救出される。オリバーから「よく頑張った」抱きしめられたピートは安堵の涙を流す。が、再会を喜ぶのもつかの間、そこにキメラを連れたオフィーリアもやって来てしまう。もはや彼女との正面対決しか道はないと覚悟を決めるオリバーたち。一方で、同じ現場を目指すゴッドフレイとカルロスは……。