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世界各国の部隊がハワイ諸島に集結し、米軍のティタノストライド（TS）パイロット、ルイス・スミスは戦闘の最中に自衛隊のエースパイロット、イサミ・アオと出逢う。戦闘を通じてイサミの人並外れた実力を目にしたスミスは、彼に一対一の勝負を挑む。しかし約束の日、突如所属不明機による大規模な強襲を受け、平和な日々は終わりを告げる。

何とか窮地をしのいだ後、各国軍の司令官はブレイバーンを交えた作戦会議を行っていた。世界が危機に瀕していると熱弁するブレイバーン。しかし、突如現れた謎の存在を信用できないキングたちは対応を決めあぐねる。一方で訳も分からずブレイバーンに搭乗させられたイサミは敵のスパイだと疑われ、厳しい尋問を受けていた。混乱を極める中、新たな敵スペルビアがノースショア沖に襲来する。

ブレイバーンに拒絶され傷心のスミスは、海岸で謎の少女と出逢う。敵に関係しているのではと疑うが、行く先のない少女を放っておけず匿うスミス。一方イサミは無理やりブレイバーンに乗せられたショックからコクピットに引きこもる。そんな状況の中、生き残った各国軍はブレイバーンを基幹とした多国籍任務部隊(ATF)を結成し、世界を解放する戦いに赴く。だが、ATFの要となる航空母艦には不穏な影が迫りつつあった……。

ハワイを開放した多国籍任務部隊（ATF）は次なる目的地を日本に定める。各々が戦闘に備えて準備を進める中、スミスは謎の少女ルルの監視を命じられた。しかし、ただ遊んでいるようにしか見えないスミスに対し、イサミは不満を募らせる。その姿をみたブレイバーンは、イサミを連れてとっておきの『いい場所』へと向かう。

日本救出奪還作戦『オペレーション・アップライジング』が開始されるまであと1週間。多国籍任務部隊（ATF）の艦隊は太平洋を横断していた。ブレイバーンの搭乗者として期待を寄せられるイサミは、プレッシャーを感じつつもその気持ちは周囲に隠していた。そんなイサミの様子が気がかりなスミスは、何とか彼と話そうとするがうまくいかない。悩むスミスだったがブレイバーンとの会話をきっかけにある妙案を思いつく。

先行して日本に上陸したイサミ、ブレイバーン、そしてスミスは生存者の探索を行う。生存者が見つけられなかったときは、部隊を安全に上陸させるための事前砲爆撃を実施すると伝えられたイサミ達。誰も発見できず焦りを募らせる中、スミスにピンチが迫る。困難な状況でも諦めないイサミ、その心に呼応するかのようにブレイバーンの新たな力が覚醒する。

ハワイ諸島で倒したはずのスペルビアが多国籍任務部隊（ATF）の前に再び立ちはだかる。同時に新たなデスドライヴズも動き出し、イサミとブレイバーンが交戦する。スミスは総攻撃で一時的にスペルビア抑えることに成功するが、ティタノストライド（TS）を破壊され絶体絶命の危機に瀕していた。

スミスはブレイバーンの直掩TS部隊ブレイブナイツの隊長に任命される。どんな困難もブレイバーンとイサミなら乗り越えられると語るスミスは、イサミを勇気づけるように共に世界を救おうと約束を交わした。日本を取り戻した多国籍任務部隊（ATF）はヨーロッパ方面への進軍を計画するが、出港の直前、横浜一帯が深い霧に包まれる。視界もままならず通信も途絶、孤立したコンステレーションに新たな3体のデスドライヴズが襲い掛かる。

イサミのもとに届くルイス・スミス戦死の知らせ。冷静さを失ったイサミにブレイバーンの言葉は届かず、ヴァニタスとペシミズムに苦戦を強いられる。一緒に世界を救いたいと誓った2人の強い想いがイサミから溢れ出したとき、奇跡が起こる。

スペルビアをオジサマと呼ぶルルは、スペルビアに乗ると迫る。イサミとブレイバーンを救うためにはスペルビアの力が必要だと伝えるが、スペルビアに拒絶されてしまう。その後ルルは一人で戦いに行こうとするイサミを必死で説得しようとするが聞き入れてもらえず、強硬手段に出る。一方で相棒のすばらしさを語るブレイバーンを見て心が揺らいだスペルビアは、ルルと一つになる決心をするのだが……。

スペルビアを仲間に迎えたイサミたちは、決戦の地ハワイ諸島へと向かう。残る3体のデスドライヴズの情報をスペルビアから得たイサミたちは激戦に備え『オペレーション・ボーンファイア』を発動し、お互いの絆を確かめ合っていた。ハワイ諸島のデスドライヴズが静かに待ち構える中、全てが謎に包まれたデスドライヴズ、セグニティスを先に倒すため、ブレイバーン、イサミ、スペルビアそしてルルの2体と2人が最後の戦いに赴く。

ブレイバーンを失い、戦う意思をくじかれたイサミ。絶体絶命の危機に陥るイサミとルル。自分はヒーローにはなれない、それでも死にたくないと叫ぶイサミは、縋るようにコクピットに駆け込む。そこでイサミがみたものとは―― 「キミなら、その先に行ける」 「勇気爆発のその先に」 託された勇気を胸に、イサミは再び立ち上がる。 君たちは本当の勇気に出逢う。