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特殊部隊員のアレクサンダーは、ベラルーシでの人質救出任務で「アメリカ市民を優先し、ひとりだけ選べ」という指示を受けるが、先に見つけた外国人の少年を助け、アメリカ人女性を置き去りにしてしまう。彼は罪悪感から時折パニック発作を起こすように。3年後、転属してアメリカの秘密機関の監視を行なう秘密組織「オーファネッジ」で情報分析官となっていたが、もう一度現場に戻るべく諜報員のポストに応募する……。

アレクサンダーが脳のハッキングに気づく1カ月前。オーファネッジでアレクサンダーのPC画面から情報漏洩したことが発覚する。聖ゲオルギウスは、脳のハッキングの危険性を予見していた若手の予測分析官パーカーに担当させるようモイラ部長に指示。アレクサンダーの脳がハッキングされていることを知らされたパーカーは、クレイモア作戦に加わった。モイラとパーカーは敵をおびき寄せるためのシナリオを作り……。

敵の手掛かりを得るため、オーファネッジは、現在進行中のポセイドン作戦を犠牲にすることを決める。大統領選に出馬予定のスロバキアの政治家、クロヴァーチの帰国を援護するCIAを監視する任務がポセイドン作戦だった。帰国日程が現政権に漏れれば、クロヴァーチが奇襲されるリスクがある。しかし、作戦の実行直前にクロヴァーチの帰国日程と隠れ家の変更情報が入り、アレクサンダーは初めて現場任務に就く……。

アレクサンダーにハッキングを仕掛けた敵をおびき出すために、パーカーは新たな作戦を立案する。インターポールとＦＢＩの連絡係で、犯罪組織と通じている男ソウルを協力者に仕立てることに。そして、オーファネッジにスパイを送り込んだ人物の情報だと思わせる送付元不明のドライブを彼に送り、敵が回収しに来るように仕向けるという内容だった。アレクサンダーはソウルに接近、取引に応じるふりをしつつ敵を待つが……。

1987年、バージニア州。故郷の中国を追われ、諜報員のヴィクターの手助けでアメリカに移住してきたばかりのプレストンとヘレンは、訪ねてきたヴィクターに異国の地で生まれる息子を見守ってほしいと強く頼む。そして現在。アレクサンダーはオーファネッジに私生活まで操られていると気付くと、ハッキングされていることや犠牲者を出して極秘任務を行なっていることを、ひそかにヴィクター宛てのビデオレターに綴る……。

パリの地下でシフと接触したアレクサンダーは、ハッキングした理由と治療法について彼を問い詰める。しかしシフは、カサンドラRU―258の被験者は半年以内に精神崩壊するか死亡していると言う。実はシフはかつて東ドイツの諜報員で、アメリカへ情報を流す見返りに約束されていた亡命を聖ゲオルギウスがほごにし、恨みを抱いていたのだ。アレクサンダーはタイムリミットの22時までに方策を考えると約束し……。

アレクサンダーが自宅で「聖ゲオルギウスに会わせる」と言うのを聞いたパーカーは、ミシェルに殺害指示を出す。アレクサンダーはミシェルに脇腹を刺されるも逃走。暗殺チームを差し向けたパーカーは、このままだと彼が2時間以内に死に至る状況だと知る。一方、レイチェルの別荘を訪ねたアレクサンダーは傷の手当てをする彼女に脳のハッキングについて告白し、もし関与しているなら治療法を教えてほしいと懇願するが……。

時はパリのドライブ奪還作戦前にさかのぼる。ケージでアレクサンダーと面会した聖ゲオルギウスはコペンハーゲン・テストの話を持ち出し、アレクサンダーの本当の問題は命令より良心を優先させることではなく、やり通す覚悟が足りないことだと指摘する。また、今回の任務では命令にかかわらず、最後まで自分の意志で行動するよう助言も与える。そして現在。アレクサンダーはヴィクターにあるモールス信号を送っていて……。