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ラピスの街に住む見習い魔女メグ・ラズベリーは17歳の誕生日に、師である『永年の魔女』ファウストから余命1年の呪いを宣告される。助かる方法が不可能に近いことに不貞腐れていると、とある少女から母親が眠ったまま起きない話を聞く。

メグの親友の学生、フィーネが魔女の館へ相談に訪れる。彼女のお願いは、祖父の形見である古い腕時計を直すこと。動かなくなった腕時計は、時計に宿る精霊が弱っているようで――

ファウストが家を空け、留守番をするメグのもとに、東洋からきた七賢人の一人『英知の魔女』祈が訪れる。祈は会話を重ねていくうちに、メグの余命が短いことを見抜いてきて――

メグと同い年で七賢人の『祝福の魔女』ソフィが異界祭りのためラピスの街を訪れる。美しい魔法パフォーマンスで人々を喜ばせているソフィだが、彼女の目的は「魔法をこの世から消すこと」で――

メグとソフィは異界祭りの会場でマリーと出会う。彼女は昨年の祭りで一緒に花火を見た男性を探していた。今年は花火が上がらないと知り、再会を諦める彼女を見てメグは共に男性を探すことを決める。

嬉し涙を集めるコツをつかみ、効率良く50粒まで涙を集めほくそ笑むメグ。涙を集めることに夢中で大事な気持ちを見失っているメグの様子を見て、ファウストは彼女に「魔法禁止」を言い渡す。

『ラピスの魔女』の二つ名を得たメグは、20年に一度の大祭「魔法式典」に参加することに。魔導士たちで賑わう会場でメグは無数の精霊に囲まれる不思議な少女と出会い、一緒に会場を回ることになって――

ある日メグはラピスの街に住む少女、メアリの首筋に火傷のような傷跡を見つける。それは悪魔の生贄になった証「悪魔の烙印」。悪魔は非常に危険な存在のため、ファウストはメグにメアリと関わることを禁じるが――

魔力汚染された大樹の伐採の相談を受けたメグ。魔力を吸いすぎて変質した大樹は急ぎ駆除しないとラピスの街全体に悪影響を及ぼす危険な状態だった。そんな樹の上にいた不思議な少女がメグに話しかけてきて――

足の治療を買って出てくれた『生命の賢者』ジャックに会うため、メグは水の都アクアマリンを訪れる。そこで自身がファウストに引き取られた経緯とこの街に呼ばれた本当の理由を知って――

魔力汚染の治療法をジャックと共に探るメグ。成功の鍵は魔法に強い想いを込める「感情」の力だった。希望の光が見えたのも束の間、近海の魔力の変異でアクアマリンに津波の危機が迫って――

赤ん坊の頃の夢を見てうなされるメグの元に『災厄の魔女』エルドラが現れる。エルドラはメグと同じファウストに育てられた姉弟子だった。エルドラが告げた真実はメグを大きな決断へと導く。