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かつて最強の殺し屋だった平良 凪（タイラ ナギ）は、妹の平良 静（タイラ シズカ）を庇って意識が戻らぬ身となり車椅子生活を送っていた。静は殺し屋の仲介人として殺しの依頼を請け負い、兄を“リハビリ”と称して戦場へと連れ出す。兄の完全覚醒を願って、静は凶悪な強盗団のボス・嵐山ゴローを始末する依頼を受けた。

凪のリハビリのため、より強い殺意を持つ相手を探す静は、凄腕の狙撃手・髙無 猟（タカナシ リョウ）に目を付ける。髙無は“いい的（マト）”にしか興味を示さない狂気の男だった。静は髙無に凪の狙撃を依頼し、その強烈な殺意によって凪を覚醒させようと画策する。

凪と静が元いた暗殺者育成機関“学園（ガクエン）”から追手の黒坂直墨（クロサカ ナオズミ）、騰子（トウコ）の兄妹が鬼城島（グイチェンとう）にやってくる。A組の彼らは島で多発する「妙な殺し」が凪の仕業ではないかと疑い、捜索を開始する。静はかつての学友である直墨たちに遭遇し、凪の居場所を問い詰められ、絶体絶命の危機に陥る。

黒坂兄妹に居場所がバレ、追い詰められた凪と静。この状況すらもリハビリとして活かそうとする静が騰子を焚き付け激しい戦闘が始まる。凪は戦車椅子・第三號機（タンクチェア・マークスリー）「鉄拳車椅子（フィスト）」に搭乗し戦うも、直墨も加勢し苦戦を余儀なくされる。

平良兄妹に敗れた黒坂兄妹は“学園”の創設者・先生（センセイ）に報告をする。最後のチャンスとして引き続き平良兄妹の追跡を命じられた黒坂兄妹の元に、“学園”から新たな刺客としてＡ組の新人・渦（ウズ）が送り込まれる。凪への異様な執着心を持つ渦は任務と称した破壊活動を行い、その圧倒的な力と異常な行動で黒坂兄妹を困惑させる。