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Nagi Taira, que no passado foi o assassino mais temível da cidade, ficou em coma após proteger sua irmã mais nova, Shizuka, e agora vive numa cadeira de rodas. Shizuka, que é intermediária de assassinos, aceita trabalhos de assassinato para o seu irmão como parte de sua "reabilitação". Na esperança de despertar Nagi, Shizuka aceita um contrato para eliminar Goro Arashiyama, chefe de uma gangue.

Para a reabilitação de Nagi, Shizuka procura alguém com um desejo de matar ainda mais forte e acaba de olho em Ryo Takanashi, um atirador de elite super habilidoso. Takanashi é um cara maluco que só se interessa por "bons alvos". Shizuka pede pra ele atirar em Nagi, na esperança de que o intenso desejo de matar dele desperte totalmente o irmão dela.

Naozumi Kurosaka e sua irmã mais nova, Touko, alunos da instituição de treinamento de assassinos "a Academia" onde Nagi e Shizuka estudaram, chegam à Ilha de Guicheng. Como membros da Turma A, eles suspeitam que Nagi esteja por trás da onda de assassinatos estranhos na ilha. Quando Shizuka se depara com eles, os dois a interrogam sobre o paradeiro de Nagi, e ela se vê em grave perigo.

Os irmãos Kurosaka encontram Nagi e Shizuka, deixando-os encurralados. Determinada a usar até mesmo essa situação como parte da reabilitação de Nagi, Shizuka provoca Touko, desencadeando uma batalha feroz entre Nagi e ela. Nagi luta em sua cadeira-tanque Mark III: "punhos de ferro", mas logo é forçado a enfrentar uma batalha difícil quando Naozumi entra na briga.

Os Kurosakas se reportam ao Sensei, fundador da Academia, depois de terem sido derrotados pelos Tairas, e ganham uma última chance de ir atrás deles. Uzu, um novato da Turma A, é enviado para ajudar. Uzu parece obcecado por Nagi e parte para uma explosão de violência sob o pretexto de cumprir sua missão, deixando os Kurosakas perplexos com seu poder avassalador e seu comportamento imprevisível.