전체 에피소드

2015년, 사도의 습격을 받은 제3 신도쿄시. 아버지를 만나러 온 이카리 신지는 카츠라기 미사토에 의해 위기를 모면하고 네르프에 도착한다. 소년의 운명은 어디로 흐르는가.

에바 초호기에 탑승했던 신지는 전투에 대한 기억 없이 병원에서 의식을 찾는다. 네르프의 일원이 된 이카리 신지. 미사토는 신지와 함께 생활하기로 하고, 환영 파티를 한다.

고슴도치의 딜레마일까? 친구들에게 다가갈 수 없는 신지. 설상가상 신지가 에바 파일럿임을 알게 된 토우지는 화풀이를 한다. 사도와의 전투엔 예상 밖의 복병이 나타나고.

지난 전투 이후 힘들어하던 신지가 급기야 가출을 감행한다. 그러나 일탈도 잠시, 네르프에 의해 연행되고. 여전히 에바의 탑승을 괴로워하는 신지에게 미사토는 선택권을 준다.

'퍼스트 칠드런' 아야나미 레이. 에바 0호기의 파일럿이지만 과거 기록도 친구도 없다. 그런 레이가 궁금했던 신지는 우연히 그녀의 집에 갔다가 못 볼 광경을 보고 만다.

네르프 본부를 향해 구멍을 뚫는 제5 사도. 도달까지 남은 시간은 10시간 남짓. 자, 야시마 작전 개시다. 일본 전체 에너지를 끌어모은 포지트론 라이플로 사도를 섬멸하라.

세컨드 임팩트의 진실에 대해 듣게 된 신지. 한편 리츠코와 미사토는 에바의 단점을 보완한 JA 로봇 시연회장에 참석한다. 그러나 로봇이 폭주하자 미사토는 결단을 내린다.

에바 2호기를 수송하던 UN 함대가 사도의 공격을 받는다. 이번엔 수중전. 아스카와 신지는 2호기에 탑승해 사투를 벌인다. 그러나 배에는 에바 2호기만 있던 게 아니었으니.

요격 시스템의 복구율이 부진한 가운데 또다시 사도가 습격해 온다. 초호기와 2호기의 동시 출격. 그러나 작전은 실패하고, 파일럿들의 합을 맞추기 위해 합숙을 시작한다.

화산에서 태아 상태의 사도 발견. 곧 2호기가 투입되지만 포획에 실패하고, 작전은 섬멸로 변경된다. 자칫 또 다른 세컨드 임팩트를 야기할 절체절명의 위기. 에바의 운명은?

정전된 제3 신도쿄시. 엎친 데 덮친 격으로 제9 사도까지 상륙한다. 사상 최초 0호기, 초호기, 2호기의 동시 출격. 그럼에도 무섭게 공격하는 사도. 어떻게든 섬멸해야 한다.

수뇌부 부재로 네르프를 임시 지휘하게 된 미사토 소령. 하늘에서 떨어지는 사도를 직접 손으로 막으라 지시한다. 3명의 파일럿들은 '기적의 가치'를 증명할 수 있을까.

파일럿 테스트 중 오염 발생. 마기 시스템이 침식되고 사도가 침입한다. 어쩔 수 없이 에반게리온을 대피시켜야 할 상황. 사도를 막을 방법이 없자 리츠코는 묘안을 내놓는다.

신지의 첫 출격을 시작으로 제3 사도부터 제11 사도를 섬멸한 네르프의 성과가 검토된다. 한편 파일럿들이 에바를 바꿔 타는 기체 연동 시험 중 뜻하지 않은 일이 생기고.

엄마가 잠든 곳에서 신지는 아버지를 만난다. 오랜만에 진솔한 대화를 나누는 부자. 미사토는 과거에 카지와 헤어진 이유가 자신의 아버지를 닮았기 때문이라고 털어놓는다.

사도의 그림자 속으로 빨려 들어간 에바 초호기와 신지. 네르프는 둘 모두를 잃을까 노심초사한다. 생명 유지 모드에서 버티고 있던 신지는 LCL이 탁해지자 공포에 휩싸인다.

사도에게 지능이 생기고 있음을 직감하는 이카리 겐도. 네바다에서의 실험으로 에바 4호기가 소실되고, 네르프는 3호기를 가져온다. 에바 3호기의 파일럿은 누가 될 것인가.

가동 실험 중 통제 불능에 빠진 에바 3호기. 네르프는 사도에 의해 침식된 것으로 파악한다. 3호기의 파일럿이 누군지 모르는 신지는 사건 수습을 위해 현장으로 급파된다.

이번에도 도망치려는 것일까? 지난 전투 이후 화가 난 신지는 에바를 조종하지 않겠노라 말하고 네르프를 떠난다. 서드 칠드런의 말소. 그 무렵 새로운 사도가 출현한다.

초호기의 각성과 해방. 사도를 뜯어먹은 초호기는 누구도 막지 못할 존재가 된다. 이때 신지와의 싱크로율은 400%. 하지만 신지는 에바에 흡수되고, 내면의 자아와 조우한다.

제레가 후유츠키를 납치해 네르프와 겐도의 진의를 추궁한다. 아담과 에바의 존재를 알게 되고 조직에 합류했던 과거를 회상하는 후유츠키. 저마다 지닌 목적은 무엇인가.

질투심과 패배감에 싱크로율이 저하된 아스카. 자신을 증명하기 위해 명령을 어기고 출격한다. 제15 사도와의 전투. 그러나 실패로 돌아가고 겐도가 롱기누스의 창을 꺼낸다.

사도가 0호기와 레이를 침식해 간다. 초호기마저도 위험한 상황. 레이는 결단을 내려 자폭하고, 제3 신도쿄시와 함께 소멸한다. 사라진 레이, 그리고 밝혀지는 그녀의 정체.

아스카를 대체할 피프스 칠드런, 나기사 카오루가 도착한다. 세컨드 임팩트가 일어난 날과 생일이 같다는 것 외에는 과거 기록이 없는 아이. 게다가 위원회가 직접 보냈다고?

인류 보완 계획이 시작된다. 육체에서 영혼을 해방해 완전한 하나의 존재로 돌아가려는 것. 에바의 파일럿들 역시 현실과 내면의 경계가 무너지며 존재의 본질에 맞닥뜨린다.

계속되는 인류 보완 계획. 온전한 자기 자신으로 살지 못했던 신지는 에바의 파일럿이 아닌 자신도 존재할 수 있음을 깨닫는다. 신지는 혼자만의 세상에서 나올 수 있을까.