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深海棲艦と戦う力、「艦娘」。緒戦は圧倒的だったその艦隊も、敵に物量に徐々に圧倒され、戦局は大きく傾いていく。そんな中、白露型駆逐艦「時雨」も所属部隊が改編され、決戦戦力の一部、第一遊撃隊部隊第三部隊(1YB3H)に配属される。その艦隊の任務、そして彼女たちの向かう先に待ち受けるものとは――。

「時雨」たち、第一遊撃部隊第三部隊(1YB3H)は、主力部隊の掩護のため、運命の海峡へと向かう。 海峡に向う道中で襲い掛かる敵艦載機、そして待伏せ攻撃を企図するPT小鬼群。1YB3Hは、彼女達の唯一の海上航空兵力、航空巡洋艦「最上」から「瑞雲」「強風改」の水上機部隊を発艦、迎撃にあたるのだった。

戦艦「山城」率いる、「時雨」たち第一遊撃部隊第三部隊(1YB3H)は、圧倒的に敵水上艦艇の蠢く運命の海峡に突入、夜戦での突破を試みる。 夜の海峡入口で、早くも敵PT群や大型駆逐艦部隊の波状攻撃に晒される1YB3H。瞬く間に「山城」の僚艦「扶桑」が被雷、大損害を受ける。姉の被雷に狼狽する「山城」は、それでも1YB3Hの前進を決意する。 海峡の奥で、彼女たちに待ち受ける運命とは。

激戦となった「海峡夜戦」。1YB3H「時雨」は、佐世保への帰還を果たしていた。だが、彼女たちの参加した捷一号作戦決戦は、戦術的勝利を勝ち取ったものの、艦隊の受けた損害も甚大だった。1YB3Hは解隊、「時雨」は新たに再編された第二水雷戦隊へ配属される。

旗艦「矢矧」以下、残存の精鋭駆逐艦で再編成した第二水雷戦隊、通称「二水戦」。歴戦の駆逐艦「磯風」「浜風」、そして「雪風」と共に1YB3Hの残存艦「時雨」もその一翼となる。 そんな中、提督と二水戦旗艦「矢矧」は、再編二水戦の練度を高めるべく、実戦形式の全力演習を実施するのだった。

航空戦艦「伊勢」「日向」、そして軽巡「大淀」を基幹とした完部隊は、戦略物資輸送のために昭南に向かう。残された二水戦は、少ない戦力を駆使して、海上輸送航路の護衛に努める。「時雨」はヒ船団の護衛艦艇として再び空母「龍鳳」の護りに就き、敵潜水艦の跳梁する海に出撃していく。