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与深海栖舰战斗的力量——“舰娘”。 开战时势不可挡的舰队，被敌人源源不断的资源逐步压制，战局向对方大为倾斜。 就在这时，白露型驱逐舰“时雨”从原所属部队被改编分配到决战战力的一部分：第一游击部队第三部队（1YB3H）。这支舰队的任务和在目的地等待着她们的是——

“时雨”所在的第一游击部队第三部队（1YB3H），为了掩护主力部队，前往命运的海峡。 向海峡前进的途中，不仅有突袭而来的敌方舰载机，更有PT小鬼集群潜伏着准备偷袭。1YB3H中唯一的海上航空兵力——航空巡洋舰“最上”派出了水上机部队“瑞云”、“强风改”迎击。

在战舰“山城”率领之下，“时雨”所在的第一游击部队第三部队(1YB3H)，突入有着压倒性数量蠢蠢欲动敌方水面舰艇的命运之海峡，试图在夜战突破。 在夜晚的海峡入口，1YB3H马上就遭到敌方PT群和大型驱逐舰部队的波状攻击。转瞬间“山城”的僚舰“扶桑”就受到雷击而严重受损。尽管“山城”因姐姐受到雷击而进退失据，但还是决心让1YB3H继续前进。 在海峡的深处，等待她们的命运究竟是……

在“海峡夜战”的激战后，1YB3H的“时雨”成功回到了佐世保。但是，她参加的捷一号作战决战虽然取得了战术上的的胜利，舰队却受到了严重的损伤。1YB3H被解散，“时雨”被调入重新编成的第二水雷战队。

残存的精锐驱逐舰们，配属在旗舰“矢矧”之下，再次编成通称“二水战”的第二水雷战队。历战的驱逐舰“矶风”、“浜风”和“雪风”以及1YB3H的残存舰“时雨”都是其成员。 在这种情况下，提督和二水战旗舰“矢矧”，为了提高再编二水战的练度，实施了实战形式的全力演习。

以航空战舰“伊势”、“日向”和轻巡“大淀”为基干的“完部队”为了运输战略物资而前往昭南。留下的二水战利用少量战力护卫海上运输航线。 “时雨”作为“ヒ船团”的护卫舰艇再次为空母“龙凤”护航，朝着敌方潜水舰肆虐的海域出击。

停泊在吴的舰队，收到“完部队”成功运输了战略物资的喜讯。她们补给了贵重物资，在最后的决战准备中，派赴佐世保的轻巡“矢矧”所率领的精锐二水战，为削弱敌侵略部队而展开海上游击战。 在作战之前，提督和旗舰“矢矧”，命令二水战“时雨”进行新的改装。

终于，敌深海栖舰开始最终的侵略作战，南西群岛海域被染成赤红。为了进行迎击，我方最后的机动部队将敌方航空战力引诱到海域北方，赌上在这个空档中取得胜利的一丝机会，“大和”及“矢矧”所率领的精锐二水战的第一游击部队，杀入敌方侵略大部队的中枢。 与未来（现在）相连，“时雨”她们最后的战斗。请一起见证。