Wszystkie odcinki

Trzynastoletnia Lain Iwakura jest nieśmiałą, cichą uczennicą, która trzyma się na uboczu. Pewnego dnia otrzymuje e-mail od koleżanki ze szkoły, która właśnie popełniła samobójstwo. Nie jest przerażona, ale zaciekawiona. Wkrótce zaczyna widzieć wizje, a jej życie zaczyna się zmieniać.

Klub Cyberia. Muzyka, światło i ludzie, którzy przychodzą tutaj, aby się zabawić i zapomnieć o rzeczywistości. Pojawia się też kolejna Lain, która wygląda bardzo podobnie, ale jej charakter i zachowanie są całkowitym przeciwieństwem poprzedniczki.

Wydarzenia z Cyberii sprawiają, że dziewczyny stają się małymi gwiazdami w swojej klasie. Ale dla Lain wciąż mają miejsce bardziej tajemnicze wydarzenia. Dziewczyna otrzymuje chip Psyche od tajemniczego darczyńcy, a dziwni Faceci w Czerni śledzą ją i okazuje się, że w WIRED jest jeszcze jedna "Lain".

Niepokojąca gra sieciowa o nazwie PHANTOMa ma dla graczy śmiertelne skutki. W miarę jak Lain prowadzi śledztwo w sprawie śmierci, jej rosnące zainteresowanie WIRED budzi niepokój ojca, Miki i Alice.

Do Lain docierają tajemnicze wiadomości o istnieniu, Bogu i nadchodzącym proroctwie. Kiedy Mika zastanawia się nad znaczeniem tych wiadomości, zaczyna się dla niej bardzo dziwny dzień. W drodze do szkoły widzi Lain stojącą w korku. Następnie na każdym kroku widzi przesłanie: "Wypełnij proroctwo". W miarę jak rzeczywistość wokół niej ulega zniekształceniu, Mika szybko pogrąża się w koszmarze, z którego może nie być w stanie się uwolnić.

Małe dzieci zachowują się dziwnie, mają wyciągnięte ręce i w milczeniu wpatrują się w niebo. Nagle na niebie pojawia się szokująca projekcja, wyglądająca jak Lain! Zdeterminowana, by dotrzeć do sedna sprawy, Lain dociera w końcu do twórcy KIDS, ale to, co odkrywa, nie jest tym, czego się spodziewała.

W czasie, gdy działania Rycerzy trafiają do wieczornych wiadomości, po mieście błąka się dziwny mężczyzna o imieniu Nazumi z przypiętymi do ciała urządzeniami. Ludzie w WIRED pytają: ""Kim jest Lain"". Tymczasem dwóch agentów MIB zabiera Lain do siedziby Techibany, gdzie tożsamość Lain zostaje zakwestionowana przez pewnego mężczyznę; jak dobrze zna ona swoich rodziców, siostrę, siebie? Czy Lain potrafi mu odpowiedzieć?

Wciąż wstrząśnięta informacjami, które otrzymała od Facetów w Czerni, Lain odkrywa, że obwinia się ją o rozpowszechnianie okropnej plotki w WIRED. Czy to, co powiedział jej człowiek w czerni jest prawdą, czy jest to kolejna osoba w WIRED? A może sama to robi? Lain musi się tego dowiedzieć albo straci jedynego prawdziwego przyjaciela, jakiego ma.

Film dokumentalny o Roswell dostarcza Lain cennych informacji na temat pionierów WIRED. Później, w Cyberii, J.J. mówi Lain, że zostawiła coś poprzedniego dnia i wręcza jej kopertę z logo Rycerzy. W kopercie znajduje się chip. Lain, wierząc, że to znowu sprawka tej drugiej "Lain", postanawia blefować Taro i pójść na "randkę". Zabiera go do swojego pokoju i żąda, by powiedział jej, co wie. Dzięki informacjom uzyskanym od Taro i tajemniczemu chipowi Lain dowiaduje się więcej, niż się spodziewała.

Lain zmaga się z problemem swojej tożsamości. Czy jest człowiekiem, czy tylko hologramem? I czy to Rycerze są odpowiedzialni za złą Lain? Dziewczyna postanawia rozprawić się z rycerzami raz na zawsze.

Samotna i przerażona Lain zagłębia się w WIRED, analizując wydarzenia ostatnich kilku tygodni i poszukując prawdy o tym, kim jest.

Zaniepokojona tym, co zobaczyła, Alice postanawia odwiedzić Lain w domu i dowiedzieć się, co się dzieje. Tymczasem dwóch agentów MIB doznaje silnego szoku, a Eiri ujawnia swój prawdziwy motyw usunięcia bariery między światem rzeczywistym a WIRED.

Świat się rozpada, ludzie umierają, a zdrowie Alice jest zagrożone. Aby ocalić ludzkość, Lain może zrobić tylko jedną rzecz - musi złożyć najwyższą osobistą ofiarę.