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岩仓玲音，一个害羞的13岁女学生，收到一封来自已自杀的同学的电子邮件。这是个恶作剧吗？玲音并不感到恐怖，而是感到好奇。

Accela——一种诞生于纳米技术的设计药物——它在俱乐部的孩子中大受欢迎，但这与玲音有什么关系？只有一个用鲜血涂满舞池的疯子能回答这个问题——他已经死了。

玲音对有人留在她储物柜里的电脑芯片有所疑问，而她的爸爸什么也没有说。 俱乐部里的一些孩子说他们对此了如指掌——但他们想要体验玲音狂野的一面。

越是与电脑深入接触，玲音就越是开始转变。在曾是她房间的电脑控制茧房中，玲音正在努力地模糊现实与网络之间的界限。

玲音的朋友们怀疑她与一系列的计算机错误有关，这导致了一场致命的交通事故。同时，她的姐姐正被一条要求她“完成预言”的神秘信息所困扰。

当玲音的全息影像出现在云层中时，“真实的”玲音进入了网络寻找答案。她的探索指向了一位“儿童杀手”科学家，这位科学家的邪恶研究如今正被KNIGHTS所利用。

穿着黑色西装的秘密特工将玲音带去审问。当问话提及玲音的家庭时，她在一瞬间从真实的玲音变成了网络上的玲音。

玲音在网络上不光彩的行为使她在学校里被众人排挤。困惑又孤独的玲音调查了自己在网络上的生活方式，却被她的偷窥狂身份所震惊。

俱乐部的一名DJ交给玲音一个寻常的棕色信封，其内装有一个来历不明的电脑芯片。为了了解更多关于秘密技术的信息，玲音绑架了一个小男孩和她“约会”。

玲音遇到了一个自称网络世界之神的人，世界各地的KNIGHTS成员纷纷登录，加入了一场隐秘的集体自杀。

玲音冒着熔毁的危险，将Navi的克隆数据上传到自己的大脑中。此后，她迫使世界忘记了一个本不应该被揭露的秘密，现实和网络之间的界限受到了威胁。

“神”宣称我们的身体只是阻碍人类进化的障碍。精疲力竭的玲音似乎愿意牺牲自己的血肉之躯，直到亚莉丝说服她站出来反对这个数字化的神灵。

玲音对她在网络中的行动所造成的破坏感到内疚，这促使她采取了激烈的、并且不可逆转的行动。