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Takuya recebe uma mensagem em seu celular, que pergunta se ele deseja começar um jogo que vai mudar o seu futuro. Seguindo as instruções do jogo, o garoto sai de casa e vai para uma estação de trem. Lá, ele embarca junto de J.P., Tommy e Zoe. O trem desembarca em um lugar do Digimundo, onde são atacados por Cerberusmon. Takuya encontra um digi-espírito e evolui para AGNIMON, que consegue destruir Cerberusmon. Eles também conhecem Bokomon e Neemon.

J.P. e Tommy tentam voltar para casa e separam-se do grupo. Outro garoto, Koji chega ao Digimundo. De repente, um Pagumon que queria o chocolate de J.P., digievolui para Raremon e começa a atacá-los. Agnimon tenta destruir o oponente, mas ele não consegue controlar seus poderes e é derrotado. Raremon lança Koji dentro de um poço, onde ele encontra seu digi-espírito e evolui para LOBOMON, que destrói Raremon.

Todos, com exceção de Koji dirigem-se para o Terminal da Floresta, mas encontram uma vila, onde vivem Candlemons no caminho. Ele fingem ser hospitaleiros e atacam os DigiEscolhidos. Agnimon tenta detê-los, mas seus ataques não funcionam. Determinado a ajudar Agnimon, Tommy ataca os Candlemons, consegue seu digi-espírito e evolui para Jackemon[[|KUNAMON]]. Ele consegue congelar um dos inimigos, mas um deles evolui para Wizardmon e o derrota. Com a ajuda de Jackemon, Agnimon consegue derrotar Wizardmon e purifica-o em seguida. Estes digimons estavam sob a influência maligna de Kerubimon.

Indecisos sobre qual direção tomar, Takuya e Zoe seguem direções opostas. Zoe e J.P. chegam à Aldeia da Brisa, onde vivem Floramons. Elas estão tristes, pois a Aldeia da Brisa, costumava ser um paraíso turístico, mas hoje, está em decadência. Zoe e J.P. decidem ajudar as Floramons a reconstruir a aldeia. Mas, logo eles são atacados pelos Mushmons que começam a destruir tudo. Determinada a ajudar as Floramons, Zoe consegue o digi-espírito e evolui para KAZEMON e derrota facilmente todos os Mushmons, mas eles evoluem para Woodmon e derrotam Kazemon. Lobomon aparece e derrota Woodmon, removendo as influências de Cherubimon. No final do dia, o grupo se reencontra.

As quatro crianças chegam à Fábrica dos Ventos, que está sobre o domínio de terríveis digimaus. Takuya cria uma estratégia de ataque para libertar os réfens. No entanto, espiões descobriram tudo e esperavam pelo ataque surpresa. J.P. não queria lutar pois não possuía digi-espírito. Influenciado por um digimon, J.P. vai ajudar seus amigos. Na batalha contra um Snimon, J.P. recebe o digi-espírito do trovão e evolui para BEETLEMON, que derrota e purifica Snimon. Pela manhã, o grupo continua sua jornada.

Takuya, J.P., Tommy e Zoe decidem ajudar os GoldNumemons, em troca de comida. Chegando em seu vilarejo, encontram Koji que está ajudando os GoldNumemons. Durante a noite, um novo guerreiro, porém inimigo, aparece: Grumblemon. Ele evolui para Gigasmon usando um digi-espírito fera. Agnimon, Lobomon, Beetlemon, Chakkumon e Kazemon lutam contra Gigasmon. Durante a batalha, Gigasmon encontra o digi-código da montanha e separa o grupo.

O grupo cai do penhasco e se separa. Takuya, Koji e Tommy vão para uma estranha cidade voadora. Lá, os ToyAgumons corrompidos ajudam WaruMonzaemon a sequestrar Tommy. Graças à Agnimon e Lobomon, Tommy é libertado e WaruMonzaemon é purificado. Monzaemon ajuda o grupo a encontrar seus amigos.

Zoe, J.P., Neemon e Bokomon encontram uma escola onde um pequeo digimon, chamado Tsunomon tem problemas com os colega. Isso por uqe, o Tsunomon consegue digivolver para Gabumon, mas seus colegas tem medo dele. A represa perto da escola se rompe, Kazemon e Beetlemon não consegeum salvar a todos e Tsunomon digivolve e ajuda seus amigos. Todos admiram o pequeno digimon e entendem a digivolução. O grupo se reencontra no final da tarde.

Depois de um longo dia de caminhada,todos estão cansados. Eles param param perto de uma floresta, e um digimon confunde os pensamentos de Tommy. Depois de uma luta, thomy volta ao normal e Lobomon purifica o digimon inimigo.

Koji se separa do grupo, mas Bokomon e Neemon resolvem segui-lo, eles conhecem Ghotsumon num campo, então Gigasmon começa a atacar o lugar onde todos os Gothsumons moram Gigasmon rouba o digiespírito Kazemon, mas Koji consegue seu digiespiríto KendoGarurumon .

Takuya e os outros vão a uma feira e Bokomon fala para eles procurarem um Digimon. Gigasmon ataca a feira e todos começam a lutar, mas quando Koji vai digevoluir um digimon que estava com Gigasmon deixa Koji imóvel. Todos perdem para Gigasmon e para o outro digimon. Tommy perde o DigiEspírito de Chakkemon. BurningGreymon e ataca todos os digiescolhidos, e Takuya percebe que BurningGreymon era o digimon que ele tinha falado, e decide lutar contra ele. No começo Agnimon perde a batalha, mas depois acerta muitos golpes e pega o digiespírito de BurningGreymon. Quando Agnimon ganha o digiespírito, se transforma em BurningGreymon. No entanto, Takuya não consegue controlar o DigiEspírito Fera, e ataca os outros DigiEscolhidos. Koji digivolve para KendoGarurumon e vai tentar deter BurningGreymon.

Takuya gains control over his beast spirit, but can he maintain that control when he's forced into a one-on-one battle with Grumblemon?

4 of the 5 Dark Warriors decide to attack the digi-destined on a quest to gain their spirits. Can a little help from Sorcermon and Seraphimon help them to free the digital world?

Bokomon pede para Zoe o digiovo de Seraphymon e começa a chocá-lo.Eles fogem de Arbormon e Grumblemon e vão parar em uma caverna sem saída.Agnimon e Lobomon tentam derrotar Petraldamon,o digiespírito fera de Arbormon,mas não conseguem.JP encontra o digiespírito de Metalkabuterimon e derrota e purifica Grumblemon.Zoe recupera o digiespirito de Kazemon e no final a turma vai parar em uma ilha.

When the gang decodes to go on a water vacation, the Toucanmon steal the boys D-tectors. Can Zoe save the day without her beast spirit?

A group of Gomamon want to gain access to their island, but it's surronded by whirlpools and Zephrymon guards the way. Can the digi-destined find a way to save the world when the boys still don't have their D-tectors?

Tommy finds the boys D-Tectors at the county fair, but he doesn't have anything to trade to get them back. Can he find something to trade to get them back before the Dark Legendary Warriors show up?

The digi-destined stop their battles briefly to participate in the Trailmon races, but can they find a way to stop the normal cheating that occurs?

The kids need some food, so they head to the Burgermon village. What will happen when they run into the master of wood?

Arbormon wants revenge for his missing burgers, so he follows the kids into The Continent of Darkness, but what else has followed there?

When Duskmon proves to be too strong for the digi-destined, they have a new decision to make. What will it be?

Takuya decides to head home on a Dark Trailmon, but when he gets stuck as a Digimon in the real world, what will he do?

Takuya returns to the digital world as a stronger Agunimon, but can he save his friends in a classic 2-on-1 showdown?

When the kids get sucked inside Sakkakumon, they must defeat their opponents and their own self doubts to get free, but will they succeed?

Tommy gets a group of digimon in his dimension who pretend to be his friend, but can he figure out the truth before they steal his D-Tector?

The fight between Ranamon and Zoe reaches its exciting finale, but who will come out the victor?

Koji must battle Duskmon one on one, but will he be able to succeed when they couldn't defeat Duskmon as a team?

To get out of Sakkakumon, Takuya must find a way to defeat Mercurymon. Can he find a way to achieve Fusion Evolution and succeed, or are the digi-destined done for in this battle?

Sakkakumon reveals he is still alive, and now he has the digi-destined's attacks. Can they find a way to create new attacks and defeat Sakkakumon once and for all?

Koji and Kouichi begin to figure out they're related some how, but what is that relation, and can it stop the two of them from destroying each other?

JP, Zoe, and Tommy decide to discover what horrors await them at the Rose Morning Star by searching a Trailmon graveyard, but what horrors await them inside the graveyard?

Separado do resto do grupo, Koji continua a pensar no que Duskmon lhe contou sobre ser seu irmão gêmeo. Takuya sai para procurá-lo, enquanto Zoey, Tommy e JP esperam seu retorno. Patamon também sai à procura de Koji e Bokomon e Neemon vão atrás dele. Duskmon se encontra com Cherubimon e recebe ordens para matar Koji e os outros. Duskmon se recusa, pois alega que não pode matar seu próprio irmão. Bokomon encontra Patamon, e logo em seguida avista Takuya. Patamon sente a presença de Koji e guia os demais ao seu encontro. Cherubimon persuade Duskmon com o poder das trevas, fazendo-o esquecer de suas lembranças novamente. Ele se torna Velgrimon e parte para aniquilar Koji. Koji está caminhando quando dá de cara com Velgrimon, e o mesmo digievolui para BeoWulfmon para confrontá-lo.

Now that he's a regular human again, Kouichi decides to join the digi-destined, but can he find a way to help them out without any spirits of his own to use?

The digidestined decide to free Ophanimon once and for all, but Cherubimon ends up being her guard. Can they find a way to free her from the final of the 3 guardian Digimon?

Takuya and Koji must hold off Cherubimon while the others free Ophanimon, but can they succeed when they lose their spirits?

Cherubimon appears to be defeated, but he appears to be easy compared to IceDevimon. Can the others find a way to defeat IceDevimon with Takuya and Koji's D-Tectors frozen solid?

The final battle between EmperorGreymon/ MagnaGarurumon and Cherubimon begins, but who will end up being the victor, and who are these mysterious characters that are watching the battle?

The Royal Knights appears and reveal that Lucemon will return. Can the digi-destined find a way to prevent this chaos from occuring,or will they be delaying the inevitable?

After waking up on the moon, the digi-destined decide to try to get back to the digital world to get revenge on the Royal Knights, but will they succeed, or will they be stuck on the moon for the rest of their lives?

The digidestined run into the same group of kids that pusked Tommy onto the train causing him to come into the digital world, but can Tommy get past his resentment of them and save the day?

Katshuhara and company have been captured by the Royal Knights. It's a good thing for them that Tommy is with them, but can they find a way to save Beanstalk Village, and can the other kids get Worm the Trailmon to want to help out?

When the Royal Knights target the Village og Beginnings for their next assault, it's up to the kids to convience the Trailmon to save the digi-eggs, but can they finally defeat the Royal Knights? Maybe they can with help from some old enemies.

The kids rush to try and save the Flame Terminal from being deleted, but with the SkullSatamon already on hand, can they find a way to defeat them? Is there any way to unite all the Digimon to fight together?

With only 3 areas left to protect in the digital world, the digi-destined must act fast to save the forest terminal. EmperorGreymon and MagnaGarurumon seem to be getting stronger, but will they finally be able to defeat the Royal Knights?

Only 2 areas of the digital world remain: The Autumn Leaf Fair and Ophanimon's castle, but can the kids find a way to save The Fair without losing any more digimon friends, or is the digital world truly done for?

The digi-destined arrive at Ophanimon's castle to try and save the last bit of data from being given to Lucemon. Can they finally defeat the Royal Knights, or will Lucemon be reborn?

The final battle with the Royal Knights is about to occur, but who will win this surprising bout?

Mesmo com o ataque feroz de Lucemon, que destruiu a Lua Amarela do DigiMundo, os DigiEscolhidos sobrevivem. Takuya e Koji chegam logo em seguida, protegidos pelo poder de Salamon, Lopmon e Patamon. Koichi e Koji conversam sobre a mãe dos dois, enquanto sem querer, Bokomon conta sobre a preocupação de Koichi por seu DigiCódigo nunca aparecer após ser atingido nas batalhas, enquanto os dos outros sempre apareciam. Lopmon, Patamon e Salamon avisam que mesmo juntando o poder dos Dez Guerreiros Lendários, também é preciso que a Luz e a Sombra se unam. Takuya então, deduz que possivelmente Koji e Koichi são a chave de tudo. Lucemon junta os dados dos espíritos da escuridão para iniciar a travessia para o mundo humano e Takuya e os outros percebem suas atitudes e decidem impedí-lo. Eles Digievoluem e o atacam, mas é inútil, tendo em vista que o poder do Lorde é infinitamente superior.

Com o aparecimento de Sussanoomon, os Digiescolhidos finalmente têm um adversário à altura do Lorde. Os dois guerreiros lutam, e Lucemon tenta novamente usar a técnica do Sacrifício Supremo, mas ela é evitada por Takuya e Koji, que se dividem em almas e digiespíritos pra escapar do ataque. Assim, os dois usam o ataque mais poderoso de Sussanoomon, cortando-o ao meio e o vencendo. Os dados de Lucemon são coletados, e o digiovo dele se desintegra e começa a limpar a área sombria do DigiMundo. Porém, um digiovo negro fica em seu lugar, e vai sugando os dados da área sombria do DigiMundo que restaram.

Após serem golpeados por Lucemon, os digiescolhidos se encontram impotentes, pois não possuíam poder para fazer frente ao Lorde. O digiespírito de Agnimon aparece e lembra Takuya de que eles juntos são mais fortes do que imaginam. Assim, os 10 guerreiros lendários reaparecem, enquanto Takuya e os outros recebem uma mensagem dos Três Arcanjos, que os encorajam a acreditar nos Digimons e neles mesmos também. Então, munidos disso, os escolhidos se transformam em Sussanoomon, e conseguem trazer Lucemon de volta para o DigiMundo. Takuya lembra que foi dito que Lucemon Modo Satan não possuía consciência, e que alguém o controlava. Sussanoomon adentra na esfera negra do Modo Satan e encontra Lucemon Modo Larva escondido lá dentro, controlando o monstro.