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Yuito e Nagi entram para os Guardiões Escarlates e conhecem seus membros de equipe, cada um com seu poder psiônico. Depois eles se juntam à batalha contra os mutantes invasores, conhecidos como Criaturas, mas a invasão poderia ser mais do que parece?

Yuito se lembra de sua salvadora. Fora do trabalho, Yuito e Nagi encontram Naomi e Kasane. Algo está acontecendo em Seiran, mas será que isso estaria relacionado aos planos de Karen? Os pelotões de Seto e Kyoka treinam e depois lutam para interceptar as Criaturas.

Algo deu terrivelmente errado com Naomi, deixando seus companheiros atordoados e confusos. É claro que existe algum segredo quando insistem que não se pode comentar sobre o assunto. Kasane expõe um segredo chocante para Yuito, e os pelotões de Seto e Kyoka enfrentam um inimigo inesperado.

As intrigas de Karen culminam em uma batalha entre companheiros até que uma nova ameaça chega, reivindicando tudo ao seu redor. Yuito e sua companhia se frustram ao descobrir mais sobre o golpe. Criaturas invadem Suoh, e Kasane e sua companhia acordam em um local estranho.

Ao passo que a rebelião de Karen ganha força, Yuito e as Forças leais a Nova Himuka são pressionadas. Fubuki assume o comando de um bando de leais desgarrados e ordena que Yuito verifique se seu pai está seguro. Karen revela a causa publicamente e Yuito tem um encontro chocante.

Kasane e companhia acordam numa realidade chocante e encontros estranhos. Kasane aprende sobre o vazio no céu e um jeito de pará-lo. Yuito e Kasane se confrontam depois que ela descobre o real motivo da rebelião de Karen. Kasane vai para Seiran com outros membros da FSC.

Amigos viram inimigos à medida que a FSC se divide em duas. Yuito recebe uma promoção, mas por que não consegue se lembrar? Karen cria um novo pelotão da FSC de Seiran e diz a Kasane que eles têm Naomi sob sua custódia. A caçada ao Nagi começa enquanto Yuito ganha novas informações.

A caçada ao Nagi continua. O pelotão de Yuito é emboscado, mas eles conseguem escapar por pouco. Fubuki e Luka revelam os segredos do hospital e as verdades sombrias por trás dele. O pelotão de Kasane procura por Naomi. Karen se oferece para ajudar na questão de Naomi.

Fubuki revela o que tem em mente para Yuito. Depois de se aproximar de Kaito, o plano de Fubuki toma forma. A doença de Yuito piora e ele experimenta a droga que lhe foi prescrita. Seu pelotão descobre uma fábrica secreta e entra em conflito com o pelotão de Kasane.

Fubuki coloca seu plano em ação. Yuito e seu pelotão começaram a recuperar os dados da memória de Nagi. O pelotão de Kasane aprende mais sobre o Portal de Kunad e seu encontro com Yuito do futuro. Yuito descobre uma verdade chocante de seu passado. Togetsu entra no jogo.

Com o governo o perseguindo, Yuito pondera seu próximo movimento. Seu pelotão descobre que ele já foi um pimentão e que Fubuki está desaparecido. Yuito e Kasane separadamente decidem ir para Togetsu com seus pelotões, mas quem ou o que irão encontrar lá?

O pelotão de Yuito acessa informações disponíveis só em Togetsu. Kasane se lembra de um passado esquecido e encontra um salvador improvável dentro do complexo Togetsu. O pelotão de Yuito parte para acessar o outro sistema de computador de Togetsu.

Yuito e Kasane tentam fugir de Togetsu com seus pelotões. Kyoka tenta impedir a fuga de Kasane. O pelotão de Yuito conhece o passado de Kasane e por que ela tentou matá-lo. O passado de Kagero vem à tona e ele confirma a história de Togetsu sobre a Lua.

Kagero dá mais informações da missão da Arca e explica a origem do Cinturão da Ruptura. Uma nova ameaça espreita os pelotões, mas a rota de fuga é ainda mais perigosa. Precisarão decidir o próximo passo assim que o objetivo final de Togetsu for revelado.

Nagi confronta o pelotão de Yuito. Arashi tem um plano. O irmão de Yuito conta a verdade sobre sua família. Yuito se prepara para expor a agenda do Novo Himuka. O pelotão de Kasane recebe notícias chocantes enquanto se preparam para abordar a liderança de Seiran.

Suoh se prepara para implantar Naomi, Alice e o resto dos Outros derivados de humanos. O pelotão de Kasane corre para detê-los. O pelotão de Yuito se aventura em Arahabaki para transmitir o vídeo gravado secretamente ao público. Karen usa seu poder Comedor de Cérebros.

Depois de roubar o poder de Kasane, Karen volta seus olhos para o de Yuito. A transmissão de Yuito provoca inquietação. O pelotão de Yuito trama um plano para salvá-lo. O governo de Nova Himukan ordena um bloqueio. Fubuki escapa, mas ele chegará a Yuito a tempo?

O pelotão de Fubuki e Yuito cruzam informações. Fubuki reconta o passado que ele, Alice e Karen compartilham, explica o que aconteceu com Alice e por que Karen age drasticamente. O pelotão de Yuito trama um plano para impedir Togetsu. Kagero revela algo terrível.

Kagero explica o motivo de suas ações. Yuito e companhia descobrem o que houve no dia em que o Presidente Sumeragi foi morto. Yuito e Kagero acertam as contas. Os pelotões de Yuito e Kasane se infiltram em Togetsu de novo sem saberem o que os aguarda.

Yuito e Kasane aprendem sobre o passado de sua mãe enquanto seus pelotões continuam a missão de desligar o BABY. Kasane viaja ao passado para se encontrar com alguém que conhece os Fios Vermelhos, mas quando ela retorna ao presente, ela não está sozinha!

Yuito e Kasane desfrutam de um tempo com a mãe deles. Após ela contar sobre os emaranhados dimensionais e o Portal de Kunad, Yuito e Kasane partem para desfazê-los. Eles terão sucesso e voltarão em segurança? E o que a mãe deles estaria omitindo?

O retorno de Wakana ao seu tempo não tem o resultado esperado. Yuito e Kasane precisam lidar com um emaranhado novo e complexo. Yuito encontra Kaito pelo que poderia ser a última vez, mas será que Kaito dará a Yuito o que ele quer? Fubuki vem ao resgate.

Todo inferno é liberado quando o Cinturão da Ruptura desce a uma altitude recorde. Kaito retoma seu posto enquanto as Criaturas ameaçam invadir Suoh. Yuito e companhia dirigem-se ao Mausoléu Sumeragi para desfazer o último emaranhado.

Um choque aguarda Yuito e companhia ao confrontarem Karen no mausoléu. Poderão convencê-lo a ajudar? Yuito e Kasane lidam com seus arrependimentos sobre o que houve com Nagi e Naomi, e precisam tomar medidas drásticas na tentativa de salvar o mundo.

Yuito e companhia tentam convencer Karen a ajudar a salvar o mundo. Um plano ousado é traçado para matar dois coelhos com uma cajadada só, mas Yuito está pronto? Karen decide tentar uma última vez viajar de volta ao passado e mudar o futuro.

Yuito begins a new journey, and Kasane is tasked with a new mission. Promotions and new challenges await their comrades. But as they each go their separate ways, will anyone remember Karen's sacrifice or that he even existed?