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结人和那岐满怀斗志地迎来了加入怪伐队的日子。与此同时，重频繁梦到一些奇怪的梦境。入伍不久，街道上出现了怪异，年幼的少女暴露在危险之中；而此时，结人却被命令待机。

镜花小队与赛特小队举办迎新联合特训，不知为何，重对结人展开了猛烈攻击。特训结束后不久，出动命令下达。根据直见的超脑力，预知到了重即将面临危机的未来。

执行任务途中，胸口被击中的直见发生了变化。因此产生动摇的结人和重，在尚未得到喘息前又被下达了出击的命令。然而，现场迎面而来的却是出乎意料的场面。

不分缘由，结人一行人与同伴们之间突然打了起来。其中，那岐做出了许多奇妙的举动。结人和重被突如其来的异空间吸入，眼前展现出异样的景象。

苏芳市区的超脑网络中断，怪异横行街道，国家陷入混乱。叛乱的首谋卡连向新日向国民说明了他的叛乱理由。结人接到命令，出发保护作为评议会议长的父亲条，却被卷入了最糟糕的事态。

镜花小队的重一行人在荒废的岐高速运输公路上醒来，却发现周围的场景有些异常。重从某人口中揭开了至今发生的神秘事件，并得知了令人震惊的事实。

结人感到身体异常，便前往怪伐军医院检查；在那里，他发现了行踪不明的那歧。一伙人追随那歧，来到怪伐军医院旧馆，那是一个与结人过去有缘的地方。

结人试图说服那歧一起回去，却发生了令人难以预料的事情。从吹雪口中，结人得知了旧怪伐军医院的秘密。与此同时，重为了见到直见，前往了怪异特异生命研究设施。

结人一行人在执行搜寻怪伐军逃兵的任务时，抵达了特异生命研究设施。重与结人再次重逢，但此时两人的立场已截然不同。

结人一行人为了获取那歧的记忆数据，再次来到旧怪伐军医院。与此同时，科学证实了结人与岐之门的关联，重再次意识到50年后的结人所说的话即为事实。重犹豫不决，不知道下一步该如何行动。这时，镜花提出了一个建议。

为了揭开旧怪伐军医院的秘密，结人被迫成为反叛者。与此同时，重为了拯救直见，另寻他法。身处不同地点的两队人马，同时纠结于是否前往信仰月球的宗教自治区——渡月。最终，他们在渡月会遇见什么呢？

在渡月，结人小队获得了关于新日向建国及岐之门的震撼情报，众人对这些难以置信的信息感到疑惑。与此同时，重在朦胧的意识中回忆起自己的身世，并想起幼时对母亲的深深爱慕。

结人小队的大脑险些被渡月的主电脑贝比劫持；重小队则遭遇强力追兵，展开了一场激烈战斗。两小队久别重逢，分享了各自获得的情报。然而，在听到各种难以置信的事实后，阳炎突然说出了更为惊人的话。

从阳炎口中，众人得知断绝之带与怪异的真相，以及红色系线诞生的原因。大家意识到必须阻止渡月的企图，结人和重终于拥有相同目的。

为了阻止渡月的企图，结人小队回到了苏芳；然而，那歧却在苏芳等待着结人。经过一场激烈的战斗后，结人和他的同伴们终于了解了两千年来皇家的使命。

界人为了完成皇家使命，及面牺牲国民性命也在所不辞。结人一行人为了公开此言论的视频档案，而前往荒吐神。与此同时，重一行人与想要利用人类变成怪异武器的怪伐军展开对抗；此时，第三方势力突然出现，情势发展成三方对立。

了解爱丽丝遭遇的卡连，为了夺取红色系线，来到结人身边。结人小队与其展开对战，但卡连的力量占据压倒性优势。与此同时，人民得知界人的真相后，苏芳京开始陷入混乱。

吹雪得知卡连为了拯救爱丽丝而启动红色系线后，开始向结人一行人讲述与卡连的往事。那是吹雪、卡连和爱丽丝三人之间温馨的回忆，也是这一切悲剧的序章。

阳炎告知众人，是他杀了条皇。结人听后，与阳炎展开战斗，并在过程中得知条皇过世的真相，再次感受到条皇在自己心中的重要性。随后，结人一行人为了阻止渡月的企图，入侵了贝比；但此时出现的人物，让结人和重瞠目结舌。

众人抵达贝比的最深处，却无法找到与岐之门相关的数据。重为了寻找除结人死亡以外的解决方法，穿越时空来到某人身边。

结人和重从若叶那里得知了解开维度纠缠、消除岐之门的方法，然而他们并不知道这一方法将伴随着巨大的牺牲。

为了解开最后一个维度纠缠，结人与界人会面。面对想要夺取他脑部以实现八云宿愿的界人，结人坦诚表达了自己内心真实的想法。结人的话语，能否传达到界人心中呢？

结人一行人为了解开最后的维度纠缠，来到被认为是卡连沉睡的皇陵中；在那里，他们看到一个异样的空间。随后出现在眼前的戴面具男子，是卡连，还是八云呢？

被拯救爱丽丝的强烈愿望所驱动，卡连袭击了重和结人，企图夺取红色系线的脑力。与最强超脑力者卡连的战斗就此展开。

结人一行人在消除最后的纠缠时，也尝试着消灭断绝之带，但需要将自己的大脑与荒吐神连接。众人将希望寄托于结人他们，忍受着剧烈的痛苦，持续与世界的命运抗衡。

岐之门与断绝之带消灭后，过了许久，结人和重各自踏上了不同的道路，满怀期待地迎接他们所开创的未来。