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我妻弍郎是个拥有与动物交谈的神奇能力的高中生。他还受到忍者末裔的祖父寿正教导体术，在一个极为罕见的环境下成长。某天，弍郎救了因伤昏倒的黑猫罗睺。没想到罗睺的真面目是从漫长的沉睡中苏醒的物怪。

弍郎在医院醒来。由于他和罗睺同化，成了“公仪隐密局”的监视对象。所谓的隐密局，指的是监视、排除危害人类的物怪的影子公家机关。罗睺长久以来就是被隐密局所封印。现在弍郎与罗睺同化，必须负起责任。弍郎听闻自己已“被列为失踪人口”，于是从医院逃脱。

弍郎成了保护管束对象，要在鬼子母神一华的护送下，前往隐密局。路途上，弍郎和罗睺与讨厌物怪的一华一触即发。但在这个时候，护送用的卡车受到袭击。

弍郎与“暗黑灯火”的新成员桐原零司决斗。提议这么做的司场打算以此测试弍郎对隐密局而言，会成为多重要的存在。尽管被零司的剑技压制，弍郎依然挺身面对……

在存放封印罗睺的“杀生石”的地下空间中，出现在弍郎和零司面前的是名为咬牙的物怪。他们与为了获得罗睺的咬牙展开战斗。另一方面，特一的久澄和时枝正在外面试图打破咬牙设下的结界。

芙蓉给予弍郎、一华、零司的试炼是——“妖术对抗训练”。他们要打破类似幻影空间的结界，平安从中离开。零司和一华都跨越心灵创伤战斗。另一方面，出现在弍郎面前的是一只巨大的神秘黑色物怪。

街头巷尾陆续发生物怪引起的大量虐杀事件。物怪们借着吞食人类养精蓄锐。这时，有个城镇被浓雾笼罩。“暗黑灯火”的成员迅速前往现场。物怪铁轮、吕莲、鸣子，还有一个盖着帽兜的神秘男人就在那里等着他们。

零司与帽兜男对峙，他的真面目……竟是将灵魂出卖给物怪、且是零司的下落不明的双胞胎哥哥真司。双方短兵相接，零司谴责倒戈物怪的哥哥。另一方面，天鬼突然出现在弍郎和罗睺面前。

久澄等特务一课的人出现在被天鬼打败的弍郎面前。弍郎收下了所有罗睺托付给他的妖气，因此受到他们的监视。为了夺回被抢走的罗睺，弍郎企图去找天鬼。他不管特务一课的制止，被罗睺压倒性的妖力控制，失去自我，不顾一切地大闹。

弍郎进入物怪伊吹的地盘“无明幽森”。他在途中遇上白蛇，谈论了他对罗睺的想法，彼此交心。然而，有个新的物怪出现在弍郎面前。是个拿着巨镰袭来的物怪。另一方面，天鬼已将散落各地的物怪集结到自己身边。

天鬼阐述他的过去。他以前是受村民膜拜的存在。但以某件事为契机，他下定了决心。他要成为站上万物顶点，引领一切走向正途的真正强者，也就是真正的“物怪”……另一方面，弍郎从“无明幽森”回来了……

天鬼化为异形，站在弍郎面前。弍郎有罗睺之力傍身，挺身面对天鬼。双方的战斗极为激烈。面对天鬼压倒性的力量，弍郎与罗睺互相信赖，投身最后的死斗。