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距离人类与巨人的壮烈战斗开始至今，已经过了多少岁月呢……艾伦·耶格尔一心向往、终于抵达的海的另一端，却持续着不知何时会结束的战争。他们究竟是谁，又是为何而战？现在，一名少年兵抱着必死的觉悟，投身于最前线的战场……

长达4年的马莱与中东联合国的战争结束了。但是，两大巨人的消失和马莱战士的战场上的表现表明，巨人之力所向无敌的时代即将结束。为了挽回因外国持续开发反巨人武器而对马莱造成的不利局面，吉克向军队的上层进言，建议重启对帕拉迪岛作战计划。

回到故乡，与母亲重逢的莱纳。在那天晚上回想起了以成为战士为目标的童年时光。拥有艾尔迪亚人母亲的莱纳的梦想就是和母亲一起获得荣誉马莱人的称号，进而和离开他们的父亲一起生活。如果能继承巨人的力量成为拯救世界的英雄的话，相信这个愿望一定能够实现……

战士候补生之一的法尔克·格莱斯。为了守护爱慕的贾碧·布朗，自己必须继承铠之巨人。但是自己与贾碧的成绩差距却越来越大。这时候，垂头丧气的法尔克听到了一个男人向他打招呼……

莱纳被法尔可带着进入了一个地下室，看见坐在地下室里等待着他的那张脸感到惊愕不已。与此同时，威利·戴巴受到全世界瞩目的演说即将开始……

威利·戴巴通过演说在全世界面前向帕拉迪岛发出了宣战公告。就在这时，喧闹的广场上，出现了一位不速之客的身影……

帕拉迪岛（Paradis）的部队开始进攻。战士们挺身面对能在空中移动自如、迎面袭来的敌人。这场战斗究竟会如何演变……

在没有巨人威胁的情形下，调查兵团撤退到飞艇上。贾碧握枪追赶着，决心要让他们为践踏她的家园付出代价。

当帕拉迪岛（Paradis）在处理突袭雷贝利欧（Liberio）收容区的余波之时，爱尔敏回忆着他们与义勇兵相遇的过去。这次相遇让他们重新认识了世界。

岛外的世界没有同伴。为了生存，他们不得不将敌人毁灭。但这是正确的吗？无人确知。

无处可逃，无路可返。唯一能求助的只有恶魔本人。

他们的憎恨应指向何人？而我的怨愤又应归于何人？他们的信仰开始动摇。

贾碧与法尔可向人寻求帮助。他们所相信的方向是否有能如愿以偿的未来？抑或是必须承受报应？

艾伦冷冷地看着爱尔敏和三笠，开口说道「因为我想跟你们聊聊」。

在恍惚的意识之中，看见的是令人怀念的面孔与朦胧的记忆，是关于与那个人物的相遇。一切皆是为了实现自己注定背负的使命。

彼此渴求的未来宛若平行线一般，只能怀抱着各自的信念彼此碰撞。再次来到起始之地，希干希纳区……

滂沱大雨中，有位士兵倒在路边。他的不远处有个奇异的巨人浑身散发蒸气，从中爬出了一个男人…… 与此同时，马莱军在一切的开端——希干希纳区发动了奇袭，巨人们也展开行动，始祖巨人与铠之巨人再度对峙。「来吧，莱纳。」

三笠想救艾伦的想法，是她的真心吗？艾伦又是为何而战？巨人们踏震大地激烈冲撞，马莱的奇袭令众人拿起武器奔赴战场。

兽之巨人与始祖，人们围绕着掌握情势关键的这两大巨人展开殊死战斗。当彼此的想法与记忆交织，这对兄弟眼里所望目标的前方是？

弟弟拒绝哥哥，但哥哥并未舍弃弟弟，只有一心想拯救弟弟的念头。艾伦和吉克两人来到一切的终点，透过那一夜的记忆得知父亲格里沙的真相。

从2000年前开始的反抗、战斗，不断前进的人们所写下的故事。究竟谁写下的篇章才是一切的序章？艾伦对持续行走的始祖尤弥尔说道：「你一直在等待着，对吧。从2000年前起……就一直在等待着谁来解放你。」

大地轰隆鸣动，尘土高扬入天，成群巨人不断前进。岛上的高墙已然消失，直到将岛外世界的生命全都驱逐殆尽为止，无人能够阻止艾伦。

当人们陷入混乱之际，过去曾是朋友、亦是敌人的这个人物清醒过来，停滞的时光再次转动，一切全都变了样子。在这样的时刻，做出的选择是……

巨人的军队列队进军，即将践踏对此一无所知的民众。仰望这无情景象时，士兵与战士们会束手就擒，还是起身反抗？身在森林中的两位士兵早已下定决心。

战火的彼端是我们敌人的所在之处。我们彼此憎恨、鄙视、并互相残杀至今。而现在，坐在营火对面的是对「正义」各有定义的人们。

众人为了拯救世界，下定决心要阻止艾伦，但阻挡在他们眼前的却是过去的同伴。他们怀着不希望让任何人死去的想法挺身战斗。

一旦犹豫就会死，枪口瞄准就扣下扳机。现在只能深信这些背叛……将能维系拯救世界的希望。

那一天，看见的事物。那一天，交谈过的事情。那一天，做出的选择。全部都是他所希望的。他从没有任何改变。

艾伦发动「地鸣」意图毁灭世界。无数的巨人们开始进击，所到之处皆被夷为平地。三笠、爱尔敏、让、康尼、韩吉、莱纳、亚妮、皮克和身负重伤濒临死亡的利威尔……残存下来的战士们为了阻止艾伦挺身而出，迎接最终的战役……

成为始祖巨人，带领无数巨人向斯拉托亚要塞进攻的艾伦。出现在陷入绝望的难民面前的是，从地震中侥幸逃生的三笠、爱尔敏、让、康尼、莱纳、皮克、利威尔。曾经的伙伴们，以及青梅竹马和艾伦的战斗在这里结束。