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自认毫无才能而怀抱自卑感的高中生．扇寺东耶，与透过＂轮回之枝＂使才能开花的＂轮回者＂灰都．卢欧．巴菲特相遇。在亲眼目睹灰都与亚伯特． H．费雪的战斗后，东耶因对才能的强烈渴望，最终也将手伸向了那禁忌力量…

东耶的才能开花结果，接到伟人杜司令塔．约翰．冯．诺伊曼下达的第一个任务「排除恶轮回者．约翰．W．盖西」，并与灰都一同踏入盖西所潜伏的森林。

与重瞳模样的神秘黑雾对峙后，I．牛顿与舩坂弘志返回伟人杜，正与成员们讨论时，萤幕突然被重瞳纹样覆盖，并传出一道开朗的男子声音。而其真实身分，正是由罪人级轮回者所组成的集团．罪人军的首领．项羽…

伟人杜与罪人军的轮回者们在各地展开战斗之际，扇寺东耶与舩坂弘志面前发生了巨大爆炸，随着烟尘散去，汉斯． U．鲁德尔尔现身。拥有「不灭不死」的舩坂与拥有「不变不死」的鲁德尔。两个具备同样不死才能之人的生死决战就此展开…

成为轮回者的舩坂弘志，在获得才能的同时，也逐渐失去了作为人类活着的真实感，对战斗感到厌倦，并怀抱一股难以言喻的不快感。然而，透过与汉斯． U．鲁德尔的战斗与对话，舩坂终于察觉到自己真正的渴望，以及所失去之物的沉重，最终迎来了死斗结局。

当东耶抵达重瞳之城时，罪人军领袖．项扇羽早已在里面等候。为了收集才能，东耶向项扇羽发起挑战，然而在最强才能面前，他被轻易压制。项扇羽更向他透露了兄长．西耶不为东耶所知的另一面…。

五虎将的最强轮回者．盖乌斯． J．凯撒与变貌后的灰都抵达重瞳之城。为了让化为「即便抛弃一切也渴望变强之人的最终下场」的灰都恢复原状，M．诺斯特拉达穆斯与凯撒挺身交战…

在约翰． V．诺伊曼宣布「伟人类计画」后，东耶、灰都，以及柳生十兵卫三吉三人被特务自卫队．黑锐部队收留保护。东耶试图与他们合作，却从北束口中听见拒绝话语而陷入绝望。就在此时，他想起了诺伊曼曾说过的话「别在＂庭院＂之外面开机喔…」。

在与被F．南丁格尔支配的I．牛顿分别后，成功逃脱的A．爱因斯坦终于与东耶重逢。她将自己所遭遇的一切告诉了东耶、灰都以及柳生十兵卫三吉，并准备为了救出牛顿等人而展开行动…。

A．爱因斯坦等人为了寻找堪称所有轮回者心脏的＂轮回之种＂开始进行回收轮回之枝的行动，由项扇羽所留下的轮回者集团"浮草"也加入。然而在那之中，却有一位＂在场无人知晓其真实身分＂、身穿黑色西装的谜样人物。

＂轮回之枝＂的制作者艾伦．史密西，让灰都与柳生十兵卫三吉看见了她们在成为轮回者前的记忆，得知父亲死讯的灰都陷入绝望，而得知灰都过去所作所为的十兵卫则是愤怒不已。灰都试图向十兵卫献上自己的项上人头，然而…。

A．爱因斯坦与一个本不该存在的另一个自己，自称为爱因斯坦的轮回者．阿尔伯特，以及被F．南丁格尔所操控的I．牛顿正面交锋。而爱因斯坦也与“浮草”的戈特弗里德． V．贝利欣根等人产生对立冲突…。

托亚正与海托交战，试图冲到她面前。他想和她谈谈，说服她改变主意，让她支持自己。