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一名叫格雷厄姆的高中生在注射普罗米星后意外存活，并觉醒了一种令人不安的能力：任何与他目光接触的人都会对他产生狂热的崇拜，甚至愿意为他赴死。格雷厄姆起初只是享受这种被人追捧的感觉，但很快，他的追随者们开始做出越来越极端的行为。乔丹·科利尔亲自出面处理这个男孩，试图在事态失控之前阻止他。与此同时，汤姆前往监狱探望伊莎贝尔，希望从她口中问出失踪数月的阿拉娜的下落。伊莎贝尔靠在玻璃另一侧，嘴角挂着一丝让汤姆捉摸不透的微笑，给出了一个模糊的答案。戴安娜接到马可的电话，得知妹妹艾普莉注射了普罗米星后便音讯全无。凯尔在一个名叫卡西的神秘女子的指引下，找到了唤醒昏迷中的肖恩的方法。NTAC迎来了新任局长，此人的到来让汤姆和戴安娜都感到某种说不清的不安。

戴安娜从西班牙返回，整个人消瘦了一圈，眼神里多了些说不清的东西。汤姆来不及细问，新的案件已经压了上来。城市里接连出现异常死亡事件，死者都是在极度恐惧中丧命的——有人被吓得从高楼跳下，有人蜷缩在角落心脏骤停。汤姆和戴安娜追踪发现，一个回归者拥有将他人内心最深的恐惧具象化的能力，那些被恐惧吞噬的人看到的幻象，在旁人眼中空无一物，在他们自己眼中却是致命的。丹尼找到刚从医院回家的肖恩，提出想要一支普罗米星注射剂。肖恩看着弟弟的眼睛，沉默了很久。凯尔在与卡西的频繁接触中逐渐发现了一些让他不安的事实——这个年轻女子知道他太多事情，而她所知道的，远不止表面那些。乔丹·科利尔的追随者们开始在暗处集结，一场风暴正在酝酿。

年迈的奥黛丽·帕克在注射普罗米星后获得了一种特殊的能力：她的意识可以脱离肉体自由穿梭。一天晚上，她独自在公寓里被谋杀，肉身死了，但她的灵魂却留在了这个世界上。奥黛丽以灵魂形态找到了汤姆和戴安娜，希望他们能帮自己找出凶手。肖恩不顾政府的警告，重新开放了4400中心，继续为普通人提供治愈服务。他的举动引起了当局的注意，也赢得了回归者群体的拥戴。本和玛雅回到西雅图探望戴安娜，玛雅在戴安娜的公寓里忽然安静下来，用那双不属于孩童的眼睛望着窗外出神。卡西带领凯尔找到了那本记载着白光预言的书，书页上那些加密的文字似乎藏着关于乔丹·科利尔未来的全部答案。

戴安娜终于找到了妹妹艾普莉。艾普莉在注射普罗米星后活了下来，获得了一种危险的能力：她可以让任何人在回答她的问题时只能说真话。她与一个深爱的男人合伙，利用这种能力去敲诈那些藏着肮脏秘密的人。起初一切顺利，但他们的贪心最终超过了他们能承受的限度，艾普莉的爱人在一场交易中被杀。要揭露那些幕后黑手的罪行，唯一的方式是让艾普莉走进NTAC自首，交出她珍视的自由。与此同时，肖恩宣布竞选市长。这个决定让许多人感到意外，也让他自己走上了一条无法回头的路。伊莎贝尔帮助凯尔翻译了白光之书中加密的部分，当那些文字被逐一破译后，凯尔和伊莎贝尔对视了一眼，两人脸上的表情都凝固了——那个预言所揭示的未来，远超他们所有人的想象。

汤姆得知凯尔注射了普罗米星后，开始拼命寻找儿子的下落。他追踪凯尔来到一座已经不在地图上的小镇——埃文斯顿。这里的人平静得有些诡异，所有人的脸上都挂着一种安详得近乎虚假的笑容。汤姆在镇上遇到了一个女人，她只需与人交谈便能卸下对方所有的压力与焦虑。但这座小镇真正的秘密远比表面看起来更加复杂：乔丹·科利尔和凯尔正藏在这里，而科利尔计划将埃文斯顿作为他未来运动的起点。玛雅再次陷入噩梦，她看到了成群的回归者和普罗米星阳性者被军队驱赶着走进铁丝网围成的营地，那些人脸上写满了绝望。玛雅从梦中惊醒时，浑身发抖，她知道自己的预知从未出过错。

乔丹·科利尔希望肖恩重新加入他的阵营。两人之间的对话充满了旧日的羁绊和新的裂痕，肖恩对科利尔那种不容置疑的狂热感到不安，但科利尔描绘的那个未来——一个回归者不再被恐惧和排斥的未来——又让他无法完全拒绝。一名拥有极其珍贵能力的回归者突然失踪。此人能通过触摸感知物体和人的完整历史，如同翻阅一本没有文字的史书。汤姆和戴安娜接手调查，发现失踪者最后一次出现的地点是科利尔的地盘。汤姆站在埃文斯顿的街道上，看着那些平静的追随者，忽然觉得自己正在面对一个比任何案件都更庞大的东西。

乔丹·科利尔的运动迈出了决定性的一步。他和他的追随者们占据了西雅图南区的码头区，宣布这片土地为普罗米星阳性者的安全港湾，并给它起了一个名字——应许之城。科利尔站在码头上对人群发表演说，他的声音平静而坚定：他要让这里成为未来的雏形，成为人间天堂的第一块基石。他同时向政府发出威胁：任何试图阻止这一进程的力量，都将面对他们无法想象的后果。汤姆和戴安娜站在NTAC的监控室里，看着屏幕上传来的实时画面。应许之城的旗帜在灰蒙蒙的天空下缓缓升起，汤姆感到一阵刺痛从耳后传来——那里曾经有过一个十字形的印记，此刻正隐隐发烫。

汤姆、戴安娜、乔丹、肖恩、凯尔、伊莎贝尔、玛雅、梅根、马可、PJ和布雷迪在一阵眩晕中醒来，发现自己身处NTAC总部大楼内部，但整栋建筑空无一人，门窗全部锁死。没有人记得自己是怎么进来的，也没有人知道自己在这里待了多久。他们身上的手表停在了同一个时刻。很快他们发现，这栋建筑本身正在以一种无法解释的方式猎杀他们——墙壁会移动，走廊会变形，电力系统会无缘无故地释放致命的电压。为了活着走出去，汤姆和乔丹这两个从未在同一个立场上站过的人不得不背靠背协作。伊莎贝尔在混乱中展现出了超出所有人预估的力量，而玛雅蜷缩在角落里，低声说出一句话：这栋建筑在害怕。

理查德·泰勒出现在应许之城，伊莎贝尔看到父亲的那一刻，脸上出现了许久未见的柔软。但这份温情没有持续多久——理查德此行的真正目的是带走女儿。他趁伊莎贝尔不备将她控制住，带着她离开了应许之城，打算找一个没有人能找到他们的地方，重新开始一段安静的父女生活。NTAC和应许之城同时展开了对理查德的追捕。汤姆发现自己在追捕过程中越来越频繁地被一种奇怪的感觉困扰——他的耳后印记越来越清晰，伴随而来的是一个个不属于他自己的记忆片段。在某个瞬间，他看到了手术台，看到了理查德和莉莉，看到了一个穿手术服的人摘下面罩——那是他自己。汤姆从恍惚中惊醒，额头上满是冷汗。

汤姆试图集中精力追捕理查德·泰勒，但他的注意力不断被那些越来越频繁的梦境所打断。在梦里，他身处一个昏暗的房间，周围是穿着白色手术服的人，莉莉躺在手术台上，而他自己正伸手触碰一个刚刚被植入的胚胎。这些梦太过具体，具体到让汤姆开始怀疑它们究竟是不是梦。理查德和伊莎贝尔的逃亡在继续。伊莎贝尔对父亲强行带走自己的行为既愤怒又困惑，她不明白理查德为什么宁愿放弃一切也要将她从应许之城拖出来。NTAC最终逮捕了理查德，但汤姆做出了一个让所有人都意外的决定：他秘密地将伊莎贝尔从拘留中带走，把她藏在了自己家里。

一种来历不明的计算机病毒正在攻击世界上使用最广泛的计算机操作系统，研发这套系统的是全球最大的软件公司——由“印记”成员德鲁·伊姆罗斯所掌控的尤比恩特软件。病毒一旦全面爆发，全球的金融、通讯和军事系统都将陷入瘫痪。NTAC必须尽快查出病毒的源头。汤姆和戴安娜在调查中发现，伊姆罗斯的身份远比表面看起来更加复杂，而他正在做的事也不仅仅是商业竞争。玛雅来到应许之城，迎接她的是一个意想不到的生日惊喜：她的亲生父母出现在了她面前。玛雅看着那两个既陌生又熟悉的面孔，一时间不知道该如何反应。

梅根和戴安娜发现了一个可以从汤姆体内移除那个“实体”的方法——但代价极高，稍有不慎，汤姆就会死在手术台上。戴安娜在手术室外面来回踱步，手里攥着那张同意书，迟迟下不了笔。应许之城方面，肖恩正在设法营救被囚禁的凯文。他需要一种只有普罗米星阳性者才能提供的特殊帮助，而愿意帮他的人出乎所有人的意料。与此同时，汤姆体内的那个存在正在变得越来越难以压制。他有时会发现自己站在某个地方，手里握着不属于自己的东西，脑子里回荡着一个不属于自己的声音。那个声音在告诉他：你只是容器，你从来都只是容器。

急救人员正在全力抢救苏珊·法瑞尔。他们以为她注射了普罗米星却没有挺过那百分之五十的存活率，但丹尼知道母亲从来没有碰过那种东西。丹尼在母亲身边坐了一整夜，握着她的手，期盼她能醒过来。当他终于离开医院时，他身边的人开始一个接一个地倒下——先是走廊里的护士，然后是电梯里的护工，然后是医院大厅里等候的陌生人。丹尼拥有了一种他从未想要的能力：通过肌肤接触，他可以将普罗米星传播给任何一个人，而受体中没有挺过那百分之五十概率的人，全部都会死。数百条人命在丹尼的无意触碰中消逝，包括他自己的母亲。肖恩找到了弟弟，看着丹尼那双写满恐惧和绝望的眼睛，他知道自己必须做出一个决定——一个任何哥哥都不该被要求做出的决定。伊莎贝尔将乔丹·科利尔带到了“印记”面前，但“印记”告诉她，他们的工作还没有结束。他们给了伊莎贝尔最后一个任务，一个将彻底考验她的任务。应许之城陷入了空前的危机，NTAC发现自己不得不向那些曾经被他们视为威胁的人寻求帮助。汤姆的体内，那个存在终于向他展示了完整的真相——关于未来，关于四千四百人真正的使命，关于那场即将到来的、没有人能够阻止的巨变。而在所有人都不曾留意的地方，那些没有注射普罗米星的普通人，也开始觉醒了能力。没有注射，没有百分之五十的死亡概率，没有任何预兆。普罗米星从来就不是唯一的路，它只是最早的那一条。汤姆站在应许之城的废墟边缘，耳后的印记灼烧着皮肤。他听到玛雅在他身后轻声说了一句话，声音很轻，轻到几乎被风吹散——“你看到了吗？开始了。”全剧终。