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近未来。世界因在深海发现的欧凡遗迹而骚然。某天，偶然见证布伦动力机诞生的宇都宫比玛，遭到追随欧凡的组织回收者的伊佐未勇和卡南·基莫斯袭击。对相信欧凡意志就是正义的两人感到愤怒、责备其自以为是的比玛。被气势压住的勇等人撤退，但是……

探测到从海底浮上的反体制的诺维斯·诺亚舰长艾诺亚，让比玛出击。在那里，比玛接触到被卡南和希拉逼紧的勇的布伦动力机，与勇合力击退两台格兰查。之后，勇前往父母曾所属的筑波大学西东京分校研究设施，但是……

返回诺维斯·诺亚的比玛，思考为何能与勇共同战斗。此时，勇正苦心研究能否将微波振荡器转用为武器。那里，南加、拉塞和比玛的布伦动力机到达，提出共同战斗，但勇坚持独自战斗。此时乔纳森等人袭来……

开始感到独自与欧凡战斗之难的勇，为获得有机板情报，前往与祖母直子生活的老家。此时，被翠命令回收数据的卡南来到勇的老家。在那里与卡南碰面的勇，劝说她一起舍弃欧凡，但卡南无法接受……

勇乘上了诺维斯·诺亚。盖布里奇欢迎，但舰长艾诺亚持怀疑态度。另一方面，被命令侦察诺维斯·诺亚的卡南，对只用利用价值谈论勇的伊佐未家族产生不信任，察觉此事的乔纳森命令希拉尾随。接近诺维斯·诺亚又撤退的卡南，看到这一切的勇……

为调查木曾山中发生的板性诱发地震，欧凡派出乔纳森的格兰查部队，诺维斯·诺亚派出科莫多和希金斯。勇想让卡南理解勇·布伦与格兰查的区别，一收到发现板的消息，就强行与出击的比玛同行。

从落在渥美半岛北岸的一块板上，两台布伦动力机再生了。而且各自的布伦与卡南和希金斯适配。迎击来袭的乔纳森的布伦动力机们，一边保护刚再生的双子，一边逐渐学会合作。

为商讨对欧凡对策等问题，诺维斯·诺亚停靠吴港。盖布里奇和艾诺亚出席会议，护卫潜水舰基梅里埃斯舰长雷特和勇也同行。勇呼吁欧凡飞翔直接关系地球全生命危机，但各国代表的认识让勇失望。

在吴港持续补给的诺维斯·诺亚面前，大富豪穆罕默德先生出现，说想买下舰船指挥权。艾诺亚一口拒绝，但混在穆罕默德亲信中的乔纳森以船员为人质，逼问母亲艾诺亚。而且乔纳森还带着库马佐在舰内逃走……

重逢的儿子乔纳森的憎恨，让艾诺亚深受伤害。勇和直子等人关心她，却无能为力。此时，神秘有机板出现，开始追踪诺维斯·诺亚。卡南等人出击，艾诺亚亲自乘上多用途小型VTOL机韦奇飞起，但是……

代替下落不明的艾诺亚，诺维斯·诺亚由船医艾琳指挥。一行人前往召开“欧凡对策会议”的佐世保港。勇的父亲、也是回收者的研作也出席。研究者们展开讨论，天才少年坎特发表新见解，诺维斯·诺亚的作战得到批准。

勇在佐世保街上看到与可疑男人们同行的父亲研作，便尾随。他们正要在港口仓库暗中交易有机板，但交涉破裂，被从挂钩上取下的板飞入街上。趁混乱逃走的研作，正想用格兰查回欧凡，但是……

欧凡终于开始上浮。用光束破坏卫星，给沿岸造成巨大损害，开始展现其威容。返回诺维斯·诺亚的勇，追问盖布里奇的真意。然后，他意识到试图利用欧凡的回收者们的想法才是不可原谅的。

为阻止欧凡上浮，布伦动力机部队出击。激战中，乔纳森告诉勇自己与勇的母亲翠有关系，试图在精神上逼垮勇。此时，联合国本部命令撤回“欧凡封入作战”。撤退后，卡南责备拉塞像舍弃性命般的战斗方式……

反对联合国停战命令，诺维斯·诺亚再次出击，试图让欧凡回到海底。根据勇带来的情报，布伦动力机部队瞄准欧凡要害。面对迎击的乔纳森，勇挑战新战法。抱病出击的拉塞以决死觉悟给欧凡一击……

再次造访诺维斯·诺亚的穆罕默德先生。艾琳以诺维斯·诺亚孤儿院化为条件，接受他提议的华侨与阿拉伯联合援助。他还带来三台布伦动力机和一台格兰查的驾驶员青年纳基。但纳基对优先救助灾民的诺维斯·诺亚失望……

被奎因西攻击飞到北欧雪原的勇，遭遇驾驶新型格兰查巴隆祖的乔纳森。发现勇的乔纳森逼紧勇，但出现的新布伦动力机救出勇。此时，诺维斯·诺亚的船员担心勇的安危，同时对世界陷入恐慌抱有危机感。

救了勇的少女内莉说，自己身患不治之症，不久将死。内莉告诉勇，自己之所以来到此地，大概是为了把自己的布伦动力机内莉·布伦托付给勇。翌晨，乔纳森再次袭击勇和内莉。战斗中，内莉和勇的布伦被再生的光辉包围。

从北欧逃出的勇，正想在地上休息时被神秘村民们抓住。追寻反体制反应的比玛和纳基也落入村民陷阱。他们是靠做盗贼为生的部族，说要把脱离联合国指挥、成为“通缉犯”的诺维斯·诺亚船员勇等人交给军队。

返回诺维斯·诺亚途中，勇等三人被坎特乘坐的布伦暴走卷入，被运到欧凡附近。回收者的重要人物加弗纳＝盖布里奇返回欧凡。巴隆和乔纳森认为加弗纳是把欧凡变成美国属领的元凶，表面上顺从，暗中警惕。

为直接谈判，勇和比玛驾驶布伦动力机前往欧凡。勇接下迎击的乔纳森等人，让比玛前往欧凡。然后，潜入欧凡的比玛“不需要核导弹”的愿望，让逼近诺维斯·诺亚的美军舰队无数导弹消失了。

连同导弹一起被生命槽送走的勇，与变回依衣子的奎因西一起返回诺维斯·诺亚。通过检查、被船员接受的依衣子，其实是奎因西在孩子们中打成一片、伺机逃脱的演技。此时，艾琳等人试着让奎因西乘上勇的布伦，但是……

得知盖布里奇是总括回收者的总督的比玛，向盖布里奇追问。但盖布里奇已做好一切觉悟，甚至接受比玛的愤怒。为讨伐那位总督，追着奎因西而来的希金斯也仿佛被欧凡邀请般潜入胎内……

想回欧凡的奎因西，乘上比玛的布伦动力机飞出了诺维斯·诺亚。同时，奎因西的格兰查无人驾驶飞出欧凡，直觉奎因西在前方的乔纳森驾驶巴隆祖追踪。另一方面，姬·布伦到达依衣子成长的村子，奎因西陷入混乱。

为阻止欧凡，诺维斯·诺亚的船员采取让欧凡理解人类的事情、使其放弃飞翔的手段。比玛和勇说明这完全有可能，仿佛证明这一点，布伦们指明了通往欧凡的道路。然后，休息一夜的勇等人执行最后作战。

吞并奎因西、开始向银河飞翔的欧凡，也开始从内部的人们那里夺取能量。此时，在艾琳的呼唤下，诺维斯·诺亚的船员们接连手牵手，通过给予能量，呼吁与欧凡一同生存。然后，面对仍在上升的欧凡，比玛送出了重要的勇……