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第二季拉开序幕，马丁·奥德姆藏身于当代伦敦，在中央情报局特工尼娜（凯莉·奥弗顿 饰）的帮助下，搜寻有关自己身份的线索。另一边，一项针对一名俄罗斯黑帮头目的调查正式启动。

马丁与一名可能与他过去有所关联的女子取得了联系。同时，在2001年的布拉格，德米特里执行寻找一名通缉战犯的任务，但外界开始担忧，他的卧底渗透手段正在走向失控。

马丁在巴黎争分夺秒地搜寻凯特。同时，2001年的布拉格，德米特里发现了接近多库·扎卡耶夫的关键突破口；而在1991年的立陶宛，巴拉德卷入了一场改变他一生的事件。

凯特在当代巴黎沦为逃犯，马丁只得将她藏匿起来。同时，巴拉德挖出了可能指引他找到马丁的情报；而在2001年的布拉格，伊利亚娜请求德米特里帮她一个极其危险的忙。

在当代巴黎，尼娜和一名军情六处特工向凯特提出一笔交易，令马丁大为恼怒。与此同时，巴拉德说服联邦调查局，让他亲手拿下马丁；2001年的布拉格，伊利亚娜被招募为特工；而特伦斯的秘密也渐渐浮出水面。

在当代巴黎，马丁让凯特为一项九死一生的任务做好准备。与此同时，加比在布拉格当面对质情报特工；德米特里的一处弱点被人洞悉；亚历克斯则被延揽担任一个显要的职位。

凯特在当代布拉格神秘失踪。此外，马丁提出了一项极其冒险的提议；加比发现布拉泽克可能与塔米尔有着危险的联系；2001年布拉格，德米特里遭受威胁；众人对特伦斯的疑心也日益加重。

在当代布拉格，马丁开始为塔米尔卖命。与此同时，加比就布拉泽克的暗中勾当与他对质；凯特被囚禁在车臣总统的官邸；针对德米特里和伊利亚娜的怀疑不断加深。

一场针对某次峰会的威胁促使马丁和尼娜在当代布拉格追查塔米尔的同伙。另一边，两名刺客启动了一项致命的计划；塔米尔的妻子向别斯兰下达命令；而德米特里在完成任务的道路上举步维艰。

马丁为营救凯特与俄罗斯人达成交易。加比在丈夫的问题上陷入痛苦抉择。2004年，德米特里向特伦斯请求最后一个人情。1972年，揭开马丁·奥德姆身份之谜的最后几块拼图终被揭晓。