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在荒废的地球上，正义感强烈的热血男儿雷欧·康拉德与搭档ZOIDS狮狮以及同伴巴兹·坎宁安一同做着运输商。雷欧等人在废弃都市遇到了一位被帝国军追赶的少女萨莉·兰德。

雷欧左臂的金属化、萨莉身体的变化以及进化成兽狮，都与从行星Zi带来的“Zi成型装置”有关。萨莉开始讲述自己被迫追的理由以及让地球再生的方法。

被萨莉的吊坠引导，继续旅行的雷欧等人闯入了帝国军的演习场。在帝国军“红色死神”克里斯托弗·吉雷尔与狙击翼手龙演习的过程中，雷欧对第一次见到的新型飞行ZOIDS着了迷……。

被共和国军迪亚斯中校保护的雷欧等人，前往拥有大规模ZOIDS遗迹的废墟城市·佐贺城。在那里，雷欧等人遇到了以猛禽龙为搭档的地球考古学家乔·艾塞尔。

帝国军的ZOIDS骑手巴恩·布拉德被授予的新型ZOIDS·加特林狐。因光学迷彩而看不见身影的狐狸接连取得对共和国军的战果，雷欧等人一边警戒看不见的敌人一边前进。

雷欧等人开始根据线索寻找鲍曼。另一方面，吉雷尔负责护卫在ZOIDS危机中大肆破坏的超巨大ZOIDS棘龙的秘密发掘作业。然而，发掘现场正位于雷欧与兽狮的行进路线上……。

被吉雷尔驾驶的狙击翼手龙击中的兽狮坠落到悬崖下。雷欧虽被艾塞尔保护，但狮狮被帝国军的扎加特基地回收，第二天早晨就要被转移到其他设施……。

被利克队长率领的帝国军部队追赶的雷欧等人，来到了一座保持21世纪原貌的城市。看到风化至今的街景，雷欧开始讲述身为地球考古学家的父亲的某项研究。

雷欧等人发现了腐朽的航空母舰。巴兹为能获得大量稀有金属而大喜，但航母被置于共和国军管理之下。无法接受的巴兹带着雷欧和萨莉悄悄潜入舰内……。

巴恩受热衷于发掘ZOIDS的男人埃德委托担任保镖，前往据说沉睡着巨大ZOIDS化石的拉普斯岛。雷欧等人得知巴恩被通缉而感到担心，但帝国军已开始包围拉普斯岛。

承载着柯林斯准将的心愿，为复活棘龙而奔走的吉雷尔发现了棘龙最后的零件。然而因意外事故，零件与共和国军展开争夺战，雷欧等人也为了阻止复活而参战……。

终于复活的棘龙。侵略如火，阿尔德里奇乘坐的棘龙接连击破共和国的ZOIDS部队。雷欧等人前往棘龙行进路线上的城市要塞进行防御……。

败给棘龙的雷欧等人遭到更大的异变袭击。为了收拾事态，雷欧等人前往再生立方终端，但兰德博士也为了得到终端而派出了暗黑豹。

回应复活的兽狮“想要变得更强”的意志，雷欧对其进行了改造。焕然一新出击的兽狮遭到漆黑魔兽暗黑豹的袭击，被玩弄于股掌之间……。

正当人们以为已经无法阻止失控的棘龙时，雷欧等人终于赶到了战场。在化为废墟的高楼林立区域，咆哮猎狮与棘龙的决战开始了。

在共和国与帝国相互靠拢的历史性瞬间实现之际，雷欧等人受到了迪亚斯父母的热情款待。接受迪亚斯青梅竹马谢莉·亨特大佐的提议后，雷欧展示了咆哮猎狮的性能。

作为行星Zi最高科学家、萨莉的祖父，沃尔特·鲍曼为了再生地球，继续着寻找沉睡于各地的再生立方的旅途。他尚且不知晓的雷欧与萨莉的旅程究竟是……。

来到共和国军秘密基地的艾塞尔，看到新型飞行ZOIDS锹形锹形的身影时双眼放光。与此同时，雷欧等人遇到了憧憬天空的青年杰克，雷欧对杰克的热情产生共鸣，开始帮忙制作飞机。

寻找终端立方的雷欧等人漂流到因终端影响而无法使用机械的岛屿，被一个叫泽佩特的男人所救。要逃离岛屿只能重启终端，但兰德率领的帝国军也已登陆岛屿……。

听闻再生立方放出光芒的传闻，雷欧等人来到某个村庄。那里曾是鲍曼停留过、终端已经重启后的土地。但此时帝国军的加农炮猛牛部队袭来……。

雷欧等人仿佛被什么人邀请一般，踏入了伫立于废墟中的塔楼。艾塞尔沉浸在楼内遗留的ZOIDS危机之前的过去记忆中，但开始流动的时间无情地伤害着回忆……。

本应被收监的阿尔德里奇，被兰德博士给予了暂时的自由与牙虎改。另一方面，在雷欧等人面临危机时，巴恩与某个人物重逢，得知帝国军正在发掘大型ZOIDS。

雷欧独自一人闯入帝国领地，追赶被带走的萨莉。巴兹也说出了打破局面的意外想法。在雷欧等人寻找萨莉期间，兰德博士构思出让欧米伽暴龙成为史上最强的方法……。

兰德和西格尔向帝国举起了反旗。为了镇压兰德等人叛军基地和欧米伽暴龙，帝国与共和国联手组成联合军出击。然而，萨莉仍被囚禁在基地中。

终于启动的欧米伽暴龙。覆盖其全身的橙色光芒，与雷欧等人此前多次见过的吊坠光芒相同。共和国与帝国的联合军发起狂野爆裂的总攻击……。

雷欧与利克暂时停战追击阿尔德里奇，亨特大佐提出重启灼热破坏龙作为对抗欧米伽暴龙的策略。但反叛军的准备和应对十分周到，联合军遭到猛烈干扰。

巴恩与加特林狐捕捉到潜入棘龙修复现场的施皮格尔与暗黑豹。在ZOIDS的一对一决斗开始的同时，梅尔维尔沉浸在与养父兰德的回忆中……。

反叛军宣布拥立前皇帝血脉的梅尔维尔为皇帝，建立“真帝国”。得知吊坠被滥用后，鲍曼赶到萨莉身边，指明了兰德的过去以及打倒欧米伽暴龙的方法。

终于出击的吉雷尔与破坏棘龙迎战梅尔维尔操纵的欧米伽暴龙。巨大ZOIDS们露出斗争本能正面交锋，用必杀技机械爆裂相互轰击，展开激烈战斗。

因ZOIDS因子恢复年轻的兰德与欧米伽暴龙突袭帝国首都。联合军的战士们团结一致争取时间，与此同时，咆哮猎狮瞄准了传说中的武器·重力加农炮。

吉雷尔和雷欧试图解救成为真帝国人质的皇帝菲奥娜，但真帝国军的新型ZOIDS·基尔赛斯的部队正在等待。另一方面，菲奥娜开始向异母姐姐梅尔维尔倾诉自己率直的想法……。

真帝国举兵的数月前，西格尔前准将因棘龙暴走事件的罪名被收监。然而，西格尔接受了兰德博士的邀请，利用梅尔维尔和欧米伽暴龙向共和国和帝国举起了反旗……。

加明加的大量发生、神秘的极光、各地频发的塌陷事故。不完整的Zi成型持续侵蚀着地球，已是一刻也不能拖延的状况。在此之中，雷欧等人前往确认有涡流出现的地方……。

在雷欧和利克等人搜索终端的背后，吉雷尔率领的帝国军正与真帝国军展开争夺特拉蒙特基地的战斗。吉雷尔与狙击翼手龙顺利进军，却被超高速疾驰的疾风猎狼改突袭……。

从雾中现身的神秘象型ZOIDS接连袭击共和国与帝国的军事设施。在所属与目的不明的神秘ZOIDS的传闻扩散之际，希格尔等人所在的真帝国军基地也突然被浓雾笼罩。

雷欧等人虽然保护了梅尔维尔，却被会说话的加明加和被操控的共和国ZOIDS部队包围。突破包围网的雷欧等人与杰克等人一同前往因涡流而漂浮的大陆。

根据梅尔维尔的情报，欧米伽暴龙所在基地的位置得以判明。迪亚斯和吉雷尔作为侦察部队向基地出击。然而，真帝国军有会说话的加明加们的支援，侦察部队陷入困境。

雷欧等人寻找终端，发现了野生ZOIDS的圣地，以及雷欧的父亲约书亚·康拉德的墓碑。出现在惊讶于父亲坟墓的雷欧面前的，是一个名叫沃尔科夫的男人，他是约书亚的弟子。

巨大的ZOIDS核心与神秘女性的影像。无暇思索新谜团，雷欧等人便与真帝国军开战，此时零巨象兵出现在他们面前。雷欧等人与杰克一同击破了零巨象兵……。

当雷欧等人发现终端和地球人留下的武器·长距离破坏加农炮时，真帝国军已让阿尔德里奇乘坐欧米伽暴龙出击。以现有战力取胜，联合军必须执行一个困难的作战。

雷欧等人寻找终端，前往某个荒废城市的体育场。然而，逃亡中的兰德也在瞄准同一个终端。梅尔维尔借来艾塞尔的猛禽龙先行一步，试图说服兰德……。

凭借鲍曼的机智，剩余终端的位置得以判明。雷欧等人分头行动重启终端，但雷欧在那里面临了意想不到的现实。鲍曼也在被金属荆棘带走的地方得知了整个事件的真相。

零皇帝龙率领的ZOIDS军团，其暴威令人想起ZOIDS危机。希格尔为获得强大战力而欣喜，但对伊莱克特拉来说，真帝国已经失去了利用价值。

零皇帝龙拥有将雷欧等人重启的终端据为己有的力量。要赢得终端争夺战，必须击败零皇帝龙。联合军勇敢地迎击零皇帝龙，但它的力量超乎寻常……。

曾经被金属荆棘带走的兰德，在地下空间遇到了伊莱克特拉·盖特。伊莱克特拉在130年前引发了ZOIDS危机，在现代操纵加明加，长期暗中活动。

零皇帝龙沉默之际，最后的再生立方终端终于被发现，落入了希格尔手中。在真帝国军近乎崩溃的状态下，希格尔试图以终端为谈判筹码谋求逆转……。

地球剩下的时间不多了。即便如此，人们依然相互鼓励，心系未来。然而，突然包裹零皇帝龙的茧以及零巨象兵的军团现身，战端再开。

恢复了真正姿态的零皇帝龙。其力量无愧于宇宙最强的称号。吉雷尔与破坏棘龙、迪亚斯与欧米伽暴龙，将世界的命运寄托在必杀的荷电粒子炮上，挺身而战。

萨莉等人为了拯救遭到伊莱克特拉袭击而陷入危险状态的雷欧四处奔走。另一方面，面对连两大破坏龙都无法战胜的零皇帝龙，共和国总统克雷斯特伍德无力阻止，做出了悲壮的决断……。

随着零皇帝龙的每一步前进，人与ZOIDS的历史都在走向终结。然而，战士们的斗志并未受挫。吉雷尔和迪亚斯向零皇帝龙发起挑战，而雷欧和狮狮也倾尽全力翱翔……。