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Die Buchstaben „VON” an der Wand einer atomaren Wiederaufbereitungsanlage. Damit fing alles an. Dann, im Sommer, wird eine rätselhafte Botschaft auf ein Video-Portal hochgeladen. Die beiden, die sie verkünden, nennen sich „Sphinx Nr. 1” und „Sphinx Nr. 2”. Die Botschaft lautet: „In der Gegend um Shinjuku ist gebietsweise mit starken Funkenflug zu rechnen ...”

Ein Bombenanschlag auf das Gebäude der Stadtverwaltung von Tokio. Lisa, die mitten in den Aufruhr gerät, weiß, dass die beiden, die sie getroffen hat - Twelve und Nine - die Täter sind, und ist fassungslos. Unbeeindruckt von dem Chaos, das im Tokioter Polizeipräsidium ausgebrochen ist, laden Sphinx Nr. 1 und 2 eine neue Video-Botschaft hoch.

Um Sphinx 1 und 2 zu verfolgen, wird der ins Archiv verbannte Kriminalbeamte Shibazaki der Ermittlung zugeteilt. Noch während man das Umfeld der beiden Anschläge durchleuchtet, verkünden SPHINX, dass sie ein drittes Angriffsziel anvisiert haben. Wird Shibazakis Scharfsinn ausreichen,den Ort zu finden, an dem die Bombe versteckt ist.

Die Suche nach den Tätern führt Shibazaki in die Präfektur Aomori, wo sich die nukleare Wiederaufbereitungsanlage befindet. Doch als hätten sie seine Rückkehr nach Tokio abgewartet, ist schon ein neues Rätsel von SPHINX an die Öffentlichkeit gelangt. Derweil steht Lisa, die von zuhause fortgelaufen ist, plötzlich vor Twelve.

Lisa wurde von Nine und Twelve mit in ihren Unterschlupf genommen. Aber die beiden sind unterschiedlicher Meinung darüber, was sie mit ihr anfangen sollen. Im Polizeipräsidium, aus dem durch einen Hackerangriff der SPHINX sämtliche Informationen über die Ermittlungen nach außen gedrungen sind, taucht eine gewisse Person aus Amerika auf.

Das Mädchen Five, das aus Amerika gekommen ist, hat die Terrorpläne von SPHINX durchkreuzt. Nine spürt instinktiv, das es sie war, die ihm beim Terroranschlag in der U-Bahn in die Quere kam. Und Twelve beschäftigt die Frage, ob sie beide den Hass von Five auf sich gezogen haben. Inzwischen trifft eine erneute Bombendrohung ein - von jemand, der sich als SPHINX ausgibt.

Das Schachproblem, das auf der elektronischen Anzeigetafel des Flughafens Haneda erscheint, ist Fives Kampfaufforderung an Nine und Twelve. Twelve nutzt die toten Winkel der Überwachungskameras und bereitet den Gegenangriff vor. Auch Shibazaki eilt zum Flughafen. Hinter den Kulissen entbrennt ein heftiger Kampf um die Bombe.

Shibazaki wird auf unbestimmte Zeit vom Dienst suspendiert, ermittelt jedoch auf eigene Faust weiter. Er sucht jemanden auf, der mit der Organisation namens „Schule für Fortschritt und Frieden” zu tun hat. Alle Terrorziele scheinen mit dieser Organisation in Verbindung zu stehen. Während Nine und Twelve einen neuen Unterschlupf suchen, erhält Lisa ein Paket ...

Five hält Lisa gefangen und will damit Nine und Twelve aus der Reserve locken. Sollen sie Lisa helfen? Inzwischen erfährt Shibazaki, der die Ermittlungen fortgeführt hat, von der Existenz eines gewissen „Athene-Projekts”. Doch was genau verbirgt sich dahinter? Aoki, einer der Beteiligten, den Shibazaki endlich aufgespürt hat, bricht ihm gegenüber sein Schweigen.

Nine taucht im Polizeipräsidium auf und erklärt, dass er eine Atombombe zündet, sollten seine Forderungen nicht erfüllt werden. Inzwischen folgt Shibazaki einer Spur bir zu zentralen Person des „Athene-Projekts”: Shunzo Mamiya. Er ist entschlossen, die ganze Wahrheit ans Licht zu bringen.

Nine gelangt wegen Fives Störmanöver nicht zur Pressekonferenz. Dadurch wird automatisch der Zündmechanismus aktiviert, der die Atombombe zur Explosion bringen wird. In Tokio, das im Chaos versunken und von seinen Bewohner verlassen wurde, blicken Nine, Twelve und Lisa hinauf in den Himmel.