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Lisa ha problemi sia a scuola che a casa e quando due misteriosi studenti si trasferiscono nel suo liceo, resta coinvolta in un attacco terroristico.

Lisa scopre che suo padre ha abbandonato la famiglia. Nine e Twelve mettono a punto una bomba e fanno una nuova minaccia. Kurahashi si confessa con Shibazaki.

Shibazaki si trasferisce all'agenzia assumendo il comando delle indagini. Dopo avere seguito una pista che riconduce al furto del plutonio, lancia una sfida pubblica.

Shibazaki è l'unico che può venire a capo di un indovinello la cui risoluzione può evitare lo scoppio di una bomba, ma solo se tutti rispettano le regole.

Nine e Twelve non sono d'accordo sul dare accoglienza a Lisa. Shibazaki trova il nesso che accomuna le esplosioni, ma riuscirà a impedire che un treno salti in aria?

Il comandante mette in ballo l'FBI. Lisa è sconvolta davanti ai risultati del proprio operato e Five organizza una partita a scacchi usando l'aeroporto come scacchiera.

Shibazaki e gli agenti hanno prove incriminanti che riconducono alla polizia stessa. Shibizaki deve mettere in salvo i passeggeri di un aeroplano imbottito di esplosivo.

L'attentato sventato è attribuito agli Sphinx. Shibazaki viene sospeso a tempo indeterminato, Lisa cerca di mettersi in salvo e Shibazaki indaga sul progetto Atena.

Mentre Kokonoe si affretta a mettere a punto l'attentato perfetto e Hisami tenta di salvare Lisa, Shibazaki mette insieme tutti i pezzi del Piano Atena... o quasi.

La tensione sale quando Nine e Twelve decidono di separarsi e Shibazaki incontra Mamiya, l'ideatore del piano Atena.

Con la detonazione di un dispositivo nucleare d'alta quota e l'evacuazione di Tokyo, il Giappone cade nel panico e il progetto Atena si conclude tragicamente.