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Nach den dramatischen Ereignissen der ersten Staffel reist der frühere CIA-Analyst Joe Turner durch Europa, um sein altes Leben hinter sich zu lassen. In Budapest wird er vom russischen Agenten Vasili angesprochen, der politisches Asyl sucht. Im Gegenzug bietet der Überläufer an, die Identität eines Maulwurfes innerhalb der CIA zu offenbaren. Als Joe kurz darauf vom vermeintlichen Selbstmord seines Onkels Bob erfährt, weiß er, dass er der Welt der Geheimdienste nicht entfliehen kann.

Nach dem Überfall auf seinen Wagen und dem Verschwinden von Vasili, zweifelt Joe daran, dass Bob Suizid begangen hat. Er will die Verantwortlichen für den Mord an seinem Onkel finden. Unterdessen erzählt Reuel der Chefin der Gegenspionage-Einheit, Robin Larkin, dass er Hinweise über einen Maulwurf innerhalb der CIA erhalten habe. Als Joe in Bobs Haus nach Spuren sucht, wird er von einem Angreifer überrascht und niedergeschlagen. Auf der Beerdigung seines Onkels macht er jedoch eine Entdeckung.

Robin Larkin befragt Joe zum Überfall auf ihn und Vasili und warum er Gordon beobachtet habe. Sie bittet ihn um Unterstützung bei dessen Observierung. Während Joe sich Gordon langsam annähert, beginnt Reuel Abbott, mit seiner Vergangenheit zu hadern und versucht, Wiedergutmachung zu leisten. Unterdessen ist der russische Top-Agent Volk in den USA angekommen. Er verhört die Geheimdienst-Angestellte Kat über Vasili Sirin und Joe Turner.

Sammy gibt Reuel die Schuld am Tod seines Vaters und will sich an ihm rächen. Er schwärzt ihn fälschlicherweise bei der Polizei an und sieht zu, wie die sein Haus stürmt. Die kindische Taktik überrascht den CIA-Veteranen. Als Joe auf Sammy aufpasst, gesteht der ihm seine Tat. Derweil hilft Kat wider besseres Wissen ihrem alten Vorgesetzten Vasili. Volk verdächtigt sie und durchsucht ihr Zuhause. Doch Kat weiß, wie sie ihn ablenken kann.

Joe beschließt, Robin zu helfen. Sie versorgt ihn mit neuen Informationen über Gordon. Ihm kommen jedoch Zweifel an dessen Schuld und er geht weiteren Hinweisen nach. Unterdessen schmuggelt Kat Vasili aus ihrer Wohnung und versteckt ihn im Haus ihres Liebhabers. Nach einem unerwarteten Geldsegen gönnen sich Gordon und Eva ein bisschen Zweisamkeit. Doch Robin und Co. haben davon erfahren, und Tracy soll ihn zum Verhör abholen.

Tracy informiert Joe, dass sie Gordon in Gewahrsam genommen haben und verhören. Joe glaubt jedoch nicht an Gordons Schuld. Tracy trifft sich mit Volk und macht ihn auf Joe aufmerksam. Als er ihm erzählt, dass er erwägt, nicht mehr als Doppelagent zu arbeiten, droht Volk ihm. In der Zwischenzeit versucht Joe, herauszufinden, wer den Krankenwagen gemietet hat, der beim Überfall auf ihn und Vasili zum Einsatz kam. Derweil spricht Mae mit der Senatorin Thrush, um Reuel zur Rechenschaft zu ziehen.

Nachdem die Beteiligten am Überfall auf Joe und Vasili von den Russen ermordet wurden, glauben Reuel und Joe, dass die feindlichen Agenten Gordon reingelegt haben. Joe trifft Kat am Treffpunkt, den er mit Vasili ausgemacht hatte. Sie verrät ihm Vasilis Versteck. Volk ist Joe gefolgt, hat Kat aber nicht gesehen. Er ruft sie an und will mit ihr Joe observieren. Als Joe Vasili trifft, kleben ihm die beiden an den Fersen. Unterdessen wollen Mae und Tracy für eine Zeit lang untertauchen.

Volk hat einen Trupp losgeschickt, um Joe und Vasili zu finden. Die beiden gehen ein großes Risiko ein, um zu entkommen. In der Zwischenzeit bittet Robins russische Informantin um Schutz, da sie glaubt, aufgeflogen zu sein. Doch Volk kommt ihr zuvor. Tracy erfährt von Joe, dass Vasili noch lebt, aber nicht weiß, wer der Maulwurf ist. Er ruft Volk an und sagt ihm, dass er aussteigen will. Reuel findet heraus, dass Sammy hinter den Angriffen auf ihn steckt – und dass auch Mae gegen ihn vorgeht.

Gordon ist in der Haft kurz vor einem Zusammenbruch, doch ein Besuch seiner Frau verleiht ihm neue Kraft. Als ein Zeitungsartikel über ihn als Doppelagenten erscheint, spitzt sich die Lage jedoch wieder zu. Unterdessen nötigt Joe Kat, ihm zu helfen, Volk zur Strecke zu bringen. Allerdings beichtet sie dem russischen Spion, dass sie Vasili geholfen hat, und dass Joe sie erpresst. Joe will den verletzten Vasili bei Mae verstecken, doch Tracy ist bei ihr. Der begeht daraufhin einen folgenschweren Fehler.

Tracy lockt Joe und Vasili in ein vermeintliches Safe House. Als sie dort ankommen, informiert er Volk. Der schickt einen Trupp Soldaten, doch Joe und Vasili sind bereits weg. Bevor Volk erkennt, dass er hintergangen wurde, schlägt Tracy ihn nieder und bringt ihn zu Joe. Doch kann der dem Maulwurf trauen? Wem gilt seine Loyalität? Unterdessen beschließt Reuel Abbott, Wiedergutmachung für seine Fehler zu leisten. Er will vor der Öffentlichkeit aussagen.