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Im Jahr 1857 flüchtet eine Gruppe Aufständischer um den geheimnisvollen Nemo aus einer Strafkolonie in Indien. Sie nehmen ein neuartiges Gefährt in Beschlag: das U-Boot Nautilus. Die mächtige British East India Trading Company hat das U-Boot ohne Wissen der Regierung von den Sträflingen bauen lassen. Als der Architekt Benoit erfährt, dass es nicht nur wissenschaftlichen Zwecken dienen soll, schließt er sich den Flüchtenden an.

Bei dem riskanten Manöver gegen das Schiff der Company ist die Nautilus beschädigt worden. Nun droht das U-Boot zu implodieren. Ausgerechnet Humility hat die rettende Idee. Als die akute Lebensgefahr für die Crew abgewendet ist, können Nemo und Benoit den Motor reparieren. Doch Humility sorgt für neue Aufregung: Obwohl sie kurz zuvor noch bekundet hatte, freiwillig an Bord bleiben zu wollen, startet sie einen Fluchtversuch. Nachdem die Nautilus aufgetaucht ist, versucht Humility mit mehreren Begleitern zu einer nahegelegenen Insel zu schwimmen.

Die Nautilus hat einen Bombenbeschuss unbeschadet überstanden, wird aber nun von einem Riesenkraken umklammert. Nemo muss das Innere des U-Boots verlassen, um das Problem zu lösen. Als der Kapitän von dem Ungetüm außer Gefecht gesetzt wird, erhält er unerwartete Unterstützung: Eine Walmutter, die Nemo kurz zuvor aus einer gefährlichen Situation gerettet hatte, kommt nun ihm zur Hilfe. Die Nautilus kann ihre Fahrt fortsetzen. Nachdem das Company-Schiff Dreadnought in die Irre geführt und abgehängt wurde, müssen Nemo und seine Mitstreiter jedoch dringend einen Zwischenstopp einlegen.

Nachdem der Radscha die Nautilus-Crew an die Company verraten hat, kommt es zu einer weiteren Konfrontation mit der Dreadnought. Nemo begibt sich auf eine gefährliche Mission. Der Kapitän schwimmt zu dem Kriegsschiff, um es zu sabotieren – mit Erfolg: Einmal mehr kann die Nautilus entkommen. Doch nach wie vor herrscht an Bord ein Mangel an Vorräten. Eine unbekannte Insel wird angesteuert, um dort nach Nahrung zu suchen. Als sie das Eiland erkunden, machen Nemo, Humility und Blaster zunächst eine grausige Entdeckung.

Das Abenteuer auf der unbekannten Insel ist noch nicht überstanden. Ein überdimensionaler Zitteraal hindert die Nautilus an der Weiterfahrt. Humility will ihn außer Gefecht setzen. Der Antrieb des U-Boots soll umgeleitet werden, um dem Tier einen Stromschlag zu versetzen. Humility verursacht aber einen Stromausfall, weil sie Nemos Warnung ignoriert. Als sie den Schaden sofort beheben will, begeht sie einen folgenschweren Fehler. Die Nautilus ist nun nicht mehr kontrollierbar und sinkt immer weiter ab.

Die Nautilus nimmt wieder Fahrt auf, die Hitze an Bord geht zurück. Die Crew hat die Bakterieninfektion gut überstanden. Doch es gibt eine Hiobsbotschaft: Humility ist verschollen. Nach ihrer gelungenen Reparaturaktion treibt Humility bewusstlos im Wasser. Nemo kann sie bergen. An Bord der Nautilus holt Benoit sie mit Elektroschocks ins Leben zurück. Als sie wieder bei Kräften ist, spricht sie mit ihm über die Unterwasservulkane.

Die Nautilus nimmt Kurs auf das von Kapitän Nemo ausgegebene Ziel: die Säulen von Halvar. Doch die Dreadnought bleibt dem U-Boot auch in arktischen Gewässern auf den Fersen. Bei einem Angriff auf die Nautilus wagt sich das Schlachtschiff der Company zu weit ins Eis vor und bleibt dort stecken. Allerdings ist auch das U-Boot manövrierunfähig. Nemo einigt sich mit Youngblood, dem Kapitän der Dreadnought, auf einen Kompromiss. Die Nautilus-Crew darf die Schmiede an Bord der Dreadnought nutzen, um ein wichtiges Motorenteil zu reparieren.

Nemo will mit der Nautilus auf eine gefährliche Reise unter das arktische Eis gehen. Da er alle Bedenken der Crew ignoriert, kippt die Stimmung an Bord. Es kommt zur Meuterei. Die anderen haben sich schon mehrfach über Nemos autoritäre Art und seine mangelnde Rücksichtnahme geärgert. Nun ist das Maß voll. Boniface wird neuer Kapitän. Als Nemo die Meuterer mit einer Schusswaffe bedroht, sperren sie ihn in seiner Kabine ein. Humility versucht die Wogen zu glätten und redet Nemo ins Gewissen.

Nemo und die Crew der Nautilus haben sich versöhnt. Er wird wieder zum Kapitän des U-Boots ernannt. Die Suche nach dem sagenumwobenen Schatz der nordischen Göttin Freya beginnt. Unterwegs sprechen alle an Bord darüber, was sie mit ihrem möglichen neuen Reichtum anfangen würden. Nemo kennt aber nur ein Ziel: die Vernichtung der Company, die seine Frau und Tochter getötet und seinen Vater zum Verrat am eigenen Volk gezwungen hat. Als die Nautilus die Säulen von Halvar erreicht, gibt es eine unliebsame Überraschung.

Nemo und seine Mitstreiter sind in London angekommen. Dort streuen sie Gerüchte über finanzielle Schwierigkeiten der Company. Deren Börsenkurs bricht daraufhin drastisch ein. Direktor Crawley beruft eine Aktionärsversammlung ein, um die Lage zu beruhigen. Doch plötzlich meldet sich Nemo zu Wort und sorgt für Aufsehen: Er und seine Leute haben ihren Einfallsreichtum spielen lassen und halten nun die Mehrheit an dem Unternehmen. Humility hat die nicht ganz freundliche Übernahme durch einen fingierten Ehevertrag mit Lord Pitt tatkräftig unterstützt.