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尼莫和他在卡尔帕尼惩教殖民地的同伴被迫建造一艘巨大的潜艇——“鹦鹉螺号”。潜艇一旦建成，尼莫和他的心腹们计划利用它逃跑。然而，当冷酷无情的东印度公司主管克劳利到达并要求立即将“鹦鹉螺号”运往孟买进行装备时，尼莫不得不提前实施他的计划，召集能够找到的任何人作为船员。

当一些船员试图离开“鹦鹉螺号”并游到岸边时，他们被公司使者发现并强行带回。现在，为了避免被捕，“鹦鹉螺号”必须驶向大海。他们意外遇到一艘捕鲸船，导致航行速度减慢。就在他们即将到达时，被迫潜入水下，展开了一场猫捉老鼠的游戏。

尼莫船长和他的船员被迫在卡拉扬岛停靠，以获取水源和补给。尼莫在那里发现了一个令人震惊的真相，而谦卑（Humility）和船员们也终于揭开了尼莫的真实身份。

尼莫船长和他饥饿的船员登上了一座看似荒无人烟的岛屿寻找食物。当爆破手（Blaster）失踪后，尼莫和谦卑（Humility）展开了一场大胆的营救行动，但很快遇到了一条巨型电鳗。

当诡异的红光出现时，巨型电鳗突然松开了“鹦鹉螺号”。原来这是一连串水下火山。在失去操控能力的情况下，“鹦鹉螺号”继续下沉，逐渐逼近危险的熔岩——很快大家意识到，只有谦卑（Humility）才能拯救船员。

这些水下火山揭示了通往传说中亚特兰蒂斯水下城市的线索。一个小队前去探索，发现了似乎是这座失落文明的古代前哨站，但他们也意识到，这里栖息着可怕的海百合。船员们不得不为生存而战。

公司战舰“无畏号”和“鹦鹉螺号”之间的一场大胆交战使双方都被困在北极冰层中，迫使他们达成不安的休战协议。尼莫与一位昔日的朋友重逢，并因关于他父亲的更多真相而感到震惊。

当尼莫过于冒险、将船员置于危险境地的真相被揭露后，船员们将他锁在了船舱里，由博尼法斯（Boniface）接管指挥。在北磁极，问题接踵而至。尼莫必须通过向船员们坦白他的真实身份来团结这支分裂的队伍。

当“鹦鹉螺号”终于抵达宝藏所在地时，他们发现宝藏并没有被遗忘，相反，它被野性战士严密守护。尼莫感到自己把船员们带到了世界的尽头——一切都是徒劳的。

以推翻公司的新目标为目的，船员们散布了公司即将破产的谣言。股价急剧下跌，公司召集所有股东召开紧急会议。尼莫和他的船员们只有几个小时的时间赶到会议上，试图彻底解散公司。