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Nemo y sus compañeros de la Colonia Penal Kalpani trabajan como esclavos en un submarino acorazado de 300 pies de largo: el Nautilus. Una vez terminado, Nemo y una tripulación de primera escaparán en él. Pero cuando el director Crawley llega para exigir que el Nautilus sea trasladado a Bombay para ser armado - hoy - Nemo debe marcharse. Ahora mismo. Con cualquiera que pueda reunir como tripulación.

Cuando el Nautilus es avistado por soldados de la Compañía en el golfo de Kutch, debe salir a mar abierto. Justo cuando están a punto de huir, aparece el Dreadnought. Nemo debe dar a la tripulación una razón para quedarse, algo más que ser castigados si huyen y son capturados. Si consiguen el tesoro de Halvar, podrán comprar influencia, poder y anonimato. Trabajan juntos y evaden la captura, pero hay un peligroso polizón a bordo, y en el oscuro fondo marino, algo acecha...

Tras enfrentarse a un calamar gargantuesco y examinar a su polizón soldado de la Compañía, la tripulación del Nautilus debe procurarse comida y agua. El único territorio no perteneciente a la Compañía al que pueden llegar es Karajaan. Allí, el Rajá reconoce a Nemo como el Príncipe Dakkar, y le revela la complicidad que tuvo el padre de Nemo para que sus tierras pasaran a estar controladas por la Compañía. Cuando el Rajá les traiciona, deben escapar de Karajaan antes de que llegue el Acorazado.

Casi a punto de morir de hambre, llegan a una isla. Se atiborran de fruta. Nemo, Humildad y Blaster, en busca de agua, son capturados en una red trampa, a punto de ser recuperados por el capitán Mogg y sus escuálidos oficiales -supervivientes del naufragado Ariadna- cuando Casimir los rescata. Llegan hasta el Nautilus, pero una monstruosa anguila envuelve la nave. Sus cargas eléctricas mutilan el Nautilus y alertan al Dreadnought. ¡¿Es este el final?!

La anguila gigante libera repentinamente al Nautilus cuando aparece un inquietante resplandor rojo. El Anillo de Fuego. Una serie de volcanes submarinos. El Nautilus no se eleva, aunque lo haga la temperatura. Peor aún, Blaster descubre un cajón de algodón para armas que estallará si no se enfría. Uno a uno, los tripulantes caen enfermos con una enfermedad de la isla. Con todos los demás a bordo inconscientes, Humility debe luchar para no sucumbir a un estado comatoso y salvarlos de una muerte segura.

Humildad es rescatada por Nemo. Cuando revive, recuerda haber visto una entrada que podría haber sido hecha por el hombre. Benoit los trajo aquí: el mapa que le quitó a Karajaan es un mapa de la Atlántida. Nemo sólo permite una inmersión. Cuando llegan al espacio más allá de la entrada, parece construido, pero no hay señales claras de restos hechos por el hombre. Hay, sin embargo, crinoideos hambrientos. Mientras Benoit es engullido por ellos, entrega a Nemo una misteriosa piedra.

El Nautilus y el Dreadnought quedan atrapados en el hielo ártico. Nemo se ofrece a remolcar el Dreadnought, si puede utilizar su forja para reparar su perno en U roto. Es la única forma de que alguno de ellos sobreviva. Millais, de hecho Billy, el amigo de la infancia de Nemo, sabe que Nemo se dirige, en última instancia, a Londres y a las oficinas de la Compañía.

Cuando se revela que Nemo está jugando con la vida de la tripulación, es confinado en su camarote y Boniface da la vuelta al Nautilus. Cuando chocan con el norte magnético y pierden el sentido de la orientación, y luego son atacados por bichos devoradores de metal, Nemo debe demostrar que sabe quiénes son sus tripulantes y revelarse ante ellos si quiere que alguno sobreviva.

Llegan a los Pilares de Halvar. El lugar, y el tesoro, son reales. Pero cuando el oro, la plata y las gemas se pierden en el mar, Nemo siente que ha llevado a la tripulación del Nautilus a los confines del mundo para nada. Pero Ranbir les reúne: la Compañía les ha hecho sufrir a todos ellos y a millones más. Hay que acabar con ella.

La tripulación del Nautilus difunde sentimientos de sublevación y rumores de que la East India Mercantile Company se va a pique. Cuando el precio de las acciones se desploma, se convoca una junta de accionistas para esta noche. Nemo y la tripulación tienen tres horas para convertirse en el mayor accionista y así poder disolver la Compañía para siempre.