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Am 31.8. tauchte urplötzlich ein riesiges unidentifiziertes fliegendes Objekt im Meer vor Japan auf, das sich sodann in Richtung Tokyo in Bewegung setzte. Ein Ereignis, das alles verändert. Doch Kadodes Alltag besteht auch drei Jahre später immer noch aus derselben Monotonie.

Eine kleinere Scheibe stürzt in einem Wohngebiet in Suginami ab. Schnellstmöglich wird ein neues Waffensystem einer privaten Firma einsatzbereit gemacht, um die drohende Gefahr durch Abstürze abzuwenden. Derweil nimmt Kadode allen Mut zusammen und lädt sich zu ihrem Lehrer nach Hause ein.

Nachdem dem Fujin-6 der erste Abschuss einer Scheibe gelang, beschleunigt die Regierung die Stationierung weiterer mit allen Mitteln. Doch es regen sich stimmen, die diese für bedenklich halten. Derweil beginnen Meinungsverschiedenheiten bezüglich der Invasoren selbst Liebende zu entzweien.

Es ist Weihnachten und die Mädchen feiern gemeinsam. Derweil koppelt das Mutterschiff zusehends weitere kleinere Schiffe aus, die von den Fujin Modell 7 abgeschossen werden, doch nicht jeder dieser Abschüsse und darauffolgenden Abstürze verläuft glimpflich.

Ein Rückblick in die Grundschulzeit von Oran und Kadode. Oran freundet sich im Sommerkurs mit der vom Rest der Klasse gemobbten Kadode an, doch es fällt ihr schwer, auch in der Schule für Kadode einzustehen. Außerdem finden die beiden zusammen ein rätselhaftes Wesen …

Kadode und Oran suchen weiter Leute in Not, um ihnen zu helfen. Als sie vom Invasor ein mächtiges Utensil bekommen, begreift Kadode, dass sie damit viel mehr tun könnte, um die Welt zu einem besseren Ort zu machen. In ihr reift der Entschluss, radikaler in den Lauf der Welt einzugreifen ...

Ai macht mit einem Verehrer eine Bustour durch Tokyo. Derweil arbeitet die Firma SES weiter an neuartigen Waffensystemen, die dafür sorgen sollen, dass Japan nicht länger von anderen Staaten abhängig sein wird.

Kadode und Oran schließen die Oberschule ab und stehen vor einem neuen Kapitel in ihrem Leben. Japan arbeitet derweil mit Hochdruck an der Konstruktion der Chokujin, während die Existenz der Invasoren weiter offiziell Geheimsache bleibt. Doch es regt sich Widerstand.

Kadode, Oran, Ai und Rin beginnen mit dem Studium und begegnen auf dem Campus Futaba. Während diverse Protestbewegungen erstarken, ist es der Regierung nach dem letzten Zwischenfall unmöglich, die Existenz der Invasoren länger zu verbergen.

Oran begegnet dem Invasor, der Obas Körper übernommen hat und beschließt, ihn vorübergehend bei Kadode einzuquartieren. Die JSDF und weitere Organisationen beginnen nach der Bekanntgabe der Existenz der Invasoren in aller Öffentlichkeit Jagd auf diese zu machen.

Mit der Einführung des Fujin Modell 9 wird es immer gefährlicher für die Invasoren. SHIP wird zunehmend verzweifelter, da ihre Demonstrationen auf taube Ohren stoßen und das öffentliche Interesse abnimmt. Derweil bestückt die Regierung die neuen Fujin mit einer KI.

In dem Wissen, dass die Welt bald untergehen wird, verabredet sich Kadode mit ihrem ehemaligen Klassenlehrer Watarase. Oba begegnet einem Invasor, den er zur aktuellen Lage auf dem Mutterschiff befragt. Außerdem fährt der Okkultismus-Club ins Sommercamp.

Futaba fällt einen Entschluss, was die ihr von SHIP aufgetragene Aufgabe betrifft. Oran verdrückt sich frühmorgens irgendwohin, woraufhin Oba bereits das Schlimmste befürchtet. Gemeinsam mit Makoto versucht er sie zu finden, bevor Schlimmeres passiert.

Das Mutterschiff beginnt auseinanderzubrechen und auf Tokyo hinunterzustürzen. Derweil versucht die Regierung, sich gegen ausländische Einmischungen zu wehren. Während die Invasoren in ihrer Verzweiflung nur noch einen Weg sehen.

Während Kadode, Oran und ihre Freunde sich überlegen, ob sie nach Tokyo zurückkehren sollen, spitzt sich die Lage dort zu. Die Regierung beschließt, den Start ihrer Arche namens Ocean vorzuverlegen und Tokyo aufzugeben. Kohiruimaki seinerseits hat ebenfalls einen Plan.

Die Welt steht kurz vor dem Untergang. Kadode, Oran und ihre Freunde fahren zurück nach Tokyo. Unterdessen versucht Oba mit dem Passwort den Reaktor des Mutterschiffes herunterzufahren, bevor dieses explodiert.

Wir sind zurück in der Welt nach dem 32.8., in der Makoto Kadodes Vater begegnet ist. Maktoto sieht nur noch einen einzigen Ausweg für Nobuo: Er soll erneut die Welt neu starten und zum Zeitpunkt vor 12 Jahren zurückreisen, an den die Shiftmaschine geankert ist.