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Kadode es una chica normal que estudia para sus exámenes de acceso. A pesar de que un día llega un enorme platillo volador que amenaza con cambiar la Tierra, ella y sus amigas siguen con su vida diaria como si no ocurriera nada.

A pesar del incidente, la vida en Tokio sigue su curso. Los exámenes de acceso a la universidad se acercan y los estudiantes deben decidir qué van a estudiar.

Se acerca diciembre y, con ello, las vacaciones de Navidad. Las chicas estudian para esus exámenes mientras piensan en qué harán en Navidad.

Ha llegado el momento crucial de los exámenes de acceso a la universidad y las chicas pasan los últimos días de las vacaciones estudiando para sacar la mejor nota posible.

El verano transcurre con tranquilidad: los niños juegan en clase y después, hacen travesuras y, en general, disfrutan de su vida escolar ajenos a lo que ocurre a su alrededor.

Kadode y Ontan reciben una herramienta bastante peculiar que les permite cambiar su entorno. Sin embargo, deben aprender a usarla y, sobre todo, a hacer el bien con ella.

Justo antes de graduarse, un compañero invita a Ai a una cita por Tokio. Y se dan cuenta de nuevo de la realidad en la que viven desde el 8.31 con la nave nodriza sobre sus cabezas.

Kadode y Ontan están entusiasmadas por su nueva vida de universitarias. Sin embargo, el gobierno japonés y la nave nodriza echan a andar una cuenta regresiva. Y no hay marcha atrás.

Comienza la universidad y lo primero en lo que se centran las chicas es en mirar en qué clubs pueden entrar para aprovechar al máximo su nueva vida.

Oran se encuentra con el invasor que se ha apoderado del cuerpo de Oba y decide alojarlo temporalmente en Kadode. La JSDF y otras organizaciones comienzan a dar caza a los invasores en público tras el anuncio de su existencia.

Sigue el descontento entre las facciones en Tokio que están a favor y en contra de los invasores, mientras su caza aumenta. Y Futaba tiene que tomar una decisión muy importante en SHIP.

Uno de los invasores se cuela en pleno parlamento para anunciar que su Nave Nodriza pronto caerá y se llevará con ella a todos los habitantes de la Tierra.

El invasor pone a disposición de Oran variasherramientas para poder explorar el pasado e intentar cambiar el curso de los acontecimientos.

Unas partes de la nave nodriza se desprenden y ausan grandes destrozos sobre algunas zonas de Tokio. Mientras los desastres se suceden en Japón, los países extranjeros desean intervenir.

La nave nodriza se encuentra en las últimas y el gobierno comienza a evacuar Tokio sin que la población sepa exactamente qué está ocurriendo.

La población de Tokio ve lo que se avecina y decide huir en masa de la ciudad con tal de sobrevivir, pero las carreteras y todas las conexiones se encuentran tan saturadas que es casi imposible salir de la capital.

Los ejércitos combaten contra las naves que encuentran en Japón tras la gran explosión de la nave nodriza y la aparente huida del gobierno japonés.