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一艘巨大的飞船出现在东京，三年过去了。日常生活似乎迎来了终结，世界似乎濒临毁灭。然而，这艘飞船什么也没做，生活照常进行。

一个较小的圆盘在杉并的住宅区坠毁。为了避免即将发生的坠毁危险，一家私营公司的新型武器系统正在尽快投入使用。与此同时，门出鼓起勇气，去老师家做客。

风神六号成功击落第一个目标后，政府正在千方百计加快部署更多目标。不过，也有声音认为这一说法值得质疑。

圣诞节到了，女孩们正在一起庆祝。与此同时，母船正在越来越多地与其他被“风锦 Model 7”击落的小型船只脱钩，但并不是每一次击落和随后的坠机事故都进展顺利。

回顾凰兰和门出的小学时光。在一次暑期课程中，凰兰结识了被班上其他同学欺负的门出，但她在学校里很难为门出挺身而出。此外，两人还发现了一只神秘的生物…

门出决定利用“入侵者”的工具来帮助有困难的人。炎热的夏天，她试图帮助一位被困在关闭的铁路道口的孕妇，但不小心导致了一列火车脱轨。门出震惊地发现，她的好意最终伤害了人们，于是决心不再犯同样的错误…

爱与一位仰慕者一起乘坐巴士游览东京。与此同时，SES 公司继续致力于开发创新武器系统，旨在确保日本不再依赖其他国家。

卡多德和奥兰高中毕业，迎来了人生的新篇章。与此同时，日本正全力建设“超人”，而入侵者的存在仍是官方秘密。然而，反抗的暗流正在涌动。

角户、奥兰、爱和凛开始了他们的学业，并在校园里遇到了双叶。随着各种抗议运动日益壮大，政府在最近的事件后，再也无法掩盖入侵者的存在。

奥兰遇到了那个占据了奥巴身体的入侵者，并决定暂时将他安置在加多德那里。与此同时，自卫队和其他组织在入侵者的存在被公之于众后，开始了一场针对他们的公开搜捕行动。

随着 Fujin Model 9 的引入，入侵者的处境变得愈发危险。SHIP 的示威活动因无人理会且公众兴趣减弱而显得更加绝望。与此同时，政府为新型 Fujin 模型配备了人工智能。

得知世界即将终结，卡多德安排与前老师渡边见面。奥巴遇到一名入侵者，并向其询问母舰上的当前状况。此外，超自然研究社还组织了一次夏令营活动。

双叶就 SHIP 交给她的任务做出了决定。清晨时分，小丹悄悄离开，令小场担心不已。他与真琴一起，试图在小丹遭遇不测之前找到他。

母舰开始解体，直坠东京。与此同时，政府竭力抵御外来干涉。在绝望中，入侵者只能看到一条出路。

当葛城、奥兰及其朋友们还在考虑是否返回东京时，东京的局势却愈演愈烈。政府决定提前启动名为“海洋”的方舟计划，并放弃东京。与此同时，小弘也自有打算。

世界正处于毁灭的边缘。卡多德、奥兰和他们的朋友们返回东京。与此同时，奥巴试图在母舰爆炸前使用密码关闭其反应堆。

我们回到8月32日之后的世界，在那里真琴遇到了香留的父亲。真琴认为拯救信男的唯一出路是：他应该再次重启世界，并回到12年前的时间点，那是“转移机器”的锚定点。