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En una conferencia entre líderes de medidas contra Kaii, el "Sistema Alice" de Shigemoto es rechazado por falta de resultados. Él emprende un nuevo proyecto, ambicioso pero peligroso, para demostrar sus capacidades, y cuestiona la dinámica de poder y las expectativas de la industria. Un individuo se acerca a Koshigaya con una propuesta sospechosa, poniendo a su padre en una situación delicada.

Kana y Koshigaya visitan el Instituto para exterminar una nueva especie de Kaii. Guiados por el subdirector Akasaka, se enfrentan a un espécimen Kaii desconcertante y aparentemente invencible que desafía toda lógica. Motivos ocultos relacionados con las regulaciones del poder mágico generan tensión cuando el Kaii muta. Con un plazo límite, las habilidades de Magilumiere se ponen a prueba.

Las Chicas Mágicas de Magilumiere y AST se enfrentan a una nueva especie de Kaii que causa estragos. Koshigaya le tiende la mano a Tsuchiba, lo que provoca un choque de opiniones que aumenta la tensión entre sus compañías. El Kaii desconocido muta rápidamente bajo la influencia del poder mágico, tras lo cual un individuo toma el control como operador para la inminente batalla de vida o muerte.

Una colaboración improvisada entre Magilumiere y AST se ve envuelta en una lucha a vida o muerte contra los Kaii de Clase C. Las cambiantes tácticas de Magilumiere trastocan los métodos convencionales, mientras Kana recopila datos en tiempo real durante la batalla para tomar el control. Mediante la fuerza física, el control y la guía, el equipo, aparentemente desequilibrado, idea un plan.

Magilumiere comienza a reclutar ingenieros para promocionar el Sistema Alice. Kana se esfuerza por transmitir el atractivo de la empresa mientras supervisa el proceso de entrevistas. Esto provoca la incorporación de personal inesperado, lo que aporta un nuevo aire al equipo. Cuando resulta difícil conseguir más talento para fortalecer su potencial de combate, Magilumiere va a Kioto.

En Kioto, Magilumiere conoce a Yamimori, un aspirante a ingeniero con impresionantes habilidades pero dificultades para trabajar en equipo. Si bien su compatibilidad con el equipo es cuestionable, Yamimori parece ocultar ciertos sentimientos hacia su amiga de la infancia, Sakae. Durante un festival en el santuario Tonomori, un ritual desata a un Kaii, y una sombra siniestra acecha.

En el ápice de la ceremonia del Santuario Tonomori, un Kaii irrumpe tras superar una barrera que se creía segura, sumiendo la zona en el caos. La barrera bloquea a las fuerzas externas, separando al equipo de Magilumiere. Makino y Akasaka se ven obligadas a luchar dentro de la barrera mientras Nikoyama busca una salida. Con el tiempo en su contra, cada decisión tendrá un impacto decisivo.

Tras ganarse la confianza de sus aliados, Yamimori entra en acción para combatir al Kaii que atravesó la barrera. Makino y Akasaka se reincorporan a la primera línea para enfrentarse al poderoso Kaii con trabajo en equipo y astucia. La situación pone de manifiesto la habilidad y la confianza entre las Chicas Mágicas y sus ingenieros, mientras el equipo avanza con valentía.

Se revela que el incidente de Kaii en Tonomori es un sabotaje orquestado para flexibilizar las regulaciones mágicas y manipular la opinión pública. Emerge el culpable: alguien totalmente inesperado. Mientras Yamimori se instala en Magilumiere, Kana decide desafiar las normas de la industria y su propio papel en el proceso, desencadenando una guerra de mayor envergadura.

Mientras los defensores de la desregulación traman su próximo plan, Magilumiere desafía todos los precedentes al emboscar a un Kaii enorme, no clasificado e irregular antes de que emerja. Koshigaya, Akasaka y Makino luchan mientras el poder del Kaii aumenta más allá de toda expectativa, y Nikoyama y Yamimori trabajan frenéticamente juntos en el análisis y el apoyo desde la consola de control.

La batalla en la Bahía de Tokio se intensifica y las Chicas Mágicas de Magilumiere se unen para tomar el control. Sin embargo, Tsuchiba de AST interviene para darle un giro inesperado a la batalla con su nuevo y ultrapoderoso dispositivo mágico, "Wings", para aniquilar al objetivo y contrarrestar el estilo de combate cooperativo de Magilumiere. Ya no se trata solo de una lucha contra los Kaii.

En medio de la guerra, Magilumiere y AST finalmente deciden "cooperar" cuando Shigemoto le otorga a AST acceso completo a la tecnología del Sistema Alice para combinar el poder de ambas compañías y compartirlo entre sus Chicas Mágicas. Tsuchiba casi pierde el control de su magia. Por el bien de las generaciones futuras, nuevas relaciones y valores morales impulsan a todos a luchar con el corazón.