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Lors d'une conférence des leaders de l'industrie des mesures anti-Kaii, le "système Alice" de Shigemoto est rejeté, faute de résultats prouvés. Il se lance dans un énorme projet dangereux pour prouver ses capacités en remettant en cause les jeux de pouvoir et les attentes de l'industrie. En parallèle, une certaine personne fait une proposition suspecte à Koshigaya et met son père en difficulté.

Kana et Koshigaya vont au CNRM pour exterminer une nouvelle espèce de Kaii. Guidées par Akasaka, elles font face à un spécimen de Kaii apparemment invincible défiant le bon sens. En coulisses, des intentions cachées au sujet des règles sur la magie causent des tensions alors que le Kaii mute contre toute attente. Dans une course contre la montre, les talents de Magilumière sont mis à l'épreuve.

Les Magical Girls de Magilumière et d'AST sont simultanément confrontées à une nouvelle espèce de Kaii déchaînés. Koshigaya propose à Tsuchika d'enterrer la hache de guerre, mais ne parvient qu'à attiser les tensions entre leurs sociétés. Le Kaii inconnu mute rapidement sous l'influence de la magie, et une certaine personne assure la fonction d'opérateur pour la bataille à venir.

Magilumière et AST font équipe dans une combat désespéré contre le Kaii de classe C qui mute rapidement. Magilumière emploie des tactiques peu conventionnelles en fluctuant entre attaque et défense, tandis que Kana collecte des données pour prendre le contrôle. Malgré son déséquilibre apparent, entre prouesse physique, contrôle et assistance de haut niveau, l'équipe prépare sa contre-attaque.

Magilumière commence à recruter des ingénieurs pour promouvoir le système Alice. Kana peine à montrer l'attrait de la société en supervisant le processus d'entretiens. Ainsi, une équipe inattendue se forme et crée une nouvelle ambiance. Quand trouver de nouveaux talents s'avère difficile après avoir tenté de s'améliorer en combat, Magilumière se rend à Kyoto pour des conférences et des interviews.

À Kyoto, Magilumière rencontre le candidat au poste d'ingénieur, Yamimori, talentueux mais qui peine à coopérer. Alors que sa compatibilité avec l'équipe est remise en cause, il semble cacher des sentiments liés à son amie d'enfance, Sakae, et à ses valeurs personnelles. Pendant ce temps, à un festival au sanctuaire Tonomori, un rituel libère un Kaii alors qu'une ombre menaçante rôde en coulisses.

Au point culminant de la cérémonie du sanctuaire Tonomori, un Kaii inconnu pénètre une barrière estimée sûre, plongeant la zone dans le chaos. La barrière bloque les forces extérieures, séparant l'équipe de Magilumière. Makino et Akasaka sont contraintes à se battre au sein de la zone alors que Nikoyama cherche une ouverture. Le temps est compté, et chaque décision affectera l'issue.

Ayant gagné la confiance de ses alliés, Yamimori passe à l'action et affronte le Kaii déchaîné dans la zone scellée. Makino et Akasaka retournent en première ligne faire face au Kaii désormais surpuissant avec leur travail d'équipe harmonieux et leur vivacité d'esprit. Le talent des Magical Girls et leur confiance en leurs ingénieurs se font jour alors que l'équipe va de l'avant de tout cœur.

Le Kaii de Tonomori s'avère être un acte de sabotage relevant d'un plan secret visant à promouvoir l'assouplissement des règles sur la magie et à manipuler l'opinion publique. Un coupable inattendu émerge. Yamimori trouve ses marques à Magilumière, Kana remet en cause des normes majeures de l'industrie et son propre rôle dans le processus, déclenchant une guerre d'une envergure bien plus grande.

Alors que les partisans de la dérégulation préparent leur prochain plan, Magilumière défie tous les précédents en tendant une embuscade à un Kai hors normes avant qu'il n'émerge. Koshigaya, Akasaka et Makino ont du mal sur le terrain alors que la puissance du Kaii dépasse les attentes. Nikoyama et Yamimori coopèrent frénétiquement en tant qu'analyste et assistant depuis le siège d'opérateur.

Alors que la bataille de la baie de Tokyo s'intensifie, les Magical Girls de Magilumière coopèrent pour prendre le contrôle. Mais Tsuchiba d'AST intervient avec ses "ailes" magiques surpuissantes, et perturbe la bataille en visant à éliminer seule la cible, en contradiction avec le style coopératif de Magilumière. Les tensions s'exacerbent et les Kaii ne sont plus le seul adversaire.

La guerre fait rage. Magilumière et AST décident enfin de "coopérer". Shigemoto donne à AST l'accès total au système Alice pour mettre en commun les ressources magiques au profit des Magical Girls des deux sociétés. Tsuchiba manque de perdre le contrôle de sa magie. Pour les générations futures, de nouvelles relations et valeurs morales poussent tout le monde à combattre de tout son cœur.