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Alla conferenza del settore per capire come affrontare i Kaii, l'Alice System di Shigemoto viene respinto per mancanza di risultati. Lui si cimenta in un nuovo e pericoloso progetto per dimostrare le sue capacità e mettere in discussione le dinamiche di potere e le aspettative del settore. Intanto una persona misteriosa fa a Koshigaya una strana proposta, mettendo a rischio suo padre.

Kana e Hitomi si recano al RIMT per indagare ed eliminare una nuova specie di Kaii. Guidate dal vicecapo Akasaka, affrontano un Kaii apparentemente invincibile. Mentre tensioni legate alle normative sulla potenza magica emergono dietro le quinte, il Kaii muta all'improvviso. Con il tempo che stringe, Magilumiere è messa a dura prova.

Le Magical Girl di Magilumiere e AST affrontano una nuova specie di Kaii che è ora fuori controllo. Koshigaya tende un ramoscello d'ulivo a Tsuchiba, ma la loro divergenza di opinioni alimenta le tensioni fra le rispettive aziende. Il Kaii muta in fretta sotto l'influsso del potere magico e, a quel punto, una certa persona prende le redini in vista della battaglia decisiva che le attende.

Magilumiere e AST, in un'improvvisa collaborazione, affrontano un Kaii di tipo C, che muta molto in fretta. Le tattiche di difesa e attacco di Magilumiere mettono in crisi i metodi convenzionali, mentre Kana raccoglie dati in tempo reale durante il combattimento. Grazie alle capacità sul campo, questa squadra in apparenza sbilanciata elabora un piano per contrattaccare.

Magilumiere deve assumere ingegneri per promuovere l'Alice System. Kana supervisiona i colloqui e fatica a trasmettere ciò che rende l'azienda speciale. Arrivano candidati inaspettati, che danno nuova energia alla squadra. Nonostante i tentativi di rafforzare il proprio potenziale di combattimento, Magilumiere fatica a trovare nuovo personale: parte per Kyoto per tenere conferenze e fare colloqui.

Magilumiere, a Kyoto, incontra Yamimori, candidato ingegnere dalle capacità straordinarie, ma che non sa collaborare con gli altri. La sua compatibilità con la squadra è in dubbio e lui sembra nascondere alcuni sentimenti legati all'amico d'infanzia Sakae e ai valori personali. Durante un festival al santuario di Tonomori un rituale evoca un Kaii e un'ombra inquietante si muove nell'oscurità.

Al culmine della cerimonia al santuario di Tonomori un Kaii sconosciuto irrompe in una barriera ritenuta sicura e getta la zona nel caos. La barriera impedisce l'intervento dall'esterno e separa la squadra di Magilumiere. Makino e Akasaka devono affrontare la minaccia all'interno e Nikoyama cerca un punto debole dall'esterno. Il tempo stringe, ogni decisione può influenzare l'esito dello scontro.

Conquistata la fiducia dei suoi alleati, Yamimori entra in azione per affrontare il Kaii dentro alla barriera. Makino e Akasaka, grazie al lavoro di squadra, tornano a combattere contro il Kaii, ora dotato di una potenza superiore. La situazione disperata mette in luce l'abilità e la fiducia fra le Magical Girl e i loro ingegneri. La squadra avanza con determinazione.

Il Kaii di Tonomori era in realtà un atto di sabotaggio orchestrato per portare avanti, nell'ombra, un piano volto ad allentare le normative sulla magia e manipolare l'opinione pubblica. Il responsabile è una persona inaspettata. Yamimori si ambienta alla Magilumiere e Kana decide di affrontare le convenzioni del settore, nonché del suo ruolo, dando inizio a una guerra di ampia portata.

I sostenitori della deregolamentazione tramano la loro prossima mossa e Magilumiere decide di tendere un'imboscata a un enorme Kaii altamente anomalo ancora prima che emerga. Koshigaya, Akasaka e Makino faticano a tenere testa al Kaii, la cui potenza aumenta a dismisura, mentre Nikoyama e Yamimori collaborano alla postazione di controllo per analizzarlo e fornire supporto.

La battaglia nella baia di Tokyo entra nel vivo e le Magical Girl di Magilumiere collaborano per vincere. Interviene però Tsuchiba di AST con il suo nuovo e ultra-potente dispositivo magico, che dovrebbe abbattere il bersaglio da solo: questo va contro il principio di collaborazione di Magilumiere. La tensione è alle stelle e la lotta non è più solo contro il Kaii.

Nel pieno della battaglia Magilumiere e AST decidono finalmente di "collaborare". Shigemoto concede ad AST il pieno accesso all'Alice System, unendo le forze delle due aziende per potenziare le Magical Girl. Tsuchiba, intanto, rischia di perdere il controllo della sua magia. Per il bene delle generazioni future, nuovi legami e nuovi valori spingono tutti a combattere con il proprio cuore.