Todos los episodios

Después de haber sobrevivido misteriosamente a la super arma Xindi. Archer se despierta en la tierra en la época de los Nazis de 1940 quienes han invadido Estados Unidos con la ayuda de Aliens.

Archer se reune con la tripulación de la nave y tratan de terminar el plan de destruir con una máquina del tiempo el futuro de la tierra.

Después de finalizado el conflicto todos deberán enfrentarse a los resultados de sus acciones durante la guerra Xindi. T'Paul y Trip viajan a Vulcano. Ella debe reconsiderar su relación con su prometido Koss.

Un grupo peligroso de humanos mejorados genéticamente llamados Augments escapan de un planeta prisión. Buscan crear una guerra entre Klingons y humanos. La enterprise es alistada junto al criminal Dr. Arik Soong, creador de estos superhombres, para cazarlos.

Arik Soong y un grupo de Augments van a un centro médico con la intención de llevar a la vida a cientos de embriones alterados genéticamente.

En defensa de su padre Arik Soong, los Augments intentan iniciar una guerra interestelar entre La Tierra y los Klingons.

La embajada Vulcana es bombardeada. T'Pol y Archer son enviados a investigar a una facción religiosa en el desierto vulcano.

T'Pol y Archer encuentran a los Syrrannites (una facción religiosa). Archer se entera de los planes del alto mando vulcano de iniciar un ataque contra Andoria, lo que sumergiría a la Tierra en un conflicto interplanetario.

T'Pol, Archer y T'Pau van en busca del Kil'Shara, el objeto que contine las escrituras sagradas de Surak. Cuando lo llevan de regreso a la capital Vulcana se encuentran en medio de un pleito entre naves militares vulcanas y andorianas.

El inventor del transportador, Emory Erickson, viene a la Enterprise a hacer un experimento arriesgado.

Los aliens no corpóreos estudian a la tripulación de la Enterprise para ver su reacción frente a una infección viral.

La Enterprise viaja a Babel con un embajador Tellarite para tentativas de paz con los Andorianos, cuando es recibida una llamada de auxilio de Shran.

Archer trata de unir a Andorianos, Tellarites y Vulcanos en un plan para capturar una nave que esta tratando de desestabilizar la región.

Archer visita el mundo de Shran's para encontrar una subespecie Andoriana llamada los Aenar, para determinar su conexión con la nave que destruye naves en la región.

Mientras la Enterprise visita la tierra para el lanzamiento del Columbia, Phlox es secuestrato y forzado a ayudar a los Klingons.

Con la ayuda del Columbia, la tripulación de la Enterprise solucionan el sabotage a sus naves y ven detrás el secuestro de Phlox.

Después de un acuerdo con los Orions. El comerciante le obsequia tres mujeres a Archer que cautivan a todos los hombres de la nave excepto a Trip.

En un universo paralelo y como segundo a bordo, Archer y la tripulación de la Enterprise inician un motín contra el capitán Forrest para apoderarse de una nave terrestre en el espacio Tholiano.

En el universo espejo, el Enterprise (NX-01) ha sido destruida por los tholianos, y algunos han escapado en cápsulas de salvamento. Jonathan Archer se ha apoderado de la nave que estaba en el espacio tholiano, que resulta ser una nave del siglo XXIII (un siglo en el futuro) y del universo principal, y Archer en la nueva nave pretende matar al emperador del Imperio Terrano y gobernar la Tierra él. Pero no todos de abordo están de acuerdo, y realizan otro motín.

En la Tierra, un grupo xenofóbico, los Terra Prime, intenta terminar con el anexamiento de aliens y las relaciones con más planetas.

Un líder humano aislacionista amenaza destruir el comando de la flota estelar si los aliens no abandonan la tierra.

Seis años en el futuro, un emotivo Capitán Archer y la tripulación vuelven a la Tierra para entregar la Enterprise.