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Le vaisseau Enterprise s'est fait projeter dans le passé et l'équipage se retrouve au coeur des évènements de 1944. Les aventuriers de l'espace vont devoir stopper une guerre froide déclenchée par des extras-terrestres, et préserver le cours de l'Histoire.

Les pionniers de l'espace Archer et Silik sont projetés en 1944 et doivent retrouver les agents temporels qui ont changé le cours de l'Histoire et la fin de la seconde guerre mondiale. Ils pourront peut-être ainsi empêcher la destruction du cours du Temps.

Le vaisseau Enterprise rentre enfin sur Terre. Son équipage va devoir gérer les répercussions et les nouvelles découvertes faites lors du voyage intergalactique.

Un vaisseau Klingon a été détourné par des hommes génétiquement modifiés par les guerres eugéniques. Le capitaine Archer se met alors à le rechercher et à le combattre, avec l'aide de son créateur, le Docteur Arik Soong.

Le redoutable Arik Soong stocke des embryons dans un complexe médical. Il possède ainsi des centaines d'Augments, génétiquement modifiés, qu'il peut porter à maturité et utiliser.

Une guerre interstellaire risque d'éclater si les Augments continuent à se rebeller contre leur créateur. En effet, ces êtres modifiés ont des plans contre les Klingons...

Archer et T Pol doivent rechercher des fanatiques religieux qui ont bombardé l'ambassade de la Terre sur Vulcain. Cette enquête les mènera dans le désert, où les terroristes se cachent.

Le vaisseau Enterprise est en proie à des conflits avec les vulcains. Dans le désert, Archer et T Pol doivent rencontrer le groupe radical de vulcains: les Syrrannites...

Les vulcains et les Andoriens se battent militairement. Pendant ce temps, les aventuriers du vaisseau Enterprise doivent ramener le Kir'Shara, un Artfeact qui renferme des écrits du maître vulcain Sirak, au sein de la capitale.

Emory Erickson est le créateur du téléporteur. Il se rend à bord du vaisseau Enterprise pour y réaliser sa dernière expérience, plutôt dangereuse...

Le vaisseau Enterprise est en proie à un virus mortel, qui a été rapporté à son bord après une mission d'exploration. Les réactions de son équipage sont maintenant observées par des extra-terrestres non corporels.

Un ambassadeur Tellarite se fait transporter par le vaisseau Enterprise pour atteindre Babel. Alors qu'il s'apprête à négocier la paix avec les Andoriens, le vaisseau reçoit un appel de détresse émit par Shrau...

Les Andoriens, les Vulcains et les Tellarites doivent combattre ensemble un marauder qui menace toute la région. Le capitaine Archer est chargé de les unifier.

Des vaisseaux continuent d'être détruits dans la région par un marauder. Le capitaine Archer suspecte Aenar, une sous-espèce, d'en être responsable, et il se rend sur la planète natale de Shrau pour en avoir confirmation.

Les Klingons enlèvent Phlox car ils sont menacés. Pendant ce temps, le vaisseau Enterprise va observer le lancement de Columbia sur Terre.

Phlox a été enlevé. Les membres du vaisseau Enterprise doivent enquêter sur sa disparition, alors que le vaisseau lui-même est victime de sabotages à son bord...

Trois femmes esclaves d'Orion ont été envoyées au capitaine Archer en guise de cadeau de négociation avec le Syndicat de cette planète.

L'épisode se déroule au sein de l'univers-miroir. Le capitaine Archer est en charge d'une mutinerie contre le capitaine Forrest. En effet, il doit capturer un vaisseau de la Terre du Futur situé dans l'espace Tholien.

L'épisode se déroule dans l'univers-miroir. Le vaisseau Défiant, du 23ème siècle, est maintenant piloté par le capitaine Archer qui veut s'emparer du pouvoir.

Une nouvelle alliance entre différentes planètes va être créée. Mais un groupe d'humains xénophobes tente de déstabiliser les négociations...

Les extra-terrestres vont être obligés de quitter la Terre car un groupe d'humains isolationnistes menace de détruire Starfleet Command...

La mythologie Star Trek prend forme. Les équipes d'Enterprise et de Next Generation sont rassemblées après six ans pour la signature de la Charte de la Fédération Unie des Planètes. La mission de l'Enterprise prend fin, laissant la place à son successeur...