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Nikita vuelve a la Sección Uno para destruir una nueva amenaza terrorista con la que sólo ella puede tratar: una reunion de representantes de diversos grupos terroristas. Se entrena con un nuevo operativo, Marco O'Brien. O'Brien era un oficial de policís recutado 4 años antes a causa de un error de Nikita, cosa que O'Brien no olvida. Nikita debe lidiar con los terroristas, O'Brien y la hostilidad de parte de la Sección.

Nikita descubre pistas acerca de las razones que hicieron que Section One la reclutara. Operations se ve en problemas con la reaparición de Madeline.

Walter y O´Brien buscan la cura para ayudar a Nikita, cuando ésta empieza a sufrir los efectos a largo plazo del proceso de control de la mente de Gelman.

Cuando Mr. Jones retoma su papel de Mick Schtoppel, Nikita toma la oportunidad para averiguar por qué fue reclutada por Section One.

Nikita se encuentra cara a cara con su padre y finalmente descubre la razón por la que fue llevada a Section One.

Cuando el avión de Operations es derribado por terroristas, Nikita debe salvarlo antes de que caiga en manos enemigas.

La organización terrorista llamada The Collective secuestra a Adam, el hijo de Michael, con el fin de que éste les entregue a Mr. Jones.

Nikita debe hacer importantes decisiones con su futuro.