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Nikita est renvoyée à la Section Une pour détruire une nouvelle menace terroriste qu'elle est la seule à pouvoir gérer lors d'un sommet de représentants de groupes terroristes. Elle est associée à un agent de niveau 5, Marc O'Brien. Celui-ci était un officier de la police recruté quatre ans plus tôt, à cause d'une erreur de Nikita, ce qu'il n'a pas oublié.

Nikita trouve des indices qui expliqueraient pourquoi elle a été recrutée par la Section. Il est possible que son père ait été un agent au nom de code Flavius, et qu'elle ait un frère ou une soeur dont l'initial est M et qui viverait aussi sous couverture. Quinn modifie le programme d'Intelligence Artificielle de Birkoff est ravi d'avoir à nouveau Madeline à ses côtés.

Après une explosion à la maison du père de Nikita, celle-ci recrute Walter puis Jason Crawford pour décrypter son contenu. Résultat : le lieu d'une maison de convalescence où Michael a amené Adrian. Et cela coincide exactement avec la déterioration physique de Nikita. Est-ce que Michael ou le vrai père de Nikita lui a donné l'information dont elle a besoin pour combattre ces effets secondaires ?

Après que quelqu'un a réussi à infiltrer la Section et entre dans la pièce, Nikita est plus décidée que jamais à trouver la vérité concernant son recrutement. Elle s'arrange pour rencontrer personnellement M. Jones en le faisant aller en mission sous le nom de "Mick Schtoppel" contre un dealer d'armes lié au Collectif.

Nikita rencontre enfin en face à face son père, le vrai M. Jones, mais plutôt que des retrouvailles "émotionnelles", il ne pense qu'aux affaires et envoie immédiatement Nikita sur une nouvelle mission : retrouver la "taupe" du Collectif dans la Section Une. Les deux suspects de M. Jones sont Operations et Marco O'Brien.

Les suspects de Nikita et M. Jones concernant la "taupe" au sein du Collectif se réduisent à quatre : Operations, Quinn, Walter, et feu Marco O'Brien. Mais M. Jones a une cinquième possibilité que Michael Samuelle soit encore en vie et que ce soit lui. Nikita nie que cela puisse être lui. Pendant ce temps, Operations s'expose lui-même pour voir si une mission anti-Collectif se déroule bien comme prévu, mais c'est le Collectif qui parvient à faire exploser l'avion d'Operations en plein ciel.

La situation est désespérée quand le Collectif, toujours dirigé par Graff et Haled, abat la Section Une. Mais, juste à temps, Michael demande à Nikita de l'aider à retourner à la Section, où sa réapparition est vue d'un drôle d'oeil par M. Jones et Operations. Tandis que de nouvelles missions continuent contre le Collectif avec le retour de Michael, Nikita admet lui avoir menti, et qu'elle l'aime vraiment. Operations découvre que le Collectif a infiltré la Section pour essayer de localiser et kidnapper le fils de Michael, Adam.

Nikita doit faire face à son ultime destinée de reprendre la Section Une. Pendant ce temps, Michael revient dans le tableau et kidnappe M. Jones, qu'il a l'intention de livrer au Collectif en échange de son fils. A présent, Nikita doit choisir : doit-elle sacrifier son destin ou le fils de Michael ? Sa décision déterminera son futur pour toujours... et le futur de tout le monde autour d'elle.