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Infectado por una enfermedad únicamente fatal para los vulcanianos, Spock es abandonado con sólo tres días de vida y con la única cura en un mundo que se encuentra a al menos cuatro días de distancia. Aunque la Flota Estelar envía naves espaciales para conseguir la medicina de Spock a tiempo, unos piratas de Orión atacan a los mensajeros cargueros.

En un planeta habitado por aborígenes preindustriales, un observador pacifista de la Federación, que ha reemplazado secretamente armamento por armas no utilizables, pone en peligro a una delegación de la Flota Estelar. Cuando los oficiales de la Flota comienzan a ser presos de los nativos, el observador se ve forzado a afrontar las consecuencias de sus ideales.

Para evitar un encuentro con tres naves romulanas, el Enterprise se esconde en un campo de energía gaseoso. Desafortunadamente, el campo penetra en el ordenador de la nave, haciendo que actúe como un bromista pesado. El caos consiguiente resulta ser divertido pero extremadamente peligroso.

El doctor McCoy es arrestado por asesinato en masa y se ve encarcelado por su papel en la creación de una plaga que casi barrió la población de todo un planeta 19 años atrás. Intentando probar la inocencia de su camarada, Kirk y Spock siguen el rastro de un superviviente que se las arregla para infectar a toda la tripulación con la plaga.

Siguiendo la pista de una misteriosa sonda que está actuando sospechosamente dentro del espacio de la Federación, el Enterprise se encuentra con una nave alienígena que se convierte en una antigua divinidad maya y azteca. Enfadado por haber sido olvidado por los humanos, el dios da a Kirk y a su tripulación una tarea que deben completar con éxito para no perecer.

Cuando el Enterprise se pega a una nave que viaja a Warp 36, se ve empujado hacia un universo alternativo, donde el tiempo corre hacia atrás. Aunque la tripulación entabla amistad con un habitante del universo alternativo que podría ayudar, descubren a la vez que se están haciendo más joven cada minuto.