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スポックがコリオス病にかかった。血液中の酸素が次 第に欠乏し、死亡するという厄介な病気だ。しかもあと3日しかもたない病状だった。ある惑星からその治療薬を取り寄せるには4日かかることが判明、やむなくその惑星付近を航行中の貨物船ヒューロン号に持ってきてもらい、途中でランデブーすることになった。ところが貨物船は、中立国と称するオリオン軍の宇宙船から攻撃を受け、積荷の爆薬と一緒に薬も奪われてしまった。

エンタープライズ号は新たな宇宙人を求めて、惑星シーターに上陸した。同行したのは最近初めて銀河連盟と接触した、惑星パンドロの探検隊長ベムだった。カーク等上陸隊は、シーター人をジャングルの中に発見した。彼等は銀河連盟の国々よりははるかに遅れた宇宙人だったが、いたずら好きの変わり者ベムのおかげで、上陸隊のうち、カークとベムとスポックが彼等に捕らえられてしまった。

エンタープライズ号は、ロムラン軍の攻撃を受けて撤退中、エネルギー帯に突入した。その時、アトミック粒子が船内のコンピュータに浸入、不調をきたしたコンピュータは、エンタープライズ号のコントロールを失わせ、乗組員全員にイタズラを始める。

エンタープライズ号の面々がドラミア系宇宙のドラミア1号に医薬品を届けると、マッコイがドラミア警備隊に逮捕された。理由は19年前、マッコイがドラミア2号の住民に予防注射をした後、住民たちに疫病が発生しほとんどの人々が死亡したためであった。ドラミア2号でマッコイに有利な証言をする人が見つかり、エンタープライズ号は証人を乗せてドラミア1号にとって返したが、途中乗組員がスポックを除いて全員疫病にかかってしまう。

地球の状況を調べるべく謎の無人探測機が飛来したため、エンタープライズ号はその発信源を求めて捜索していた。すると突然、竜の形をした宇宙船に捕らわれた。宇宙船には、ククルカンという神が乗っていた。昔、この神は地球を訪れ、互いに殺しあう地球人に平和に生きる道を授け、さらに文明の知恵を与えた。しかし、当時の地球人は、いっこうに神の云うことを聞かなかった。心配したこの神は、地球の状況を調べるべく、探測機を送ったというのだ。

爆発炎上する星めがけて、一隻の宇宙船が記録破りのスピードで突っ込んでいった。初代船長のエイプリル夫妻を乗せて航行していたエンタープライズ号は、直ちに“けん引ビーム”を発射し、停止させようとした。ところが逆にエンタープライズ号は、正体不明の宇宙船に引っ張られて炎の中に突入、気がついた時には別の宇宙圏に入っていた。この宇宙圏は銀河系宇宙とはすべてが逆であった。一番困ったのは時間の逆流である。乗組員たちは急速に若返り、同時に頭脳に蓄積されている知識がどんどん消えていった。放っておけば、宇宙船のコントロールが不可能になる。